הגדרת המין

[squalus]

אני לא ראיתי שמאמר טוען את מה שאתה אומר

איפה ראית את זה במאמר? :
אם כך הרי שהשונות הממוצעת בין פרטים מאותו גזע היא קצת מתחת ל-0.1% ובין פרטים מגזעים שונים היא קצת מעל ל-0.1%
אתה יכול לצטט את המשפט שטוען את זה?

אתה גם טוען שהבדל הוא "בהחלט מובהק", איפה ראית מובהקות ססטיסטית לזה?
המאמר טוען ומסכם שאין שום נתונים התומכים בכך שיש גזעים, אתה טוען שלא רק שיש גזעים, אלא שיש מינים נפרדים. אנחנו קוראים את אותו המאמר?

ובקשר ל "מתברר שישנם שבטים שהשונות בין פרטיהם קטנה פי 3 מאשר בינם לבין גזעים אחרים"
מתברר איפה? אפשר קישור לנתונים?

והרמת סף של ההבדל בשונות בין אוכלוסיות לא נקבע באופן שרירותי, כפי שאמרתי, קיימים מודלים, וקיימים מבחנים סטטיסטים.

 

[Charles Darwin]

אוקיי יש פה כמה נקודות

1. לגבי קצת מעל וקצת מתחת ל-0.1%, זה חישוב מתמטי שמתקבל מהנתונים שלהם. אילו הרכיב הגזעי היה 0% אז באמת ניתן היה לומר שה-0.1% הוא בין פרטים ללא קשר לשיוכם הגזעי, אך הרכיב הגזעי הוא לא 0 אלא 10-15%. זה כמו שימצאו שההבדל במשכורת בין גברים לנשים הוא 500 ש"ח בחודש, אך זה מסביר רק 10-15% מהשונות במשכורות בין בני אדם. האם זה אומר שאין הבדל בשכר בין גברים לנשים? לא. יש הבדל והוא מן הסתם מובהק, גם אם הוא מסביר רק חלק יחסית קטן מהשונות הכללית באוכלוסיה.

2. לגבי מובהקות ניסיתי להסביר אינטואיטיבית למה זה צריך להיות מובהק וגם ראיתי את זה במאמרים. אם זה כל כך קריטי לך אני מוכן לחפש מאמר שאומר את זה במפורש. לא אמרתי שאני או המאמר טוענים שהגזעים הם מינים, טענתי שזה מה שמתקבל מההגדרה שלך למין.

3. לגבי האינדיאנים (במקרה הזה דווקא לא מהאמזונס) ראה /homes.bio.psu.edu/people/faculty/nei/lab/1978-nei.pdf" target="_blank" rel="nofollow">https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/nei/lab/1978-nei.pdf" target="_blank" rel="nofollow">כאן בעמוד 359: "Unrelateds in Yanomama Indians" לעומת "Between races". היחס שם הוא 49:16, שזה אפילו יותר גדול מאשר הרף שהצבת (3:1).

 

[Charles Darwin]

קישור תקין (אני מקווה) למאמר:

https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/nei/lab/1978-nei.pdf

 

[squalus]

צר לי, אבל אני חולק עליך

1. הם טוענים שבין כל שני בני אדם יש שונות של 0.1%, אתה עכשיו בא וטוען אחרת.

The average proportion of nucleotide differences between a randomly chosen pair of humans (i.e., average nucleotide diversity, or ) is consistently estimated to lie between 1 in 1,000 and 1 in 1,500.

ה-10% הבדל בין אוכלוסיות הוא פרופורציה מתוך ה-0.1% האלו.

Of the 0.1% of DNA that varies among individuals, what proportion varies among main populations?

בפרופורציה אין מעל או מתחת ל-100%, אלא בדיוק 100%, לא נראה שהבנת את הנקודה הזו של פרופורציה.

2. אני לא יודע מה הרקע שלך, ואם אתה מודע לכך, אבל מובהקות זה מונח מאוד ספציפי. וצריך להיות מגובה בניתוח סטטיסטי וערך p, אין דבר כזה מובהקות אינטואיטיבית.
אתה לא יכול להסתכל על נתונים משתי אוכלוסיות ולהגיד "זה נראה לי מובהק", אתה חייב מבחן סטטיסטי שיגבה את המילה הזו.

3. זה מאמר מ-1978, עם כל הכבוד להם, הם בקושי ידעו אז מה זה גנים, וטכנולוגיית ריצוף ה-DNA היתה בחיתוליה.
הניתוח שאתה רואה שם נעשה באמצעים מאוד פרימיטיבים ולא מדוייקים. אתה צריך לחפש נתונים מקסימום מה-15 שנים האחרונות.

 

[Charles Darwin]

זה בסדר גמור לחלוק עלי

אבל לצערי המוטיבציה שלי להדגים את עמדתי באותות, מופתים, מאמרים, מאמרים חדשים יותר, מאמרים עם אימפקט יותר גבוה וכו' כבר לא מה שהיתה פעם.

"לא נראה שהבנת את הנקודה הזו של פרופורציה."

במאמר שהבאתי (מ-1978) מצוין שבין שני פרטים מאותו גזע יש 44 הבדלים גנטיים על כל 49 הבדלים בין פרטים מגזעים שונים. שים לב שזה 44 ו-49 מתוך בערך 40,000, כלומר כ-0.1%. המספר הזה מוכר לך מאיפשהו? זה בדיוק אותו מספר שהמאמר שהבאת (מ-2004) נתן. אלא מה? מחברי המאמר החדש, ה"עדכני" וה"טוב" יותר, "שכחו" לציין את הפרט הזה והעדיפו פשוט לכתוב שההבדל הוא תמיד (בערך) 0.1. הם אפילו לא טרחו לכתוב בערך. הם בחרו להדגיש את הדמיון בין הגזעים וכנראה שהפרט הזה לא נראה להם מספיק חשוב, מה שלהערכתי יצר את הבלבול כאן. אגב, המאמר ממש לא "טוען ומסכם שאין שום נתונים התומכים בכך שיש גזעים", הוא טוען ומסכם שגזע זה מושג שנוי במחלוקת (פוליטית) ושהגנטיקה לא תומכת בהגדרה מאוד מסוימת של גזע. זה נקרא איש קש, ושוב נראה שהניסוח שלהם יצר בלבול.

"אתה לא יכול להסתכל על נתונים משתי אוכלוסיות ולהגיד "זה נראה לי מובהק", אתה חייב מבחן סטטיסטי שיגבה את המילה הזו."

גם זה עלה בפורום בעבר, אם כי בהקשר של מדגמים מאוד קטנים. אם אני מסתכל על אוכלוסיה של פילים ואוכלוסיה של נמלים, אני יכול לקבוע אינטואיטיבית שההבדל במשקל בין פרטים בשתי האוכלוסיות הוא מובהק אפילו בלי מבחן סטטיסטי. אם אני מסתכל על הגנומים של שתי האוכלוסיות הנ"ל, אני יכול לקבוע אינטואיטיבית שיש הבדל גנטי מובהק בין האוכלוסיות. מבחנים סטטיסטיים נועדו בעיקר למקרים גבוליים. אכן לגיטימי בהחלט לטעון שגזעי האדם הם מקרה גבולי, אך יחד עם זאת ההסבר האינטואיטיבי הוא בשום אופן לא חסר ערך. כאמור במאמר שהבאתי מדובר על הבדל של 44 מול 49. אם אתה רוצה לחשוב שהמאמר מיושן והתוצאה לא מובהקת, זה בסדר גמור מבחינתי ואין לי מה להוסיף.

"זה מאמר מ-1978, עם כל הכבוד להם, הם בקושי ידעו אז מה זה גנים, וטכנולוגיית ריצוף ה-DNA היתה בחיתוליה.
הניתוח שאתה רואה שם נעשה באמצעים מאוד פרימיטיבים ולא מדוייקים. אתה צריך לחפש נתונים מקסימום מה-15 שנים האחרונות."

הפוך, גוטה. בתחום הזה מאמרים ישנים דווקא נוטים להיות אמינים יותר כתוצאה מהקצנת ההטיה הפוליטית, כפי שניתן לראות במאמר שהבאת מ-2004 (שהוא אגב דווקא מתון יחסית). אם חשוב לך מחקר עדכני אתה תראה תוצאות דומות למה שהוצג במאמר מ-1978 במאמר מ-2009 (ראה למשל תמונה מתוך החומר הנלווה למאמר). אל תצפה למצוא שם את הטענה שהגזעים הם מינים או אפילו שהגזעים הם גזעים, אבל עם קצת מאמץ תוכל אולי לראות את היחס של בערך 3:1 בין השונות בתוך שבטים אינדיאניים מסוימים לבין השונות בינם לבין גזעים אחרים, מה שלשיטתך עשוי להעיד על ספציאציה.

 

[squalus]

תגובה

לא מה? מחברי המאמר החדש, ה"עדכני" וה"טוב" יותר, "שכחו" לציין את הפרט הזה והעדיפו פשוט לכתוב שההבדל הוא תמיד (בערך) 0.1. הם אפילו לא טרחו לכתוב בערך.
אני לא חושב שהם שכחו לציין את הפרט הזה, פשוט ב-30 ומשהו שנים מאז, הצטבר מידע חדש, יותר מדוייק ויותר אמין. כיום ניתן לרצף גנום שלם בתוך כמה שעות בעלות יחסית זולה, ואמנם ב-2004 זה עדיין לא היה כל כך פשוט, עדיין השונות הגנטית נקבעה ע"י ריצוף, והבדלים בין נוקלאוטידים בודדים, מה שנותן דיוק הרבה יותר גבוה מהטכנולוגיה של אלקטרופוריזה של חלבונים משנות ה-70. והם כן טרחו לכתוב בערך:

(i.e., average nucleotide diversity, or ) is consistently estimated to lie between 1 in 1,000 and 1 in 1,500



אם אני מסתכל על הגנומים של שתי האוכלוסיות הנ"ל, אני יכול לקבוע אינטואיטיבית שיש הבדל גנטי מובהק בין האוכלוסיות. מבחנים סטטיסטיים נועדו בעיקר למקרים גבוליים. אכן לגיטימי בהחלט לטעון שגזעי האדם הם מקרה גבולי, אך יחד עם זאת ההסבר האינטואיטיבי הוא בשום אופן לא חסר ערך. כאמור במאמר שהבאתי מדובר על הבדל של 44 מול 49. אם אתה רוצה לחשוב שהמאמר מיושן והתוצאה לא מובהקת, זה בסדר גמור מבחינתי ואין לי מה להוסיף.

אין לי מה לומר, אם אתה מסוגל להתסכל על סט כזה של נתונים ולקבוע אינטואיטיבית שאתה יכול לראות מובהקות סטטיסטית, כנראה האינטואיציה שלך הרבה יותר טובה משלי.
קטונתי מלבצע ניתוח ססטיסטי בראש. אינטואיטיבית, אם אני מסתכל על פיגמים מאפריקה, נורדים ויפנים, לי הם נראים כמינים נפרדים.


הפוך, גוטה. בתחום הזה מאמרים ישנים דווקא נוטים להיות אמינים יותר כתוצאה מהקצנת ההטיה הפוליטית,

דוקא הפוך גוטה. אני לא שותף לראיה הרומנטית שהמחקרים העתיקים אמינים יותר מהמקרים העדכניים בגלל שאז לא היו מושפעים מפוליטיקה.
בתחום זה, של גנטיקנ של אוכלוסיות, יש חשיבות עצומה לטכנולוגיה בה משתמשים לניתוח הגנטי. וריצוף של גנום שלם מספק מידע גדול בעשרות מונים מאלקטרופוריזה של חלבונים. בקשר למאמר מ-2009, הוא נראה מאוד מעניין, אצטרך לקרוא אותו ביתר תשומת לב בשביל לראות מה הם קובעים, אבל זה יקח זמן, כי כמו שאומרים אצלנו בברנג'ה, זה מאמר ארוך אחושרמוטה.

בכל אופן, הנה מאמר שמפרט על השימוש בשונות גנטית לזיהוי מינים חדשים.

 

[Charles Darwin]

גם אני לא שותף לאידאליזציה הרומנטית הזו

הטיות במדע היו ויהיו ואני לא מתיימר לדעת מספיק כדי לקבוע מגמות כלליות, אבל את התחום הספציפי הזה אני קצת מכיר ולהערכתי האישית המצב החמיר.

עברתי על המאמר שקישרת אליו (הוא מופיע בגוגל סקולר כ-PDF) ובשלב זה אני יכול להגיד שני דברים: (1) נראה שהוא דווקא מאוד מסתמך על ה-D של ניי, מתוך מאמר מ-1972 (המאמר שאני נתתי הוא של אותו ניי, רק מ-1978 וספציפי לאדם), ו-(2) נראה שההגדרה שם שונה מההגדרה שאתה נתת שלשום, שעליה כל הדיון הנוכחי מבוסס מבחינתי.

הבהרה לגבי המאמרים מ-1978 ו-2004: מה שנכתב במאמר מ-1978 זה בעצם שההבדל בין שני פרטים מאותו גזע הוא 0.11% (44 מתוך 40,000) ובין שני פרטים מגזעים שונים הוא 0.1225% (49 מתוך 40,000). מה שנכתב במאמר מ-2004 זה שההבדל בין שני בני אדם הוא (בערך) 0.1% ומתוכם הרכיב הגזעי הוא כ-10-15%. למעשה שני המאמרים כותבים את אותו דבר ואין שום סתירה ביניהם. בהחלט אפשרי שהטכנולוגיה החדשה היתה מגלה שהתוצאות הישנות לא מדויקות, אבל בפועל זה לא קרה. ההבדל הוא לא בממצאים אלא באופן הצגתם. המאמר מ-2009 הוא אכן ארוך ואם הנושא לא מעניין אותך לא הייתי מציע לך לקרוא אותו רק לצורך הדיון הנוכחי, מה גם שצורת ההצגה של הנתונים שם היא כנראה דומה למאמר מ-2004.

 

[squalus]

תגובה

1.כן, המאמר מסתמך על ה-D של ניי, המודל של ניי מהווה את הבסיס לגנטיקה של אוכלוסיות. לא היתה לי בעיה עם המודל הססטיסטי במאמר מ-78, אלא עם השיטות בהן נאסף המידע, שהן מאוד old school ולא מדוייקות.
2. ההגדרה במאמר לא שונה משלי, הוא רק מרחיב עליה. ההגדרה הרשמית, אגב, היא עוד יותר בסיסית ממה שאני נתתי:

A genetic species is a group of genetically compatible interbreeding natural populations that is
genetically isolated from other such groups.

ומה שאני כתבתי זה שיש מודלים רבים לקביעה הזו. (אבל הייתי צריך לדייק בכך שאני מתכוון למין גנטי, לא מין פילוגנטי כמו שכתבתי).

את המאמר מ-2009 לא אמרתי שלא אקרא, רק אמרתי שיקח לי זמן להתפנות לקרוא אותו.

 

[Charles Darwin]

סיכום (ביניים)?

לא אמרתי שאמרת שלא תקרא את המאמר מ-2009, רק הצעתי לך לא לקרוא אותו אלא אם כן הנושא מעניין אותך. הסיבה היחידה שהבאתי אותו היא שאני מכיר אותו וזכרתי שיש בו גרף רלוונטי. אגב גם את המאמר מ-1978 כבר הכרתי (וגם את זה מ-2004), זאת משום שזו לא הפעם הראשונה שאני מנהל את הדיון הזה כאן והשאלות נוטות לחזור על עצמן, כמו גם ההנחה שאני לא מבין מונחי יסוד בסטטיסטיקה.

ונראה לי שהמאמר מ-2001 (שאותו לא הכרתי) דווקא מציג עמדה שונה מזו שהצגת בתחילת הדיון והוא אף מבקר את הגישה הגנטית. עם הציטוט ששמת מתוך המאמר דווקא אין לי בעיה, אבל אני עדיין לא מקבל את ההגדרה שלך שהתייחסה למרחק גנטי בתוך ובין אוכלוסיות. אבל לא נורא, אפשר להסכים לא להסכים.

 

[squalus]

אם תקרא שוב את ההודעה הראשונה שלי בשרשור

תראה שכבר סיכמתי את זה שם במשפט "אין הסכמה על הגדרה אחת של מין, זה מאוד נזיל."
ההגדרה שנתתי נכונה, ומשתמשים בה, אבל אתה לא היחיד שלא מסכים איתה.
אתה יכול לקרוא עוד על האי הסכמה במאמר הזה (נדמה לי שהוא open access). ספציפית בעמוד 653 בפיסקה שמתחילה עם
Identification of populations with greatest probability of representing an unrecognized species
וזה עוד מתייחס רק ליונקים. אצלנו במעבדה משתמשים במודלים האלה לקביעת מינים נפרדים בחסרי חוליות ימיים, עוד לא נתקלנו בהתנגדות.
וכמו שכתבתי בהתחלה, אם מישהו ינסה להשתמש באותו מודל על אינדיאני ה yanomama ולקבוע שהם מין נפרד, הוא עשוי להתקל ביותר התנגדות.

 

[Charles Darwin]

במונחי lumpers ו-splitters באדם

אפשר להגיד שאני ממייצגי זרם ה-splitters הרדיקלי בפורום (האמת שזה לא נכון, יותר מדויק להגיד שאני פשוט לא מקבל את הגמוניית ה-lumpers), לכן אני דווקא אמור לשמוח שהנה יש כאן הגדרה שמאפשרת splitting מעל ומעבר לחלומותיי הפרועים ביותר. מעכשיו אוכל להצהיר בריש גלי שהמין האנושי מחולק לא רק לגזעים אלא אפילו למינים! אבל לצערי המצפון שלי לא מאפשר לי לעשות את זה. קראתי את הפיסקה המדוברת ואני עדיין לא מצליח לראות שם משהו שדומה בעיני להגדרה שלך. אבל אם אתה משוכנע שההגדרה תקפה ומקובלת וכבר פרסמתם מאמרים ברוח ההגדרה הזו, אז אתה לא צריך להיות מוטרד מההסתייגות שלי.

 

[squalus]

חלילה, לא מוטרד

אבל אתה שואל, אז אני מנסה לענות.
אצלנו במעבדה (שאני עוד טרי בה), גם מייצגים את הזרם ה splitter הרדיקלי. אוהבים להשתמש פה במונח cryptic species לזה שהם קובעים גנטית שמדובר במינים נפרדים, אבל מורפולוגית הם זהים לחלוטין, וקרוב לודאי גם שהם מסוגלים להתרבות ביניהם.

ולגבי הפיסקה המדוברת, אז למשל:


In Bradley and Baker (2001), we conclude that a genetic
distance , 2% was typical of populational and intraspecific
variation, whereas values .10% usually were distributed in
geographically discreet phylogroups typical of different biological
species.
It was not our intent to imply that a value.10%
always indicates 2 biological species or that , 2% always
identifies conspecific populations. Rather, we suggested that if
the goal is to efficiently recognize cryptic or currently unrecognized
genetic species of mammals,

 

[Charles Darwin]

אתה דיברת על הבדל מובהק

הבדל של 5% יכול בקלות להיות מובהק (נגיד 2% בין פרטים מאותה אוכלוסיה לעומת 2.1% בין פרטים מאוכלוסיות שונות). כאן מדובר על הבדל של למעלה מ-500% (<2% לעומת >10%). יחי ההבדל הקטן...

 

[squalus]

התעלמת מהמשפט השני

ובמיוחד הוספתי גם אותו.

 

[Charles Darwin]

אני לא רואה איך הוא עוזר לך

הוא אומר שגם כשההבדל הוא מעל ל-500% לא מובטח שיש ספציאציה, שזה רק מחליש את האפשרות ש-5% יעידו על ספציאציה, לא?

 

[squalus]

לא, זה לא מה שהמשפט אומר

אבל אני לא בעניין של לתרגם, אם תמשיך לקרוא, הם מדברים יפה על זה שלא צריך להתפס למספרים ספציפיים כמו שאתה עושה, כמו שכתבתי לך למעלה לפני כמה ימים.

 

[Charles Darwin]

זה לא בדיוק מה שכתבת...

הם כותבים, בתרגום חופשי (למיטב הבנתי), "יחס של למעלה מ-5:1 בין שונות בתוך האוכלוסיות לבין שונות בין האוכלוסיות עשוי להעיד על ספציאציה, אבל זה רק כיוון כללי וכדאי להצליב עם מידע נוסף". אני לא בטוח שזה שקול למה שכתבת למעלה, אבל מה שהיה היה. אצלנו כבר עוד מעט 2:30 לפנות בוקר אז אני אקפוץ לנמנם קצת. לילה טוב.