בקליית שקדים, כמו כל קלייה וכמו בבישול, הולכים לאיבוד כל או רוב הויטמינים (חוץ מאשר ויטמין C כשקיים). המינרלים כמעט לא מושפעים. השומן והחלבונים משנים את הרכבם. כעיקרון, שקדים לא קלויים הם הרבה יותר בריאים ומועילים מאד לעיכול, לעומת שקדים קלויים שהם בעיקר טעימים והערכים הבריאותיים שלהם די מצומצמים.