כמה תשובות:
לפני שאני עונה נקודתית למה ששאלת, אני רוצה להסביר לך משהו בסיסי:
מה הוא package:
 
package זה בסה"כ קובץ דחוס כמו ZIP או RAR (רק פורמט אחר, tar.gz ששינו לו סיומת ל-deb).
 
הוא מכיל תוכנה, והוראות לבצע לפני ואחרי התקנת התוכנה (בעצם פריסת קבצים שבתוכו לספריות שונות במחשב שלך).
 
אם אתה רגיל ל-Windows, את יכול לחשוב על deb כמו על קובץ msi.
 
לכן, שאלה מס' 2 שלך לא ממש הגיונית: package הוא חבילת התקנה של תוכנה.
בשביל שיהיה package מישהו חייב לארוז את התוכנה בצורה מוכנה להתקנה.
 
אם לא עשו זאת, יש דרכים אחרות להוריד ולהתקין את התוכנה, כמו שב-Windows אתה תמיד יכול סתם לזרוק קובץ EXE ולהריץ, אבל ב-Linux בגלל שיקולי אבטחה תצטרך לעשות עוד כמה צעדים.
 
עכשיו, לשאלות שלך:
 
1. אתה יכול לעשות apt-get uninstall על החבילה הראשית ואחרי זה apt-get autoremove.
הפקודה השנייה מסירה כל חבילה שאין יותר צורך בה - כלומר, חבילה שהותקנה רק בגלל שמישהו היה תלוי בה, והמישהו הזה כבר לא מותקן במערכת.
 
שים לב שהבאתי לך בהודעה קודמת עוד פקודה, כזו שמורידה רק packages חסרים.
תשתמש בה במקום בפקודה שעוברת על הכל, ואז לא תתקל בבעיות הורדה.
 
אגב, כל package שהתקנת עם apt-get install שמור ב-cache בספריה /var/apt/cache במחשב שלך, כך שאתה לא חייב להסיר ולהוריד שוב.
 
אם אתה יודע אלו חבילות אתה צריך, פשוט קח אותן משם.
 
2. mono מורכב מהרבה חבילות.
הוא קיים במאגרים, אבל לא בשם הפשוט mono.
 
היות ואתה רוצה לפתח, תתקין monodevelop (ע"י apt-get כרגיל, או דרך כל ממשק מועדף עליך).
 
החבילה הזו תתקין סביבת פיתוח, ואת כל התלויות שנחוצות לעבודה עם mono.
 
3. במה package תלוי, תלוי ב-package.
אני יודע שזה נשמע מצחיק, אבל זה באמת תלוי בתוכנה שמתקינים. יש תוכנות שלא אכפת להן, ויכולות לרוץ AS IS על כל גרסת מערכת, ויש תוכנות שדורשות גרסאות ספציפיות של ספריות (DLL בשפת Windows), ולכן לא ירוצו על גרסאות מערכת ישנות.
 
עקרונית, כל גרסת Ubuntu מכוונת למאגרים משלה, כדי שכל החבילות יהיו תואמות אחת לשנייה.
אם תסתכל בקובץ sources.list תראה שבכתובת כל מאגר מופיע שם הגרסה של Ubuntu.
 
זה כמובן למען הסדר הטוב.
ייתכן מאוד שתוכנה עבור Ubuntu 14 תעבוד על 17.
ובכל מקרה, אתה תמיד יכול להתחבר למאגרים של 17 מ-14, רק תזהר מה אתה מתקין משם כדי לא לעשות בלגן במערכת שלך.
 
בהצלחה!