שאלה נכונה,
ואני לא בטוח שאני יודע את התשובה. כעובדה, יותר ויותר פרויקטים עוברים ל webapi במקום WCF .
אבל כידוע, WCF הוא מוצר מאד רחב, ויכול לעשות דברים רבים ש webapi לא יכול, כי פשוט לא תוכנן אליהם.
לדוגמה, לעבוד על פרוטוקולים אחרים שאינם http , כדוגמת tcp . הם מהירים הרבה יותר, ואם אתה לא צריך לחצות את האינטרנט בדרכך לשרת, (כל מיני דברים תוך ארגוניים למשל), הם יתנו ביצועים טובים בהרבה).
ישנם הבדלים נוספים, שחשובים בסביבות אחרות. פרוטוקול soap לא סתם מסובך, הוא כולל הרבה פיצ'רים ש webapi לא, כמו שמירת סשן. שוב, יש מקומות שמשתמשים בזה וזה חשוב, יש מקומות שלא.
לכן, לסיכום: הכל תלוי בצרכים. wcf לגמרי לא מת, אבל webapi בהחלט cool .