שאלה טובה וחשובה
קודם כל כשלומדים מדרשי חז"ל חשוב לדעת שהדברים אינם סיפור מאורעות. הדברים הם משל שנועד כדי להעביר מסר.
 
עכשיו לעצם שאלתך - השאלה נשאלה כבר על ידי גדולים יותר ממני.
המהר"ץ חיות כתב שאין הכוונה "נצחון" אלא "נצחיות".
"בעת ששמעו מהקב"ה, איך לא השגיחו החכמים על כל המופתים יוצאים מגדר הטבע שהראה ר"א לאמת דעתו, ואמרו לא בשמים היא, כבר כתוב בתורה אחרי רבים להטות, א"כ הראי' איך שתול על לבם מעיקר הגדול שהשי"ת הוא נצחי ואין נופל בו שינוי ומקרה, זה הכוונה נצחוני בני, שהראו כי מאמינים שהוא נצחי"
 
גם המהר"ל מפראג מאריך להסביר בספרו באר הגולה שאין הכוונה שפסקו בניגוד לדעתו של אלוקים. (באר הגולה, באר רביעי)