הבעיות של A1
1. גשר הרכבת בנחל יתלה, בין שתי מנהרות, יפגע בלב אזור פתוח ושמור יחסית בהרי ירושלים. החברה להגנת הטבע הציעה להנמיך את נקודת הכניסה של הרכבת למנהרה הראשונה, על מנת לייתר את הצורך בגשר זה (יצירת מנהרה אחת ממושכת). חלופת חלה"ט נדחתה. 2. באזור היציאה מהמנהרה השנייה, תעבור הרכבת בויאדוקט (גשר עילי) באזור עמק הארזים, ותגרום גם שם לנזק לא זניח. 3. נושא שלא ברור עד כמה נחקר, השפעת כריית המנהרות על מי התהום באזור, שהוא אחד העשירים במעיינות בארץ. 4. ניסיון רע מאד עם חלופה s, יצירת צלקת חמורה בנופי נחל שורק ונחל רפאים וחיסול מבנים היסטוריים לאורך התוואי. והערה לסיום - יש הבדל בין הגופים הירוקים ובין מפלגת הירוקים (מבחינתי לפחות, היה עדיף שהמפלגה תאמץ שם אחר).