מחקר חדש מפריך טענה אבולוציונית ותיקה

[xianghua]

מחקר חדש מפריך טענה אבולוציונית ותיקה

כידוע, אחת הטענות השגורות בפי מדעני האבולוציה, היא שהסיכוי ששני רצפים דומים יתפתחו במקביל נמוך מדי (למשל, בארכיב האבולוציוני הנודע שבו טענו זאת לגבי ציטוכרום סי), ומכאן שאם נמצא שני רצפים דומים שהתפתחו המקביל האבולוציה בבעיה. אז מסתבר שנמצאו כאלה:


http://www.evolutionnews.org/2011/01/common_design_in_bat_and_whale042291.html

חוקרים מצאו ששני רצפי הגן פרסטין דומים מאוד הן בעטלפים והן בדולפינים, למרות שהתפתחו באופן לא תלוי. כמובן שאז התחילו התירוצים בסגנון ההד-הוק המצוי. וכפי שניתן לראות, זה גם סותר את העץ הפילוגנטי .


בנוסף, במחקר אחר מעניין לא פחות, מסתבר שתוך כמה מליוני שנים בלבד הופיעו גנים הייחודיים לאדם:

http://www.plosgenetics.org/article...9;jsessionid=0ADFB2D28FD590F0785D9A7D2D1D4569


מה שכמובן לא מסתדר עם שום זמן אבולוציוני. או בקיצור...just so story.

 

[חנוך25]

אם תוכל להסביר להדיוטות(כמוני) את העניין?..

לתמצת את מה שהמאמרים אומרים...ומה זה "רצפים" ולמה המקבילות שלהם מעמידה את האבולוציה בספק...?

 

[BALEDIN]

תודה, גם לי...

 

[Immanuel Goldstein]

ההסבר לפחות לגבי האקולוקציה:

עד עתה לא התגלתה קונברגנציה (אבולוציה מתכנסת) של חלבונים. כלומר החידוש הוא בזה שחלבון מסוים עבר אבולוציה שהכשירה אותו לתפקיד חדש בשני קוים שונים, והתקבעו בו אותם שינויים.
זה אמנם חידוש גדול ומסעיר- אבל תיאורית האבולוציה מעולם לא כללה טענה לפיה הדבר בלתי אפשרי. בכתבה שפינוקי הביא לא מצוין מה היה תפקידו המקורי של החלבון הנ"ל.

 

[חנוך25]

עמנואל, אם תוכל קצת לפרט...

(אני זקן מדי ללמוד לבד...

)...באיזה מובן היא "מתכנסת"? ועל איזה "קווים" מדובר? קווים שונים הם מקומות גאוגרפיים שונים או ענפים שונים בעץ הפילוגנטי?

 

[Immanuel Goldstein]

הסבר קצר:

אבולוציה מתכנסת היא תהליך המביא לפתרון דומה של אותה בעיה בשני יצורים או יותר באופן בלתי תלוי. התופעה נפוצה מאד, צריך רק לחפש. לדוגמא, זוחלים ויונקים שחזרו לחיות בים (שני קוים שונים במובן ענפים שונים על העץ הפילוגנטי) פיתחו באופן בלתי תלוי צורה הדומה לדג.

 

[ranisharoni]

החלבון נקרא פרסטין

והוא חלבון מוטורי של תאי שיער חיצוניים בשבלול האוזן של יונקים.
עפ"י וויקי:
Prestin is essential in auditory processing. It is specifically expressed in the lateral membrane of outer hair cells (OHCs) of the cochlea. There is no significant difference between prestin density in high frequency and low frequency regions of the cochlea in fully developed mammals.[3] There is good evidence that prestin has undergone adaptive evolution in mammals associated with acquisition of high frequency hearing in mammals [4]. The prestin protein shows several parallel amino acid replacements in bats and dolphins that have independently evolved ultrasonic hearing and echolocation, and it represents a rare case of convergent evolution at the sequence level [5].

 

[xianghua]

"אבל תיאורית האבולוציה מעולם לא כללה טענה"

אתה בטוח בדבריך? אז מה זה?:

http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html

Humans and chimpanzees have the exact same cytochrome c protein sequence. The "null hypothesis" given above is false. In the absence of common descent, the chance of this occurrence is conservatively less than 10-93 (1 out of 1093). Thus, the high degree of similarity in these proteins is a spectacular corroboration of the theory of common descent


Why would these two organisms have such similar ubiquitous proteins when the odds are astronomically against it? We know of only one reason for why two organisms would have two similar protein sequences in the absence of functional necessity: heredity. Thus, in such cases we can confidently deduce that the two organisms are genealogically related. In this sense, sequence similarity is not only a test of the theory of common descent; common descent is also a deduction from the principle of heredity and the observation of sequence similarity


Without assuming the theory common descent, the most probable result is that the cytochrome c protein sequences in all these different organisms would be very different from each other. If this were the case, a phylogenetic analysis would be impossible, and this would provide very strong evidence for a genealogically unrelated, perhaps simultaneous, origin of species


שחור על גבי אפור.

 

[Immanuel Goldstein]

אני עדיין עומד מאחורי טענה זו.

והלינק שהבאת אינו סותר אותה. בציטוכרום C יש שונות לרוחב כל עולם החי ואין סיבה להניח שציטוכרום C של פטריה טוב או גרוע יותר מזה של שימפנזה. לכן דמיון בין שני ציטוכרומים דווקא בשני קוים קרובים מאד- שימפנזה ואדם- אינו סביר במיוחד.
לעומת זאת פרסטין (לפי הלינק של רני שרוני) המשמש לאקולוקציה ידוע רק משתי סדרות יונקים (לפי הלינק שאתה עצמך הבאת) ואם ההתמרות המשותפות חיוניות לתפקודו אין שום סיבה שהסלקציה לא תפעל בשני הקוים כך שנקבל קונברגנציה גם ברמת הגן.

 

[ranisharoni]

שים לב שהוא מכיר רק במה שנוח לו

ובמקרה הזה התכנסות נדירה ברמת החלבון אבל ב 99.999% המקרים האחרים הוא לא מכיר!

האמת שהנושא סיקרן אותי אז עברתי על המאמר המקורי (מ 2010) ובאמת היו 10 החלפות זהות של חומצות אמינו באופן בלתי תלוי בעטלפי הפרסה ובדולפינים. לדעתי זה מעיד על כך שבמקרה של אקולוקציה מבוססת פרסטין התכנסות מיקרו ומקרו הן שקולות היות וכנראה שאין הרבה דרכים פרסימוניות להתכנס אל התופעה מהפרסטין המקורי.

להבנתי אחד האתגרים שמציב המימצא קשור לבניית עצים פילוגנטיים לא מדויקים היות ולמרות שלכאורה יש קשר אדוק בין החלבונים, הפרטים קשורים באופן רופף.

Cetaceans on a Molecular Fast Track to Ultrasonic Hearing
http://webspace.qmul.ac.uk/sjrossiter/2010b Liu et al Current Biology[1].pdf

אגב ציטוכרום C, ככל הזכור לי מפודקאסט של זאקרי מור, חלבון אוניברסלי זה זהה לחלוטין (רצף חומצות) אצל האדם והשימפנזה וניבדל רק ב 4 בסיסים ברמת הגנום (שמקודד בגרעין ולא במיטוכונדריה). ציטוכרום C הוא אברון כה חשוב בכל עולם החי והצומח כך שהיה לחץ אבולוציוני אדיר לשימור המבנה החלבוני שלו שהוא למעשה איזומורפי בכל היצורים למרות שיתכן הבדל ברצפי החומצות שבונות אותו (באופן כללי יש הרבה מאוד אפשרויות לקידוד ויצור של חלבון בעל מבנה\תיפקוד מסוים אבל בפועל רואים גיוון קטן מה שמעיד על הורשה).

 

[xianghua]

לא נראה לי שהבנתם את הבעיה

ספציפית לגבי הציטוכרום זה לא מעניין. ההסבר הטכני הוא ששפת הdna היא סינונימית. ולכן, רצפים רבים יכולים להביא לחלבון דומה\זהה. הדבר תקף לא רק לציטוכרום אלא כמעט לכל חלבון. במחקרים רבים הגיעו למסקנה שטרליוני רצפים יכולים להביא לאותה פונקציה (בארכיב של טוקאוריג'נס הביאו את החישוב של הביופיסיקאי הוברט יוקי). לגבי העניין של קרבה גנטית ברמת הרצף, זה לא מוכיח כלל מוצא משותף אלא יכול להתפרש דווקא כתכנון משותף.


"יש הרבה מאוד אפשרויות לקידוד ויצור של חלבון בעל מבנה\\תיפקוד מסוים אבל בפועל רואים גיוון קטן"- לא תמיד. למיוגלובין ואלפא גלובין יש מבנה דומה אך רצף שונה כמעט לחלוטין (הם לא הומולוגים). מה שמעיד שגם מבנים דומים יכולים להווצר במקביל. לאבולוציה אין שום בעיה ומבחינת התיאוריה הכל בא בחשבון. וזה כמובן לא בא בחשבון.

לגבי בניית עצים פילוגנטים בכלל. סתירות לעצים על סמך פילוגנזה של חלבונים נמצאות כל הזמן:

http://www.evolutionnews.org/2009/05/a_primer_on_the_tree_of_life_p_4020181.html


שים לב לפילוגנזה המצחיקה של ציטוכרום בי (חתולים ולוייתנים סווגו יחד עם פרימאטים!)


http://www.evolutionnews.org/2011/02/for_darwin_day_false_facts_and043691.html


וזה רק על קצה המזלג....

 

[Immanuel Goldstein]

מה שאתה לא מבין זה שאין בעיה כלל.

פשוט כך. אותו חלבון מבוסס פרסטין לא התפתח פעמיים מאפס. הוא התחיל בפרסטין- שהמעט מאד שקראתי עליו הוא מעורב בשמיעה, כלומר בחלק מהמערכת שהתפתחה למערכת האקולוקציה. אם נשתמש במטאפורה של רייט, הנוף האדאפטיבי, הוא כבר קרוב מאד לפסגה מסויימת, ולכן אין כל בעיה עם זה ששני קוים שונים הגיעו מאותה נקודת התחלה לאותה פסגה.
אתן לך אנלוגיה המבוססת על אותו נוף אדאפטיבי: יש שני מטיילים בארץ, שלא ידוע עליהם כלום מלבד זה שהם אוהבים לראות נוף. לכן אין כל סיבה שאותם שניים יגיעו דווקא לאותו הר באותה דרך. לעומת זאת אם שני המטיילים נמצאים בצומת אלמוג לא אופתע כלל אם שניהם יעלו באופן בלתי תלוי דרך ואדי קלט לירושלים ויבקרו בדרכם במנזר אגיוס גיאורגיוס, ירחציו בנחל ויעלו להר הזיתים (בהנחה ששניהם נמצאים באחלה כושר גופני, כמובן).

 

[ranisharoni]

עוד בנושא

איך זה שיש אנשים שיודעים אפריורית מה סביר ולא סביר בביולוגיה? הם עברו על אין ספור הפרמטרים שעומדים מאחורי התופעה כדי לקבוע קביעות כה נחרצות?

ומה ההסבר האלטרנטיבי לתופעה? שהבורא חפץ באקולוקציה אצל דולפינים ועטלפי פרסה?

עוד מהמחקר על ההתכנסות של הפרסטין:
Out of a total of 26 convergent substitutions implicated in
bat-whale convergence and 29 in bat-bat convergence, ten
amino acid substitutions were common to both cases

Thus, the two independent cases of
convergence have involved multiple parallel amino acid
substitutions, though there are also many convergent substitutions
unique to each case. Too few sites were identified as
being convergent in both cases to allow meaningful statistical
analysis of their distribution along the gene.

כלומר גם ברמת החלבון היתה התכנסות רק במקרה המבודד שקשור לאקולוקציה.

 

[xianghua]

אין בעיה

ומה יקרה אם נמצא גנים המשמשים לאותה ראקציה בשני אורגניזמים רחוקים? אני מבין שמבחינתכם מקרה כזה יפריך את טענת המוצא המשותף? ואם גם מקרה כזה לא יפריך, הרי שהטענה אינה מדעית, בניגוד למה שמדעני האבולוציה מציירים.


שנית, הנה מקרה אף יותר חריג לאבולוציה מקבילה:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/...nel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum


בנוסף, כפי שאמרתי, אין בהמצאות שני רצפים דומים\זהים שום ראיה למצוא משותף יותר מאשר למתכנן משותף. גם לרכבים שונים יתכנו אותם גלגלים.

 

[ranisharoni]

עברת לווירוסים?

למה אתה קורא לזה "מקרה יותר חריג"? אתה באמת יודע לשקלל את כל התנאים כדי לקבוע בנחרצות מסקנות שכאלה? שוב אתה מניח שהאבולוציה אקראית לחלוטין כי זה משרת תאולוגיה כלשהי?

"אין בהמצאות שני רצפים דומים\זהים שום ראיה למצוא משותף יותר"
אתה בעד ביטול שימוש בדנ"א לבדיקת הורות או זהוי פלילי למשל? זה אותו עיקרון בדיוק!

 

[Immanuel Goldstein]

קרא בעיון את הטקסט שפינוקי מביא...

שים לב למשהו שלא נאמר בפירוש באבסטרקט, כנראה מפני שהמפרסם חשב שזה מובן מאליו- מדובר בניסוי מעבדה. התיאור הוא של אבולוציה שנצפתה בזמן אמת בפאג'ים.
הייתי אומר שפינוקי הכניס לעצמו גול עצמי.

 

[xianghua]

עברת לזיהוי פלילי?

ואטוטוט נגיע למצב החסה בשטחים. ועכשיו ברצינות. החוקרים נכשלו להסיק את העבר האבולוציוני:

Phylogenetic reconstruction using the complete genome sequence not only failed to recover the correct evolutionary history because of these convergent changes, but the true history was rejected as being a significantly inferior fit to the data

שאלתי אותך גם שאלה לגבי מצב היפותטי בו נמצא שני גנים דומים במינים רחוקים. האם אתה מסכים שמקרה כזה יהווה בעיה לתיאורית האבולוציה? כן או לא? כי אם כן, הרי שנמצאו מקרים כאלה. ואם לא, הרי שמדעני האבולוציה לא יודעים על מה הם מדברים ומבחני ההפרכה שלהם אינם מחזיקים מים. אם לך יש מבחן הפרכה טוב יותר לנושא הפילוגנזה, אשמח לשמוע עליו.


לגבי זיהוי פלילי, מה עניין שמיטה להר סיני? האם יש איזה חסם טכני לכך ששני רצפים זהים\דומים יהיו בשני אורגניזמים שנוצרו במקביל? האם גלגלים זהים מצוים במכוניות שונות?

 

[deathcaster]

עוד גול עצמי

"האם גלגלים זהים מצוים במכוניות שונות?"- בהחלט כן

 

[xianghua]

דת'קאסטר

הדגמת בדיוק מה שניסיתי להוכיח- רכיבים זהים ניתן למצוא באובייקטים נטולי מוצא משותף. גול עצמי לעצמך

 

[xianghua]

ואפרופו גול עצמי

אתה עדיין חושב שרובוט אורגני מתרבה המכיל dna אינו ראיה לתכנון?