שינוי יעוד של מקטע פוליפפטידי בחלבון

[blueshark09]

שינוי יעוד של מקטע פוליפפטידי בחלבון

בעקבות איזו מצגת שראיתי היום נזכרתי בדיון שניסיתי לפרט את ה"גמישות" של החלבונים שמשמרים את האתרים הפעילים, במקביל לשינויים פרמסיביים רבים בצורת החלבון, מוטיבים, אתרי פוספורלציה (בקרה). אז הנה עוד דוגמא משגעת בפורסמה בNATURE על ידי כמה יפנים שקדנים - דוגמא יפה מ2ממלכות (!) - שמרים ובני אדם שמשתמשים בכמעט אותם מוטיבים בחלבונים השונים למטרות שונות. יצירת חלבון עם אפליקציה שונה/השתקה של פונקציה קיימת/שינוי יעוד הם פרמסיביים לאין ארוך ממה שחשבנו פעם (כמו שאמר איקולי)

 

[blueshark09]

עוד דוגמא

הפעם מבחר הממלכות גדול יותר, ומודגמת מאקרו הומולוגיה: חלבוני פורמין ביצורים השונים.

 

[Escherichia Coli]

אין ספק שההומולוגיה מצביעה במקרה זה

על מוצא משותף - אך נשאלת השאלה - האם ניתן לנתח את הנתונים האלה כדי להעריך נקודות התפצלות? (אני מניח שכן, אני פשוט תוהה אם אתה יכול לתת לי מושג איך עושים דברים כאלה)

 

[blueshark09]

כמובן

אבל כפי שאתה רואה המקרים הרבה יותר מורכבים מסתם ספירת מוטציות נקודתיות - יש המון אינברסיות, מחיקות, הדבקות וכו', מה שמאוד מסבך את העניין. אבל יש אנשים שטובים בזה - ביולוגיה מולקולירית היא הרבה יותר מתקדמת כיום ויש מומחים גם בתחום זה. אני יותר ניסיתי להדגיש כאן את הדומיינים המשותפים בין חלבונים ו/או תוספת של איזורים שמורים על ידי הדבקות ושינוי קודוני טרמינציה/קודוני מטיונין. חלבונים הם מבנים מודולריים וגם לעיתים בעלי מספר תת יחידות מקודדות באופן נפרד, מה שהראתי פה זה שאפילו חלובנים מקודדים באופן מלא הנם עדיין מודולריים.

 

[Escherichia Coli]

כיצד ניתן לדעת מה הביצה ומה התרנוגלת?

אני מתכוון, רק על סמך התבוננות על רצפי הקודים של כל חלבון בהתאמה?

 

[blueshark09]

השוואה בין 2 רצפים בלבד הינה רק לפי ידע קודם

אבל אם יש לך יותר מאשר 2 רצפים, אתה יכול למקם מי רחוק יותר ממי לפי פשטות המעבר בין כל 2 רצפים - תלמד בקורס מבוא לאבולוציה (ואם אתה רוצה ממש לעומק קורס אבולוציה מולקולרית). בסופו של דבר יהיה לך רשת של קשרים, ומה שישאר לך זה רק למצוא את השורש, כך שתקבל עץ אבולוציוני יפהפה. תוכל לשתול אותו בגינה.

 

[Escherichia Coli]

בקיצור, אתה אומר לי RTFM ../images/Emo13.gif

אני הייתי עושה את זה בעצמי, אבל אני לא בטוח איזה מחרוזות לשים במנועי החיפוש - יש לך מושג איפה אני יכול לקבל טיפה יותר מושג לעומק כיצד דברים כאלה נעשים?

 

[blueshark09]

מה זה RTFM ?

תרשם לקורס "אבולוציה מולקולרית" של טל פופקו בשנה ג'

 

[Septem]

Read The Fucking Manual

מושג מאד חשוב!

 

[blueshark09]

תודות

השכלתי

 

[Escherichia Coli]

אהם!

כן.

 

[Escherichia Coli]

תקשיב,

בנתיים לא ראיתי את הקמפוס בשנה א' בגלל השביתה המחוריינת הזאת, אז אתה שולח אותי לקורסים שנה ג'? אני ככל הנראה אלמד מולקולרית יחסית הרבה, כי המסלול שאני לומד בו (ביולוגיה מחקרי למצטיינים) מאפשר המון גמישות מבחינת תחומי העניין שלי ואני נוטה חזק לכיוון גנטיקה-מולקולרית - אבל שנה ג'? poot. אולי יצא לי ללמוד את זה מוקדם כי אנחנו מתחילים ללמוד קורסים של שנה ב' (אבולוציה וגנטיקה) בשנה א'?

 

[blueshark09]

וואלה נכון

גם אני עשיתי אבולוציה שנה א', אז אתה יכול לצלול לשנה ב' בכיף שלך עם אבולוציה מולקולרית, רק בעיה אחת - אתה חייב ידע בתכנות או לקחת קורס מקדים בתכנות. בנתיים באמת השנה א' שלך הולכת מה שנקרא בשפת הפורום להכחדה המונית. לי כבר לא כזה מזיז, אבל למה אתם הסטודנטים של תואר ראשון לא מזיזים עניינים ? אתה המודע אגב שברגע ששביתת המרצים תסתיים תהיה שביתת אגודות הסטודנטים ? נהיה סלט הכי גדול בהיסטוריה וכולם בנתיים באפטיה מוחלטת - כל אחד עוסק בעניינים שלו.

 

[m0sh3]

המרצים הבכירים הם חצופים,

כשהסטודנטים שבתו הם השיגו לעצמם הסכם תוך שבוע והסירו את התמיכה מהסטודנטים - עכשיו הם אוכלים את מה שהם בשלו. הם אמרו לנציגים של אגודת הסטודנטים בפקולטה שלי שמרצים בכירים לא יוצאים להפגנות, הם מחכים שהסטודנטים יהיו מספיק נואשים בשביל לעשות את זה בשבילם. בזיון