אכן זה רע מאוד...
אם האקדמיה באמת אוסרת שימוש במילים שמופיעות במקורות של העברית החדשה, וודאי שאין היא צריכה לאסור מילים מן התנ"ך או המשנה. אין שום סיבה שלא להתיר שתי צורות. מצד שני, אני לא בטוח שהכול נובע מהאקדמיה. לדעתי האקדמיה לא אמרה דבר על "אפילו אם", "מכיוון ש", "העדר" וכו' (גם באתר של האקדמיה מופיע הביטוי "מכיוון ש"), ואלו המצאות של שושנה בהט ושות' (אני מקווה שאני לא טועה...) לעומת זאת, לעניין שיטת הכתיב, לדעתי צודקת האקדמיה בהחלטתה על שיטת כתיב אחידה. זה ממש לא נראה טוב כשכל אחד כותב בדרך שונה.