../images/Emo41.gifחלק ב'../images/Emo41.gif../images/Emo19.gif
הלהקה לא יצאה לסיבוב הופעות לקידומו של המיני-אלבום שלה, Jar of Flies, שהיה ונשאר המיני-אלבום הנמכר ביותר בהיסטוריה. עובדה זו גרמה לגל של שמועות שעסקו בחומרת בעיות הסמים של סטאלי. הלהקה פסקה מפעילותה לזמן קצר, עד שהוציאה ב-1995 את האלבום שנושא את שמה. סטאלי הלחין בו שיר אחד בלבד בשם "Head Creaps", שרבים מתארים כשיר הכבד ביותר בתולדות הלהקה. במקביל ליציאת האלבום יצאה קלטת וידאו בשם The Nona Tapes שבה גילם ג'רי קאנטרל תפקיד של עיתונאית התרה אחרי הלהקה. הקלטת הקניטה את המעריצים על חרושת השמועות שאחדות מהן בישרו על מותו ו/או על הידבקותו באיידס של סטאלי. למרות הציניות המופגנת שלה התקשתה גם הפעם הלהקה להשלים את כל ההופעות שתוכננו לשם קידום האלבום. השורה הפותחת של האלבום (מתוך השיר "Grind") נחשבת בעיני רבים לתגובתו של קאנטרל על השמועות בקשר למצבו של סטאלי: "הייתי מכניס אתכם לבור האפל ביותר ומייעץ לכם בחוכמה שלא לתכנן את הלווייתי לפני שהגוף מת". ב-1996 מתה חברתו לחיים וארוסתו לשעבר דמרי פארוט מזיהום בקטריאלי שנגרם כתוצאה משימוש בסמים. כתוצאה מכך נעשה סטאלי יותר ויותר מבודד, ומאז ככל הידוע הוא הפסיק לחזור על נסיונות הגמילה הכושלים שלו. הופעתו האחרונה הייתה ב-3 ביולי 1996 בקנזס סיטי, מיזורי, כשהלהקה הופיעה כלהקת-חימום במופעי האיחוד של קיס. בראיון למגזין הרולינג סטון מ-1996 התבטא סטאלי לגבי התאבדותו של קורט קוביין: "עברתי את כל מה שקורט קוביין עבר. לא הכרתי אותו היטב, אבל רק ראיתי את האדם המאוד אנרגטי הזה הופך לדמות ביישנית, מפוחדת ומאוד לא חברותית שבקושי הייתה מסוגלת לפלוט את המילה "שלום"... בסוף היום או בסוף המסיבה, כשכולם הולכים הביתה, אתה נשאר תקוע עם עצמך". באותו ראיון תיאר סטאלי את חייו שלו-עצמו כ"צעידה דרך הגיהנום". ב-1999 יצא מארז התקליטורים Music Bank, הכולל מעל 3.5 שעות של מוזיקה מאת אליס אין צ'יינס. בין השירים נכללו גם שני השירים האחרונים שסטאלי כתב והקליט עם אליס אין צ'יינס ושהוקלטו במיוחד לכבוד הוצאת המארז, "Get Born Again" (שכלול גם באוסף Nothing Safe - The Best Of The Box) ו-"Died". בין לבין חבר ליין סטאלי לבארט מרטין ומארק לנגאן מהסקרימינג טריז, מייק מק'ריידי מפרל ג'אם וג'ון בייקר סאונדרס (חבר של מק'ריידי שמת ב-1999 ממנת יתר של הרואין) ויחד הם הקימו את הסופרגרופ הראשונה של סטאלי, מד סיזן. הלהקה הוציאה אלבום אחד ששילב אלמנטים של גראנג' ובלוז ב-1995. כל השירים באלבום נכתבו בידי ליין סטאלי והולחנו בידי חברי מד סיזן. הבלדה "River Of Deceit" הייתה הלהיט הגדול ביותר מתוך האלבום. באחד מהתצלומים של חברי הלהקה באלבום (בצידה השני של העטיפה האחורית) נראות היטב הכפפות, האופייניות למכורים קשים, שסטאלי השתמש בהן באותה תקופה כדי להסתיר את הנקבים שבין אצבעותיו. סטאלי עשה שימוש בכפפות אלה גם במשך כל הופעת ה-MTV Unplugged של אליס אין צ'יינס. ב-1999 הקליט סטאלי יחד עם טום מורלו מרייג' אגיינסט דה מאשין, סטפן פרקינס מג'יינס אדיקשן ומרטין לה נובלה מפורנו פור פיירוס גירסת כיסוי מטאלית לשיר "Another Brick In The Wall" של פינק פלויד על שני חלקיו, תחת השם "Class Of '99". השיר נכלל בפסקול של סרט האימה לנוער מ-1998 "סיוט בחדר המורים". ב-20 באפריל 2002 נמצא ליין סטאלי מת בדירתו שבסיאטל, שבועיים לאחר שהזריק לעצמו מנת יתר של סמים, והוא בן 34. תערובת ההרואין והקוקאין שגרמה, ככל הנראה, למותו של סטאלי נקראת "ספידבּוֹל". גופתו הייתה מוקפת בסמים ובציוד לשימוש בסמים, והייתה במצב כה גרוע עד שהיה ניתן לזהותו רק באמצעות המסמכים הרפואיים. סיבת המוות מוזכרת במקומות רבים כשילוב של מנת-יתר והתאבדות, בין השאר מפני שהוא הזכיר באלמנטים מסוימים את מותו המתוקשר של קורט קוביין (סולן להקת נירוונה) שהתאבד ב-1994 על רקע התמכרות להרואין. סטאלי וקוביין הלכו שניהם לעולמם ב-5 באפריל, בהבדל של שמונה שנים. ג'רי קאנטרל ניסה בכל כוחו לשמור על קשר של חברות עם סטאלי עד לרגע האחרון. הוא הקדיש לסטאלי את אלבומו Degradation Trip שיצא חודשיים לאחר מותו של סטאלי. ב-2003 הקימה אימו של ליין סטאלי, ננסי מק'קאלום את "קרן ליין סטאלי", ארגון ללא מטרות רווח המתרים כספים לשם עזרה למכורים להרואין, ופועל בשיתוף עם קהילת המוזיקה של סיאטל. מדי שנה מארגנת הקרן אירוע התרמה בסמוך לתאריך מותו של ליין סטאלי. חלק גדול מהשירים שכתב ליין סטאלי נכתבו בנימה אישית מאוד במונחי הרוקנרול, לדעת מבקרי המוזיקה והמעריצים. "Get Born Again" הוא אחד משני השירים האחרונים שכתב סטאלי ונכלל בקופסה Music Bank: "אני אבחר את התאריך, מוות אחד וערפל אפור סמיך, אני מסתתר ומחייך, נקה את כל חטאיך, היוולד מחדש, רק חזור על כמה שקרים. סבל עצום, היוולד מחדש...". אדי ודר מלהקת פרל ג'אם וארון לואיס מלהקת סטיינד הקליטו שירים לזכרו של ליין סטאלי. השיר "4/20/02" של אדי ודר מציין את התאריך שבו שמע אדי ודר על מותו של סטאלי ובו ברגע כתב את השיר, והוא מופיע באלבום האוסף של פרל ג'אם, "Lost Dogs". השיר "Layne" של ארון לואיס כלול באלבום "141Shades of Grey" של סטיינד מ-2003. סטיינד נחשבת לאחת מהלהקות הרבות שהושפעו בבירור מאליס אין צ'יינס.