בלבולים שונים
א. המגילות הגנוזות הן טקסטים שונים, ביניהם ספרים מהתנ"ך שבידינו, חלקם טקסטים פסיאודואפיגרפיים (מיוחסים למנהיג או נביא קדום) וחלקם מעין מה שקרוי היום "ספרים חיצוניים". חלק מהטקסטים כתובים בכתב ארמי (מרובע) וחלק בכתב עברי קדום (כתב דעץ, בלשון התלמוד). למשל, נמצאו שתי גרסאות לספר ישעיהו שאחת מהן היא עיבוד עממי של הספר. ישנם גם שינויים בין הספרים. ב. הנוסח המקובל עלינו היום הוא נוסח המסורה. התנ"כים שלנו מבוססים על כתב יד לננינגרד (על שם המוזאון בו הוא נמצא כיום), שהוא כתב היד השלם העתיק ביותר שנמצא. אולם לפי השוואת הטקסט להערות המסורה, נראה שגם בו נפלו המון שגיאות. הרמב"ם אומר שהספר המדוייק ביותר הוא "כתר ארם צובא", שנכתב כמאתיים שנה קודם כתב יד לננינגרד. דא עקא - כתב היד חסר בתחילה ובסוף והיום נעשים ניסיונות להשלימו (למשל, "פרוייקט הכתר" של פרופ' מנחם כהן מבר אילן). ג. בשל ההבדלים הרבים בין כתבי היד (יש מאות כתבי יד, החל מימי בית שני, עבור בימי הביניים וכלה בדפוסים הרבים), לא ניתן להצביע על כתב יד אחד שהוא הנוסח המדוייק שמשה כתב (למרות שכתר ארם צובא מתקרב לזה). אם-כן כיצד יכולים לבוא מומחים (והם מומחים רק לסטטיסטיקה ולמתמתיקה, לא לתנ"ך), לקחת טקסט שאינו מדוייק (כתב יד לנינגרד) ולבצע עליו ניסויים?