מחקר סנסציוני חדש- 80% מהגנום פונקציונלי

[xianghua]

מחקר סנסציוני חדש- 80% מהגנום פונקציונלי

http://www.evolutionnews.org/2012/09/junk_no_more_en_1064001.html


"These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions"


"Accounting for all these elements, a surprisingly large amount of the human genome, 80.4%, is covered by at least one ENCODE-identified element"


אז מסתבר שהמונח "ג'אנק dna" הפך לג'אנק בעצמו.

 

[נ ע מ ה מ ה]

גם בהארץ

לטובת האיברו מאן
http://www.haaretz.co.il/news/science/1.1818196

 

[ב ן ח ו ר י ן]

לא ממש הבנתי מה חדש כאן...

עניין יעילות DNA זבל הוא לא חדש וגם לא האפיגנטיקה (מתילציה וכ"ו ) כמשפיעה על ביטויי גנים.

 

[Gidi Shemer]

הקונספט אינו חדש

וכותרת "פריצת הדרך המדעית" של הארץ מורידה אותם לרמת YNET וכדומיו.

החדשות פה הן שיש פרסומים של הנתונים בעקבות פרוייקט מסיבי שנעשה בהרבה מעבדות. כלומר, לא מדובר בעדויות מפוזרות (שפינוקי משום מה חושב שהן חדשות..) אלא בפירוט לרמת הנוקלוטיד לאורך הגנום. זהו שלב חשוב בפרוייקט האנציקלופדיה של הגנום ומכאן החגיגה. זו גם פלטפורמה לא רעה לדיונים על חשיבות ה- non-coding DNA (שלא נקרא ג'אנק כבר מעל 15 שנה אגב).

 

[deathcaster]

No news is good news

 

[deathcaster]

הדבר החדש הוא

שזה פורסם באתר התכנון התבוני, כעוד אמתלה חסרת בסיס במטרה לשלול אבולוציה (ללא הצלחה כמובן... כי ככה זה שמקשקשים שטויות).
פינוקי מתלהב מזה.... הוא יירגע, עד הכתבה הבאה השטותית שתפורסם שם.... וגם אז נוריד אותו חזרה לקרקע.

 

[sivan120]

לשלול אבולוציה? איך זה שולל?

נראה לי שהידיעה תומכת באבולוציה. גם אם ג'אנק DNA הוא לא ג'אנק, עדיין הוא הגיע אלינו בדרכים של אבולוציה.

 

[xianghua]

העובדה שdna זבל אינו זבל אינה חדשה

החידוש כאן הוא שמדובר ברוב הגנום. וזה חידוש די מסעיר גם מול העובדה שהביולוגים האבולוציונים תמיד טענו כי אותן שאריות מהוות ראיה לאבולוציה. כלומר מצב הפוך לכאורה נוגד את הניבוי האבולוציוני. עכשיו גם יצטרכו להסביר כיצד הם תוחמים את הזמנים שעמדו לרשות אותם שינויים, שגם כך עומדים על אפס בריבוע, כפי שהראתי כאן לא פעם.

 

[אני רק עובר]

דנ"א זבל הוא דנ"א זבל ונשאר כזה

דנ"א זבל ודנ"א פונקציונלי שניהם מהווים ראייה לאבולוציה, בכמה וכמה דרכים שונות.

עצם קיומו של דנ"א זבל דווקא לא היה ניבוי של אבולוציה (כי עקרונית אבולוציה גם יכולה להיות מספיק טובה בשביל להיפטר ממנו) וביולוגים אבולוציונים לא הציגו אותו ככזה. אלו הבריאתנים אשר מסיבות מובנות מוטרדים מקיום דנ"א זבל, והרבה שנים מנסים להכחיש את קיומו (ללא הצלחה).

כבר ידוע לנו שלפחות 40% מן הדנ"א האנושי מורכב מדברים כמו טרנספוזונים ורטרו-טרנספוזונים, שאנחנו יודעים מה הם עושים ולמה, ומבחינת התא הם זבל. מי שתוהה איך זה מסתדר עם המספר של פרוייקט ENCODE לגבי 80% פונקציונלי צריך פשוט לבדוק למה הם מתכוונים ב"פונקציונלי":

The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has systematically mapped regions of transcription, transcription factor association, chromatin structure and histone modification. These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions.

הם מדברים על "פונקציה ביוכימית", כלומר לפי ההגדרה של ENCODE רטרו-טרנספוזונים שמשועתקים נחשבים פונקציונלים למרות שמבחינת התא הם זבל.

 

[xianghua]

קצת סדר בבלאגן

ראשית, הנה דבריו של פרופ' לארי מורן:

http://sandwalk.blogspot.co.il/2011/10/myth-of-junk-dna-by-jonathan-wells.html


Almost 50% of our genome consists of defective transposons and viruses (junk) but Wells never tells his readers why that huge amount of DNA has a function.


There are many scientists who don't believe that most of our genome is junk. I think it's fair to say that the consensus is swinging against them. More and more scientists are starting to accept the idea that junk DNA is supported by evidence and, more importantly, consistent with modern evolutionary theory.


אז מסתבר שביולוגים אבולוציונים דווקא כן חושבים שהרוב "ג'אנק". ודברים ברוח דומה תשמעו גם מביולוגים אבולוציונים אחרים.


"כבר ידוע לנו שלפחות 40% מן הדנ"א האנושי מורכב מדברים כמו טרנספוזונים ורטרו-טרנספוזונים, שאנחנו יודעים מה הם עושים ולמה, ומבחינת התא הם זבל."- זה לא מה שרשום כאן:


http://www.nature.com/scitable/topicpage/transposons-or-jumping-genes-not-junk-dna-1211



"דנ"א זבל ודנ"א פונקציונלי שניהם מהווים ראייה לאבולוציה, בכמה וכמה דרכים שונות."- אם הכל מהווה ראיה לאבולוציה אז כלום לא מהווה הפרכה לה. מה שמוכיח שוב שאינה מדעית. ולמעשה שניהם לא מהווים ראיה לה. עצם קיומו של הקוד, עם מערכות המתרגמות אותו\מתקנות אותו\משכפלות אותו\אורזות אותו בצפיפות שלא תאמן (נראה אותך מתכנן משהו אופטימלי יותר מנוקלאוזום), יכול להוות רק ראיה לתכנון.



" אלו הבריאתנים אשר מסיבות מובנות מוטרדים מקיום דנ"א זבל, והרבה שנים מנסים להכחיש את קיומו (ללא הצלחה)."- לא מדוייק. לא אמורה להיות שום בעיה לבריאתנים עם"ג'אנק dna", וכאמור, הוא גם ככה כלל לא "ג'אנק".

 

[deathcaster]

מעניין בכמה פורומים מלבד זה מחזרת את הודעתך

בכל מקרה, בפורום שכן, קיבלת את התגובה הזו... רק בגלל שנכנסה שבת, כנראה לא נזכה לתגובה ממך (אבהל אתה לא דתי נכון?)

http://www.tapuz.co.il/forums2008/viewmsg.aspx?forumid=834&messageid=164246219

 

[ranisharoni]

איך מאפיינים זבל?

ברמה המולקולרית (קרי איך מזהים זבל)?
להבנתי אותו זבל הוא ניאטרלי מבחינת לחצים סלקטיביים לכן הברירה הטיבעית לא "מענישה" על כל מוטציה שהיא באיזורים אלה וניתן לצפות לקצב מקסימלי של מוטציות.

מצד שני זכור לי שמקטעים שנחשבו לזבל התגלו מאוחר יותר כפונקציוליים וזאת בגלל שלא תמיד ידוע מהי ההתאמה בין חלבונים לדנ"א. לאחרונה שמעתי שלאחר מיפוי הגנום האנושי די התעלמו ממקטעים משוכפלים היות וסברו שמדובר בפסאודו גנים אבל אז גילו שיש כאלו שהם מקודדים ואפילו חשובים מאוד כמו משביח המוח של מיני ההומו - SRGAP2C. למה לא גילו שהגן הזה הוא לא פסאודו מייד לאחר מיפוי הגנום? (כזכור לי אחת השיטות לגלות אם גן הוא פסאודו היא ע"י חיפוש פרטים ללא העותק ובדיקה האם יש שונות כלשהי בפרטים אלה - למשל לא מצאו פרט ללא SRGAP2C אבל מצאו בלי SRGAP2B ללא בעיות וללא SRGAP2A אבל עם בעיות).

עוד נקודה ששמעתי היא שבקידוד לחלבון, כמו אנזים, רק על רצפי אמינו קצרים יחסית יש לחץ סלקטיבי חזק לשימור ושאת רוב החומצות ניתן להחליף (בחומצות מסוימות) מבלי לפגוע בפונקצינליות של האנזים (איזומורפיזם מבני). כלומר רוב קידוד (אפילו של האקסונים) לא רגיש למוטציות כמו החלקים "החשובים" ולפיכך אפשר לצפות לקצב מוטציות אחר. האם במקרה זה קל להבין שמדובר בקטע מקודד ולא זבל?

שאלה כללית, האם קיומו של דנ"א זבל משפר את היציבות של הדנ"א (למשל בכך שהוא מגדיל את הסיכוי שמיפגעים פוטנציאלים, כמו מקטעי רטרו, יפלו על קטעי זבל)?

תודה.

 

[ב ן ח ו ר י ן]

שאלה יפה

בהחלט יכול להיות. זו כמובן לא היתה "כוונת" האבולוציה והצטברות DNA זבל (ושוב, מבחינת המדענים הוא נקרא זבל בינתיים כי עדיין לא מצאו לו תפקיד) היא תהליך של זמן, אבל בהחלט יכול להיות שעצם הימצאותו מקטין סיכוי למפגעים ב-DNA המקודד.

 

[אני רק עובר]

זה לא נכון שהוא נקרא זבל כי לא מצאו לו תפקיד

אף ביולוג רציני לא קורא לדנ"א זבל רק בגלל שעדיין לא מצא לו תפקיד.

קוראים לו זבל כאשר ברור שאין בו אינפורמציה, למשל סתם הרבה מאוד חזרות על אותו רצף קטן. חלק מהקטעים האלו עוד מתפקדים בתור filler (כמו מישהו שכותב במעבד תמלילים ולא יודע איך משתמשים בטאבים אז הוא מכניס הרבה רווחים) אבל את חלקם סילקו מהגנום בניסויים ולא רואים לכך שום השפעה בריאותית או אחרת.

וגם כאשר יודעים בדיוק מה הדנ"א זבל עושה, למשל רטרוטרנספוזונים שסתם קופצים ממקום למקום ומשכפלים את עצמם. מבחינתם האנוכית הם מתפקדים ומפיצים את עצמם אבל מבחינת התא הם זבל.

וגם פסאודוגנים שהם בברור עותקי גנים מקולקלים שלא מתפקדים עקב פגם אחד קטן בתהליך השיעתוק למשל.

יכול להיות שלקיום זבל יש גם יתרונות מסויימים (אולי מקטין סיכוי לפגיעה כתוצאה ממוטציות), ולפעמים האבולוציה ממחזרת חלקים מהזבל למשהו פונקציונלי. ועדיין בתקופה שהוא לא פונקציונלי הוא בעצם זבל.

אגב, הרבה ביולוגים לא אוהבים את המונח "דנ"א זבל" כי אין לו צליל מדעי, וזה לא מונח ביולוגי רשמי (אני לא חושב שתמצא אותו בספרי לימוד). אישית אין לי בעייה להשתמש בו בשיחות יומיום.

 

[deathcaster]

תגובה

זה כמובן לא שולל, אך זה לא מונע מפינוקי ומחבריו הבריאתנים למצוא "ראיות" נגד האבולוציה תחת כל עץ רענן.

הדבר הכי אבסורדי הוא שכשהוא נדרש לעשות ההיפך- לספק ראייה ישירה לתכנון תבוני, הוא מקפל את זנבו ונעלם למס' ימים כאילו כלום לא קרה (וטיעון השען אינו ראיה, אף לא ראיה עקיפה)

 

[Immanuel Goldstein]

תעזוב ראיה ישירה לתיאורית המתכנן התבוני.

ראית אי פעם פוסט בו הוא כתב מהי תיאורית המתכנן התבוני?
הדבר הקרוב ביותר לתיאור של התיאוריה הוא "יצורים חיים הם דבר נורא מורכב ולכן לא יכול להיות שהם נוצרו ללא התערבות מתכנן תבוני". שמעת ממנו אי פעם איזה תובנה לגבי גיל כדור הארץ? מקור היסודות בו? ביוגיאוגרפיה (למשל הסבר תכנוני לתפוצתם של יונקי הכיס)? או טענה כלשהי לגבי מהותו של המתכנן (האם הוא יהוה? אחת הפרסונות של השילוש הקדוש? מפלץ ספגטי מעופף? הדמיורג יאלדבאות'?).

 

[deathcaster]

אולי כדאי לו להאמין ב-XENU?

 

[Immanuel Goldstein]

מצידי שיאמין במה שהוא רוצה.

אני מצפה ממנו, ומכל אחד שטוען שיש לו תיאוריה מדעית כלשהי שיבוא ויגיד מהי אותה תיאוריה. עד עכשיו כל מה שיש לנו בתור תיאוריית המתכנן התבוני זה טיעון השעון של פיילי. זה למעשה הכל.

 

[deddy]

הוא באמצע מחקר, בקרוב הוא יגיע עם מסקנות

 

[Immanuel Goldstein]

נראה לי שהתוצאות מצביעות על זה שהמתכנן התבוני הוא אלוהי הנוצרים- אם כי צריך להחליט איזה צבע מייצג את האב, איזה את הבן ואיזה את רוח הקודש.