איך כותבים דוח מעבדה בצורה טובה
שלום ,
אני נמצאת במעבדה בתואר ראשון שדורשת ממני להגיש דוחות ברמה של מאמר . ובכללי המדריך שלי ביקש מאיתנו להעלות את הרמה . אך איני יודעת בדיוק איך לעשות זאת .
כתבתי מבוא בנושא של הפרדת חלבונים ואיפיונם . אשמח אם תוכלו לקרוא ולייעץ לי איך לשפר זאת . תודה מראש
הדרך שבה ביוכימאים לומדים על חלבונים היא ע"י אפיון מבנה ופונקציונאליות של כל חלבון באופן ספציפי. מקור החלבון הוא בד"כ מרקמה או מתאים מיקרוביאלים אשר מכילים תערובת של חלבונים ולכן כדי ללמוד על חלבון לפרטי פרטים , החוקר חייב דבר ראשון להפריד אותו מחלבונים אחרים לצורתו הטהורה וחייב שיהיו לו טכניקות מתאימות על מנת לקבוע את תכונותיו.
השלב הראשון בכל תהליך ניקוי חלבון הוא לשבור את התאים הללו ולשחרר את החלבונים לתוך תמיסה הקרויה Extract . ברגע שהתמיסה מוכנה קיימים מספר שיטות לניקוי חלבון. בד"כ הExtract נתון לטיפולים המפרידים את החלבונים למקטעים (פרקציות) שונים על סמך תכונות ספציפיות לכל חלבון כמו גודל /מטען – תהליך זה נקרא- פרקציונציה .
במעבדה זו , ניסינו לעקוב אחר פעולותיו של חוקר המנסה להפריד ולאפיין חלבון מסוים .
מטרה ראשונה של מעבדה זו : הכרת שיטה מסוימת להפרדת חלבונים Ion exchange- chromatography: לשם כך תחילה הכנו תערובת של חלבונים מנוקים מסחריים – ליזוזים ואובומוקואיד , על מנת לדמות את המצב ההתחלתי שבו החוקר מפיק תערובת חלבונים המכילה את החלבון הרצוי.
השיטות החזקות ביותר להפרדת חלבונים הם : שימוש בכרומטוגרפיית קולונות . בשיטה זו תמיסת החלבונים נמצאת בפסגת הקולונה ומחלחלת דרך מטריקס מוצק – החלבונים באופן אינדיבידואלי נעים באופן מהיר/איטי בהתאם לתכונה המבדלת . במקרה זה – בחרנו להפריד את החלבונים ע"י הבדלים בסימן ובגודל של נטו המטען האלקטרוני המצוי בכל אחד מהם בph. נתון . השתמשנו בcation exchange colony אשר מכילה גרגירים טעונים שלילית במטריקס המוצק – ולכן חלבון הטעון שלילית בph ניטרלי (אובומוקואיד, על פי התיאוריה ) יצא ראשון מהקולונה ואילו חלבון הטעון חיובית בph ניטרלי (יתעכב לצאת מהקולונה ) .
מטרה שנייה של המעבדה : בדרך כלל חוקרים מפיקים חלבונים למטרות שונות בתעשיית התרופות ולכן לאחר שהחוקר הפריד את החלבונים – ברצונו לדעת מהי כמות החלבון אותה הפיק. לשם כך למדנו במעבדה זו שיטה מסוימת לקביעת כמות החלבון – שיטת Bradford. בשיטה זו משלבים ריאגנט הנקשר אל החלבון הרצוי . הריאגנט מכיל פיגמנט comassie blue הנקשר ביעילות אל חומצות אמינו ספיציות – כמו ארגינין . לכל חלבון ישנו מספר שונה של חומצות אמינו ולכן הכנו בהתאם עקומת כיול לכל חלבון בנפרד , בה קבענו על פי ערך הבליעה את כמות החלבון בכל פרקציה.
מטרה שלישית של המעבדה: מבחינה תיאורטית , הנחנו שחלבון האובומוקואיד (אשר שלילי בph ניטרלי ) יצא מהקולונה במבחנות הראשונות ואילו ליזוזים אשר נקשר אל הגרגירים יצא מהקולונה רק בריכוזים גבוהים של מלח – כלומר במבחנות האחרונות. אך כדי לאשש זאת , השתמשנו בשיטה נוספת להפרדת חלבונים – ג'ל אלקטרופורזה . שיטה זו מוגדרת כשיטה אנליטית המאפשרת לחוקר להעריך במהירות את מספר החלבונים בתמיסה (האם הפרדנו טוב) , ומאפשרת לקבוע את המשקל המולקולרי של כל חלבון . בהתאם לכך , על פי השוואת המשקל המולקולרי אל המסחרי נוכל לדעת איזה חלבון נמצא באיזו מבחנה.
מטרה רביעית של המעבדה: לאחר שהחוקר הפריד את החלבונים וקבע את כמות החלבון בכל מבחנה ואת המשקל המולקולרי של כל חלבון . חשוב לדעת האם תמיסת החלבון הספציפי בכלל פונקציונאלית – או שמא מדובר בתערובת של חלבון שנהרס ( עבר אגרגציה ) . לשם כך נרצה לקבוע את הפעילות של כל חלבון בנפרד. הפונקציונאליות של חלבון האובומוקואיד נקבעה בעקיפין ע"י עיכוב אנזים אחר –טריפסין . ואילו הפונקציונאליות של החלבון ליזוזים נמדדה ע"י מידת הפירוק של חיידקים .
שלום ,
אני נמצאת במעבדה בתואר ראשון שדורשת ממני להגיש דוחות ברמה של מאמר . ובכללי המדריך שלי ביקש מאיתנו להעלות את הרמה . אך איני יודעת בדיוק איך לעשות זאת .
כתבתי מבוא בנושא של הפרדת חלבונים ואיפיונם . אשמח אם תוכלו לקרוא ולייעץ לי איך לשפר זאת . תודה מראש
הדרך שבה ביוכימאים לומדים על חלבונים היא ע"י אפיון מבנה ופונקציונאליות של כל חלבון באופן ספציפי. מקור החלבון הוא בד"כ מרקמה או מתאים מיקרוביאלים אשר מכילים תערובת של חלבונים ולכן כדי ללמוד על חלבון לפרטי פרטים , החוקר חייב דבר ראשון להפריד אותו מחלבונים אחרים לצורתו הטהורה וחייב שיהיו לו טכניקות מתאימות על מנת לקבוע את תכונותיו.
השלב הראשון בכל תהליך ניקוי חלבון הוא לשבור את התאים הללו ולשחרר את החלבונים לתוך תמיסה הקרויה Extract . ברגע שהתמיסה מוכנה קיימים מספר שיטות לניקוי חלבון. בד"כ הExtract נתון לטיפולים המפרידים את החלבונים למקטעים (פרקציות) שונים על סמך תכונות ספציפיות לכל חלבון כמו גודל /מטען – תהליך זה נקרא- פרקציונציה .
במעבדה זו , ניסינו לעקוב אחר פעולותיו של חוקר המנסה להפריד ולאפיין חלבון מסוים .
מטרה ראשונה של מעבדה זו : הכרת שיטה מסוימת להפרדת חלבונים Ion exchange- chromatography: לשם כך תחילה הכנו תערובת של חלבונים מנוקים מסחריים – ליזוזים ואובומוקואיד , על מנת לדמות את המצב ההתחלתי שבו החוקר מפיק תערובת חלבונים המכילה את החלבון הרצוי.
השיטות החזקות ביותר להפרדת חלבונים הם : שימוש בכרומטוגרפיית קולונות . בשיטה זו תמיסת החלבונים נמצאת בפסגת הקולונה ומחלחלת דרך מטריקס מוצק – החלבונים באופן אינדיבידואלי נעים באופן מהיר/איטי בהתאם לתכונה המבדלת . במקרה זה – בחרנו להפריד את החלבונים ע"י הבדלים בסימן ובגודל של נטו המטען האלקטרוני המצוי בכל אחד מהם בph. נתון . השתמשנו בcation exchange colony אשר מכילה גרגירים טעונים שלילית במטריקס המוצק – ולכן חלבון הטעון שלילית בph ניטרלי (אובומוקואיד, על פי התיאוריה ) יצא ראשון מהקולונה ואילו חלבון הטעון חיובית בph ניטרלי (יתעכב לצאת מהקולונה ) .
מטרה שנייה של המעבדה : בדרך כלל חוקרים מפיקים חלבונים למטרות שונות בתעשיית התרופות ולכן לאחר שהחוקר הפריד את החלבונים – ברצונו לדעת מהי כמות החלבון אותה הפיק. לשם כך למדנו במעבדה זו שיטה מסוימת לקביעת כמות החלבון – שיטת Bradford. בשיטה זו משלבים ריאגנט הנקשר אל החלבון הרצוי . הריאגנט מכיל פיגמנט comassie blue הנקשר ביעילות אל חומצות אמינו ספיציות – כמו ארגינין . לכל חלבון ישנו מספר שונה של חומצות אמינו ולכן הכנו בהתאם עקומת כיול לכל חלבון בנפרד , בה קבענו על פי ערך הבליעה את כמות החלבון בכל פרקציה.
מטרה שלישית של המעבדה: מבחינה תיאורטית , הנחנו שחלבון האובומוקואיד (אשר שלילי בph ניטרלי ) יצא מהקולונה במבחנות הראשונות ואילו ליזוזים אשר נקשר אל הגרגירים יצא מהקולונה רק בריכוזים גבוהים של מלח – כלומר במבחנות האחרונות. אך כדי לאשש זאת , השתמשנו בשיטה נוספת להפרדת חלבונים – ג'ל אלקטרופורזה . שיטה זו מוגדרת כשיטה אנליטית המאפשרת לחוקר להעריך במהירות את מספר החלבונים בתמיסה (האם הפרדנו טוב) , ומאפשרת לקבוע את המשקל המולקולרי של כל חלבון . בהתאם לכך , על פי השוואת המשקל המולקולרי אל המסחרי נוכל לדעת איזה חלבון נמצא באיזו מבחנה.
מטרה רביעית של המעבדה: לאחר שהחוקר הפריד את החלבונים וקבע את כמות החלבון בכל מבחנה ואת המשקל המולקולרי של כל חלבון . חשוב לדעת האם תמיסת החלבון הספציפי בכלל פונקציונאלית – או שמא מדובר בתערובת של חלבון שנהרס ( עבר אגרגציה ) . לשם כך נרצה לקבוע את הפעילות של כל חלבון בנפרד. הפונקציונאליות של חלבון האובומוקואיד נקבעה בעקיפין ע"י עיכוב אנזים אחר –טריפסין . ואילו הפונקציונאליות של החלבון ליזוזים נמדדה ע"י מידת הפירוק של חיידקים .
