על מקורם של האיקריוטים

[Escherichia Coli]

Beats the diddly outta me

ריאן הזה הוא שם עולמי בגנומיקה - אם הוא אומר, אני נוטה להאמין לו. כלומר, אני לא מקבל את זה רק כי הוא אמר את זה - אבל יש לי סיבה טובה להאמין לו. אני פשוט מדווח מהשטח. זה די מעצבן שריאן לא הסביר - אבל כמו בהרבה חלקים מהספר - ריאן כותב את הדברים כאילו הקורא כבר מודע לכל האיזוטריקה של הביולוגיה - הוא כתב בפירוש שהספר הוא בשביל GRADUATE STUDENTS - אבל אני לא רוצה לחכות עד לאז כדי להנות מהספר.

 

[רוקד עם שבלולים]

לא, לא, אתה לא תחמוק כל-כך בקלות ../images/Emo13.gif

אל תשלח אותי לקרוא את הספר (אין לי כעת איך להשיג אותו) ואל תסתתר מאחורי "אני לא ראוי, אני לא יודע, אני רק השליח". הספר אצלך? תחפור, תדרוש, תבין, תחזור ותדווח. (טיפ: האינדקס בד"כ עוזר במקרים כאלה) לעבודה.

 

[SilentMike]

סליחה.

לי אין כל-כך רקע בביולוגיה אבל נראה לי שהתעסקת די בזוטות פה במקום בעיקר. עד כמה שאני יודע הנושא החשוב הוא שהתא האיקריוטי הוא למעשה "גן חיות" שלם של פרוקריוטים שחיים בסימביוזה. האבולוציה של הסימביוזה הזו נראית לי יותר חשובה, והמאפיינים של האיוקריוטים עצמם הם ככל הנראה בין התוצאות שלה (גרעין לדוגמא מהווה סוג של הגנה לדנ"א כדי שלא יהיה חשוף לסימביונטים שבציטופלזמה). בקשר לגודל של הדנ"א באיקריוטים. אני מבין שיש קשר כלשהו בין גודל הדנ"א לגודל התא. נראה שאצל הרבה יצורים השיטה להגדיל את התאים היא פשוט לנפח את הדנ"א בזבל. להגדלת התאים יכולה להיות השפעה שתהיה נתונה לברירה.

 

[Escherichia Coli]

פספסת לגמרי את הנקודה

הפואנטה של הפוסט הייתה להדגים בדיוק כיצד תהליך שאפשר מעבר מ א.גנומים פשוטים וכרומוזומים מעגליים ומוגבלים ו- ב.תאים פשוטים (כמו חיידקים וארכיאה) יכולים להפוך בסופו של דבר לתאים מורכבים יותר בתהלים שהוא bottom-up - כלומר, באמצעות תהליכים כמו דופליקציה גנטית וטרנספוזונים . המחקרים שריאן מצטט לתמוך בזה הם חדשים, כמו כמעט כל המחקרים שריאן מצטט בספר שלו - החידוש היה לא להגיד סתם "מדובר במפעל רב-גוני של כל מיני מכונות שבעבר היו עצמאיות" - זה טוב ויפה, ואני לא פוסל את זה - אבל הפואנטה של הפוסט הייתה להסביר מהו חומר הגלם שאפשר לשינוי כזה להתרחש - עד כמה שידוע לי, התיאוריה האנדוסימביוטית גורסת שתא אמבואידי הוא זה שבסופו של דבר "בלע את החיידק" ש"הפך למיטוכונדריה" - תאים אמבואידים יכולים להגיע לגדלי גנומים מאוד גדולים - משהו שיכל להתאפשר רק בסיטואציה שבו הכרומוזום\ים הוא ליניארי ולא מעגלי.. heck, אם לא היה כך הדבר האמבואיד לא היה מסוגל להכיל בתוכו תא חי שלם ו"לכלכל" אותו. הקטע עם הגרעין פחות הציק לי, הגרעין הוא פשוט עוד אחד מהחידושים המועילים שהאיקריוטים מכילים בתוכם - אבל עולם המיקרו יותר מפותח מזה וישנן צורות ביניים מעניינות (למשל, יצורים מולטי-גרעיניים) שיכולות לשפוך אור על "מה היה בין לבין" - וכל הפואנטה של הפוסט הייתה להראות שהתהליך שאפשר בסופו של דבר את המעבר מהבקטריה לאיקריוטים (דרך הארכיאה) זה התהליכים שהזכרתי. (זה לחלוטין סביר שלפני שהתאפשרו חידושים כמו גרעין אמיתי, היה צורך קודם כל שיהיה את המעבר מכרומוזום מעגלי לליניארי - הפשטות של הC-value של הגנום והגודל הכולל שלו מונעת אפשרויות כאלה) בקיצור, not to undermine your point - אתה צודק, אבל זה לא מה שניסיתי להגיד.

 

[SilentMike]

אוקיי

 

[blueshark09]

מאמר בנושא טרנספוזונים

כאות הוקרה על עבודתו הנאמנה של E.Coli בפורום, המאמר הופץ ע"י פרופ' מרטין קופייק - מחלקה למיקרוביולוגיה מולקולרית, פקולטה למדעי החיים, אות"א תהנו

 

[רוקד עם שבלולים]

לא הבנתי:

"אני מבין שיש קשר כלשהו בין גודל הדנ"א לגודל התא. נראה שאצל הרבה יצורים השיטה להגדיל את התאים היא פשוט לנפח את הדנ"א בזבל. " אני מבין ממה שכתבת שאתה מניח שהגדלת כמות ה-DNA בתא (אוטונומי, נניח) תגרום לתא להיות גדול יותר? או שיחסי הסיבה-תוצאה הם אחרים? הבהרות בבקשה!

 

[SilentMike]

הבהרות מרידלי.

אני לא יכול להישבע אם זה מאט רידלי או מארק רידלי כי אני תמיד מתבלבל ביניהם. בכל מקרה שמעתי את זה בהרצאה שלו לכבוד 30 שנה לגן האנוכי. האודיו ברשת כמדומני. והנה הוא http://www.edge.org/3rd_culture/selfish06/SelfishGene30.mp3 הגעתי דרך http://www.reitstoen.com/dawkins.php

 

[SilentMike]

זה מאט רידלי.

 

[רוקד עם שבלולים]

האזנתי.

זה לא מה שהוא אומר. יותר DNA בגרעין לא גורם להגדלת התא.

 

[SilentMike]

אז מה הוא כן אומר?

 

[רוקד עם שבלולים]

הרבה דברים

הוא מדבר איזה עשר דקות מינימום. הוא מדבר על גודל של גנומים, ועל אחוזים של גיאנק DNA וכו'.

 

[SilentMike]

התכוונתי בקשר לגודל של התאים.

אולי פיספסת את הקטע הזה. הוא די בהתחלה של ההרצאה שלו. לי נראה שהוא בהחלט אומר שיכול להיות שהברירה מעדיפה לעיתים ניפוח/קיצוץ של הגנום אשר מוביל לשינוי בגודל התא כאשר זה מתבקש. כלומר שאצל ציפורים שהן יצורים בעלי חילוף חומרים מהיר הגנום והתא קטנו כתוצאה מברירה. זה מענין משום שזו לא תכונה גנטית במובן הרגיל. היא לא דבר שנגרם ע"י גן שמופיע או נעלם מסוים אלא ע"י כמות החומר בדנ"א (למרות שכנראה שכל הענין כן תלוי בגנים מסוימים).