אתה מתכוון אולי ל-GIF ?
תן יותר פרטים: איזה אנימציה, מאיזה סוג, של איזה תוכנה, ולמה אתה צריך אותה עם רקע שקוף - סיבה טכנית או סתם כחלק מהעיצוב? אם אתה מתכוון ל-GIF , אז הוא שקוף בהגדרתו כברירת מחדל, ואפשר לטפל בו בעזרת פוטושופ, כמובן, או כל תוכנה לעיבוד תמונה אחרת - כמו פיינטשופ פרו, למשל.