לאוטובוסים יש כמה יתרונות משמעותיים על רכבת כבדה:
-גם אם יחליטו להקים מת"צ עבור האוטובוסים מנמל התעופה עד לאילת (יכול להיות שיסתפקו בכביש הקיים או במת"צ רק על חלק מהכביש), העלות תהיה שבריר מהעלות של הרכבת.
-האוטובוסים יכולים לעצור בתוך העיר בכמה תחנות בצמוד למלונות- בזמן שלרכבת תהיה רק תחנה אחת במרכז העיר (במקרה הטוב, בעבר דובר גם על תחנה בפאתי העיר בלבד) שתהיה במרחק הליכה לא קצר מחלק מהמלונות.
-ניתן להוציא נסיעות אוטובוסים בזמנים משתנים בהתאם להגעת המטוסים, כך שזמן ההמתנה של הנוסעים בנמל התעופה יהיה מינימאלי. הלו"ז של הרכבת לעומת זאת קשיח כך שכנראה יהיו מצבים שבהם נוסעים מגיעים מטיסה ובדיוק מפספסים את הרכבת שיצאה ריקה מהתחנה.
-ניתן לתגבר בקלות את כמות האוטובוסים בזמן תקופות עמוסות בתיירים באילת. מסילת הרכבת לעומת זאת תהיה מנותקת משאר רשת הרכבות, מה שיקשה מאוד על העברת קרונות וקטרים נוספים משאר הארץ לאילת- כלומר יצטרכו לשמור על ציוד שמתאים לשיא כמות הנוסעים במשך כל השנה.
-רכבת יחידה יכולה להסיע פי כמה נוסעים מאוטובוס יחיד. כלומר בהנחה שלא יצאו רכבות ריקות כמעט לחלוטין או רכבות קצרות במיוחד, התדירות של האוטובוסים תהיה גבוהה מתדירות הרכבות- מה שיצמצם את זמן ההמתנה בתחנה.
-הקמת מערך אוטובוסים בין נמל התעופה לעיר לא יתנגש עם שום תכניות עתידיות לרכבת לאילת. מאחר ולא סביר שיקימו את המסילה מדימונה לאילת בעשורים הקרובים, בעתיד הרחוק סביר שהתכניות ישתנו- כך שאם יקימו כבר עכשיו מסילה מנמל התעופה לעיר, יכול מאוד להיות שהיא תפריע להקמת המסילה החשובה יותר בעתיד.
-מערך האוטובוסים יכול לשמש גם לנסיעות בתוך העיר, בזמן שהרכבת לא תתרום במאומה להתניידות בתוך העיר.
 
היתרונות היחידים של הרכבת הם ספורים ולא משמעותיים:
-נסיעה חלקה יותר (לא משמעותי בנסיעה של 20 ק"מ בלבד שתימשך כרבע שעה בלבד)
-נסיעה מעט מהירה יותר עבור חלק קטן מהנוסעים (עבור רוב הנוסעים, אם מוסיפים את זמני ההמתנה בתחנה ואת זמן ההגעה מהמלון לתחנת הרכבת, הנסיעה באוטובוס תהיה מהירה יותר)
-לרכבת יש מוניטין טוב יותר מאשר לאוטובוסים
 
אם כבר רכבת מנמל התעופה לעיר- אז עדיפה רכבת קלה, אבל לא ברור איזה יתרון יש לה על פני מערך אוטובוסים בהתחשב בכמות הנוסעים הלא גבוהה וסביר שהיא תטורפד כי היא תיראה כמו ניסיון לקבור את הקמת הרכבת הכבדה לאילת.