פרויקט עץ החיים הפתוח

[alonys]

פרויקט עץ החיים הפתוח

http://www.nytimes.com/2012/06/05/s...-in-every-twig-and-leaf.html?_r=1&ref=science

חוקרים קיבלו מענק גדול לפרויקט איחוד כל עצי החיים הקיימים לעץ אחד שניתן יהיה בהמשך לעדכן און-ליין לאור מחקרים ועדכונים כשיתרחשו. הם מעריכים שתוצר ראשוני יהיה זמין לסקירה באוגוסט 2013.

 

[sivan120]

אם אתה מבין, אז אולי תענה לי על השאלה של קוצר

הראייה- למה זה שרד במאגר הגנים? (ראה הודעה מתחתיך).

 

[xianghua]

כיום מודים חוקרים אבולוציונים שאין כלל עץ

http://www.guardian.co.uk/science/2009/jan/21/charles-darwin-evolution-species-tree-life


"We have no evidence at all that the tree of life is a reality," Eric Bapteste, an evolutionary biologist at the Pierre and Marie Curie University in Paris, told New Scientist magazine.

"The tree of life is being politely buried," said Michael Rose, an evolutionary biologist at the University of California, Irvine. "What's less accepted is that our whole fundamental view of biology needs to change."

אחת הסיבות לכך שאין כלל עץ היא משום שפעמים רבות מוצאים סתירות לניבוי האבולוציוני. למשל, החוקרים לקחו 2000 גנים (טווח בדיקה של 2 מליון נוקלאוטידים) וחלק מהגנים שירטטו את העץ המצופה, בעוד שאר הגנים שירטטו עץ אחר. כלומר בלאגן שלם. החוקרים תירצו זאת בטענה שאולי אותם גנים הם תוצר של העברה אופקית בשלבים המתקדמים באבולוציה. אולם טיעון זה נופל מכמה סיבות:

א) לא ניתן להוכיח אותו
ב)זה הופך את טענת העץ ללא מדעית, כיון שלא ניתן להפרכיה בשום מצב
ג)זה סותר את הניבוי האבולוציוני הקיים

ופרט אחרון חשוב לא פחות: קיומו של עץ היררכי אינו מוכח שום צורה של התפתחות. עץ היררכי ניתן לשרטט גם במכוניות. אבל לכולם ברור שמכוניות הן תוצר בלעדי של...תכנון.

 

[מילטון גון]

אפשר בבקשה לקבל עץ היררכי

של תכונות של מכוניות.

להלן מספר תכונות בסיסיות של מכוניות, ואני אשמח ללמוד כיצד ניתן לסדר אותן בעץ היררכי:

מיזוג אוויר, חלונות חשמליים, נעילה חשמלית, 5 דלתות, מנוע 1600 סמ"ק, גג נפתח, 4X4.

כדי למנוע אי הבנות, מה שאני מבקש זה שתשיב משהו כמו:
המכוניות מתחלקות לבעלות 5 דלתות ובעלות מספר אחר של דלתות.
בעלות ה-5 דלתות מתחלקות לבעלות מיזוג אוויר ואלו שאין להן מיזוג אוויר, אבל בבעלות המספר השונה של הדלתות לא תמצא מיזוג אוויר באף אחת.
בעלות המיזוג אוויר מתחלקות לבעלות חלונות חשמליים ואלו שאין להן חלונות חשמליים, ולכל אלו שאין מיזוג אוויר אין חלונות חשמליים וכן הלאה.

לזה קוראים עץ היררכי, וזה מה שטענת שניתן לעשות במכוניות. בבקשה - הבמה שלך.

 

[אני רק עובר]

כרגיל לא קראת מילה מהקישור שאתה מגיב עליו

החוקרים מודעים היטב לקיום העברה אופקית בעץ החיים ומתכוננים לטפל בה:

Microbes also pose a special challenge. The branches of the tree of life represent how organisms pass their genes to their descendants. But microbes also transfer genes among one another. Those transfers can join branches separated by billions of years of evolution.

“In a lot of the tree of life, it’s not really treelike,” Dr. Cranston said.

She and her colleagues are exploring how they can build their database to include these gene transfers, and how best to visualize them. .

 

[xianghua]

כרגיל אתה קופץ בראש

וזה מתכון בטוח לטעויות. וכרגע עשית אחת קריטית. המשפט שציטטת מדבר על העברה אופקית ב*חיידקים*. בעוד המאמר שקישרתי אליו מדבר בפירוש על סתירות ביצורים שבהם אין כלל העברה אופקית:

But this objection doesn't hold water because the tree of life is challenged even among higher organisms where such gene-swapping does not take place


מה שאומר שאין שום דרך לדעת מי התפתח ממי. הטענה אינה מדעית, אין מה לעשות.


ולגבי עץ במכוניות, הנה אחד של פרארי:

http://www.grandprixlegends.com/mot...ork-prints/ferrari-evolution-2011-poster.html

ויוצא שלפי ההגיון האבולוציוני הן התפתחו אחת מהשניה. מה שאומר רק דבר אחד- למדעני האבולוציה יש חוש הומור משובח.

 

[xianghua]

הלינק שבור

http://jalopnik.com/5552077/60-years-of-ferrari-evolution

 

[squalus]

גם התקליט

 

[deathcaster]

 

[מילטון גון]

לא מצאתי בלינק עץ היררכי

בכל מקרה, ביקשתי ממך עץ היררכי עבור אוסף התכונות המאד מצומצם שציינתי.

זו משימה קלה מאד אם באמת עץ כזה קיים, אז בטח לא תהיה לך סיבה להתחמק.

 

[squalus]

אני חוקר אבולוציוני ואני לא מודה בכלום

ולפי הגרנט הענקי שהמעבדה שלי קיבלה לצורך ה Tree of Life, לא יצא לי להתקל באף חוקר אבולוצויוני אחר שמודה שאין כלל עץ.

 

[ב ן ח ו ר י ן]

לפי איך שאני רואה את זה...

העץ הוא מעיין דרך שהאדם יוכל לראות הדרגתיות או תהליך. העץ מחלק לשלבים את ההתפתחות, אבל בתכלס מדובר על רצף ארוך ללא שלבים
בתוכו. העץ מדגים שלבים, עצירות, דגימות מהרצף- אבל שוב- זה יותר דרך שמתאימה לצורך ההסתכלות של האדם.

 

[squalus]

כמובן

פרוייקט עץ החיים, כמו טקסונומיה וסיסטמטיקה, נודעו רק בשביל לעשות קצת סדר, כי אנחנו אוהבים למיין דברים.
נוח לנו למיין אורגניזמים ליחידות טקסונומיות דיסקרטיות, אבל בפועל זה הרבה יותר רציף - בגלל זה אין רק הגדרה אחת של המונח "מין", אלא ההגדרה משתנה בהתאם לתחום.
הפרוייקט נועד לעדכן את שיטת הטקסונומיה שבשימוש מאז לינאוס, שמבוססת בעיקר על מורפולוגיה, ובעזרת כלים מולקולרים, לנסות להבין טוב יותר את הפילוגנזה של כל המינים על כדור הארץ.

 

[xianghua]

אינך מומחה לתחום הפילוגנזה

ככל הידוע לי. אבל הביולוגים שהצגתי דווקא כן, והם טוענים שאין כלל עץ, וגם מסבירים מדוע. ולא ראיתיך סותר טענתם.


"לא יצא לי להתקל באף חוקר אבולוצויוני אחר שמודה שאין כלל עץ"- כנראה שאתה צריך להסתובב קצת יותר בעולם


ולגבי שרטוט עץ במכוניות. ראשית הסבר קצרצר: עץ פילוגנטי הוא למעשה מיפוי יחסי הקרבה\ריחוק בין המינים השונים. מיפוי שכזה יכול להתבצע גם על מכוניות- אחוז הדמיון\שונות בין כל המכוניות בעולם. אין פשוט מזה כשיש לך את כל נתונים. בשרטוט שלמעלה ניתן לראות בבירור שככל שהמכונית ותיקה יותר, כך היא דומה יותר לגרסאות הותיקות שלצידה. וככל שהיא מודרנית יותר, הדמיון של הדגמים בשנים הקרובות לשלה דומה יותר. עץ מושלם.

 

[squalus]

"ככל הידוע לך" לא ממש מרשים אותי

כי עד לפני חודש לא ידעת מה זה אבולוציה.
אז תודה, אבל אני לא צריך הסברים על מה זה עץ פילוגנטי ממישהו שלא יודע ביולוגיה ברמה של תיכון.

 

[xianghua]

בדיחות השאר בצד, תודה.

אם אינך מסוגל להפריך את דברי, השאר זאת לאחרים.

 

[squalus]

אין לי שום עניין להפריך לך כלום, חוף מדבר אחד

אתה החלטת לדבר בשם כל הביולוגים האבולוציונים, ולהפיץ שטויות, טקטיקה בריאתנית קלאסית, אז אני באתי לפה, כביולוג אבולוציוני, בשביל להגיד לך שלא תדבר בשמי ובשם עמיתי - עץ החיים חי וקיים, תודה על הדאגה, והוא צומח יפה מאוד.

מעבר לזה אין לי שום עניין לנהל איתך שום דיונים, כי הדגמת יפה מאוד את היכולת והרצון שלך להבין מה כותבים לך.
אני עדיין ממתין להוכחה לקיומה של נשמה, אמרת שזה יקח כמה שניות, כבר עברו שבועיים.

 

[xianghua]

וטקטיקה עוד יותר קלאסית

היא לטעון שמדובר בשטויות, מבלי להסביר מדוע ולמה.


"עץ החיים חי וקיים, תודה על הדאגה, והוא צומח יפה מאוד"- כן, ראינו כמה:

http://www.tapuz.co.il/forums2008/viewmsg.aspx?forumid=2254&messageid=162175464

 

[squalus]

רגע, שאני אבין

אתה מביא הודעה טפשית, וטוען שאני (כביולוג אבולוציוני) מודה שאין עץ.
אני בא לפה ואומר לך לא לדבר בשמי, ואתה בתגובה מביא לי קישור לאותה הודעה טפשית?
איזו מין טקטיקה זו?

הנה הרשימה של הגרנטים הפעילים בפרוייקט Tree of Life, אתה מוזמן לכתוב לכל אחד מה-PI האלה ולשאול אותם אם הם מודים שאין עץ.
תחזור לפה עם התוצאות (ועם ההוכחה לקיומה של נשמה), אבל לא לפני.
אתה מוזמן גם לסכם את הסכומים בטור הימני, בשביל לראות עד כמה אנחנו מודים שאין עץ.

 

[xianghua]

אגב, ההסבר לעץ

הופנה למילטון ולא אליך. וסתם כדי לבאר את הנושא ולא כדי ללמד אחרים.