בס"ד המקור עצמו לא ידוע אבל מה שיודעים זה שזה מנהג יהודי שעבר במסורת כנגד לשים זר פרחים שזהו מנהג של גוים. אולי אני אביא קישור שאלו פה כבר את השאלה הזו.
יש שני טעמים ששמעתי. הראשון - שזהו כבוד המת שמראים בזה שמישהו היה על קברו. השני - יש מצווה לקבור את המת ולכסות את הקבר בעפר ובזה ששמים אבן זה כאילו שיש לך חלק במצוות הקבורה.