תשובה חלקית בלבד:
גם לי זה הפריע תמיד. בחירה כל כך דוחה ומכוערת.
אני יודעת רק את הסיבה התיאורטית, אבל...
הסיבה התיאורטית היא שבשורש ק.ט.ל., אין שום דבר יוצא מן הכלל: לא אותיות "א'ה'ח'ע'ר'" ולא אותיות "ב'ו'מ'ף'" או "ב'ג'ד'כ'פ'ת'".
ולכן אין צורך להתעסק בניקוד שונה, כמו למשל אות דגושה או רפה וכו'.
אז יש בטח גם שורשים אחרים ניטרליים כאלה. כאן אני כבר "חושדת" באסכולה הגרמנית, בה נכתבו מילונים וספרי דקדוק חשובים בעברית, שהיא זו אשר בחרה דווקא בַּפועל "מצודד הנפש" הזה.
זו ההשערה שלי בלבד. לא בדקתי באינטרנט.