הסבר
אני יכול לחשוב על לפחות 2 סיבות. סיבה ראשונה היא מעשית. שיטת היחידות בה עובדים בעולם המדעי/הנדסי היא שיטת SI שבה כל הגדלים הפיזיקלים מבוססים על הקילוגרם, מטר ושנייה. יחידת האנרגיה היא הז׳אול, יחידת המסה היא הקילוגרם והמשוואה מראה שכדי לעבור מקילוגרם לז׳אול צריך להכפיל במהירות האור בריבוע, ביחידות של מטר לשנייה. זה המספר שצריך להכפיל כדי לעבור מאגף ימין לאגף שמאל. כלומר בפועל, שבאים לחשב עם זה דברים זה המספר שצריך להכניס כאשר עובדים בשיטת SI.
ברמה השנייה, בפיזיקה יש מספר קטן מאד של גדלים פיזיקליים שאנחנו קוראים להם גדלים של הטבע. למשל מהירות האור, מטען האלקטרון, קבוע פלאנק, קבוע בולצמן. מספרים שמופיעים בכל התאוריות הפיזיקליות ואנחנו לא יודעים להסביר את מקורם. בתאוריית היחסות הפרטית איינשטיין הראה שהמסה והאנרגיה הם 2 פנים של אותה ״אמת״ פיזיקלית ומה שמקשר ביניהם הוא מהירות האור - גודל טבע. בגלל זה המשוואה נכתבת באופן הזה, כדי להראות את הקשר המפורש בין הגדלים השונים ואת מהירות האור בצורה מפורשת.
בקשר לפסקה השניה שכתבת, ברגע שנמצא קשר בין המסה לאנרגיה השאלה הבאה תהיה מהו מקדם הפרופורציה ביניהם ומסתבר שמקדם הפרופורציה הוא מהירות האור בריבוע. ממש כפי שהיית מתאר קשר בין משתנה תלוי ומשתנה בלתי תלוי והיית מגלה קשר ליניארי אז השאלה הראשונה שלך הייתה מהו השיפוע של הקו. כאן השיפוע של הקו הוא מהירות האור בריבוע.