סליחה על ההפרעה

[SilentMike]

הסבר לי בבקשה.

הסבר בבקשה איך זה עונה על השאלה. מדוע לא יתכן שבפרט אחד יש אינטרונים משני טיפוסים שונים (שני סוגים שונים של CURAY)? כי זו השאלה הבסיסית קודם כל. אתה מביא פה בעיקר פרשנות וציטוט קצר שלא עונה על השאלה. אם אין לך תשובה אז בבקשה אמור שאין לך, או לחלופין מצא אותה.

 

[פגוש בדב שכול]

הסבר לי אתה

איך לא הבנת מצידי שיהיו בפרט אחד שני סוגי branch site . שיהיו 4 אפילו. הרי אמרתי ש CURAY מאפשר 4 צרופים שונים. כמה אינטרונים יש בגנום של חוליתנים? עשרות אלפים. תן 5000 לכל מין. תן 2500. והקושיה גדולה פי כמה. 4 פעמים חזרה על עצמה אותה תופעה ובמקביל. אלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site אחד ואלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site שני. והכל באלפי מקומות נפרדים ובמוטציות מקריות. יופי של אבולוציה.

 

[SilentMike]

ראה.

"אלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site אחד ואלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site שני." על סמך מה הקביעה הזו אם כן? יתכן בהחלט לפי דברים שבאותו פרט (יוסף החתול נניח) יש שני טיפוסי אינטרונים שונים של CURAY. אז מדוע שלא יוכל להפוך אינטרון מטיפוס 1 במקום 1 אצל יוסף, לאינטרון מסוג 2 אצל בנו מנשה (החתלתול). למה צריך שכל אלפי האינטרונים יתחלפו ביחד?

 

[פגוש בדב שכול]

ראה

איני מדבר על מעבר מטיפוס CURAY אחד ל CURAY שני. אני מדבר על כך שבאבות החוליתנים היה טיפוס X של branch sites ובחוליתנים אין X אלא Y,Z,W דהיינו אלפי X הפכו ל Y ואלפי X הפכו ל W ואלפי X הפכו ל Z. ואין צורך להגיע לזה שכולם הפכו את עורם בלידה אחת. הפלא הוא שאלפי branch sites שהם רצפי בסיסים הנמצאים באינטרונים, הפכו כולם מ X ל Y, מצידי שיהיה זה באלף לידות מוטציוניות שלמות. זוהי אבולוציה? מישהו שם לב לבעיה זו?

 

[SilentMike]

אההההה.

טוב אז תגיד. אבל הבעיה היא שאתה הבאת כדוגמא את השמרים, והשמרים אינם מאבות החולייתנים. יכול להיות למשל שבחלק מאבות החולייתנים היה טיפוס X, ואצל החולייתנים יש טיפוסים X,Y,Z. האם אתה יכול לבסס את טיעונך שהחולייתנים אכן מכילים את ארבעת אינטרוני CURAY שאינם קיימים באף מחלקה אחרת? האם אינטרוני CURAY הם באמת האינטרונים היחידים אצל חולייתנים, או רק האינטרונים היחידים מסוג מסויים (הלוא כבר סיכמנו שיש יותר מטיפוס אחד של אינטרונים)? רוב מה שאתה כותב הוא בגדר טיעונים בלתי מנומקים, ולא נראה שהציטטות שלך מספיקות כדי לבסס את מה שאתה אומר (על גירסאותיו השונות. כי בתחילה נוצר הרושם אתה מתכוון שכלה אינטרונים היו צריכים להתחלף בין מין יונק אחד לשני, ועכשיו אנחנו רואים שזה למעשה לא המצב).

 

[פגוש בדב שכול]

כשאומרים

שבחוליתנים ה branch sites הם CURAY, אזי פרושו - א. בכל (או ברוב מוחלט חוץ ממיעוט זניח שלא היה ראוי להזכירו) האינטרונים של החוליתנים ולא באחד או שניים. בעשרות אלפי האינטרונים של החוליתנים, רצף ה branch site הוא CURAY, שזה אומר 4 רצפים דהיינו אלפי פעמים כל אחד מה 4. ב. שבחוליתנים זה כך אך לא באבותיהם. וכשאומרים שבשמרים הרצף הוא UACUAAC , אזי, אם האב המשותף לשמרים ולחוליתנים, היה כשמרים - UACUAAC, אז איך נהפכו עד החוליתנים אלפי UACUAAC ל CURAY? ואם האב המשותף לא היה כשמרים, אז הקושיה היא כפולה. איך הפכו אלפי X לאלפי UACUAAC בשמרים ולאלפי CURAY? ממתי אבולוציה של מוטציות רנדומאליות חוזרת על עצמה כך אלפי פעמים אותו רצף מוטציות מדוייק ובדיוק במקומות הנכונים? וכך או כך הקושיה היא כפולה ומכופלת, כי אכן, בפרוקריוטים, שאמורים להיות אבות השמרים והחוליתנים, לא היה אפילו branh site אחד. "רוב מה שאתה כותב הוא בגדר טיעונים בלתי מנומקים, ולא נראה שהציטטות שלך מספיקות כדי לבסס את מה שאתה אומר " ------ איך שלא יהיה, את הקושיה, אפילו כבר אתה הבנת. אתה רשאי בהחלט להמשיך ולהתעלם ממנה כי דברי אינם מנומקים. את זכות הבחירה לא אקח ממך.

 

[SilentMike]

כן.

מילון בריאתני-עברי: "זכות הבחריה"- "אומנם נראה שאני טועה אבל זה כי יש דבר כזה שנקרא זכות בחירה ובגללו נראה שאני טועה למרות שאני צודק" באשר לטיעוניך: א. יתכן, אבל יתכן גם כי מדובר רק באינטרונים מטיפוס מסויים. כלומר יכול להיות שיש אינטרונים אחרים. בכל מקרה מוסכם כי מדובר על מופעים רבים. ב. כלל לא בטוח. כלומר ודאי שאבותיהם הפרוקריוטים זה לא המצב, אך יתכן בהחלט שקיימים לא חולייתנים שיש להם את הסממן הנ"ל, אבל החולייתנים נבחרו משום שהסממן קיים במובהק אצל כולם. עוד דבר שלא ביססת כלל הוא הטענה שהאינטרונים קיימים תמיד בדיוק באותם מקומות. מה שסביר למצוא בתהליך אבולוציוני הוא שיש מקומות טיפוסיים לאינטרונים המקיפים קבוצות אמניוטיות גדולות יותר (אלו האינטרונים הותיקים), ויש מקומות המשותפים לקבוצות קטנות יותר (אלו המופעים המאוחרים). לא הוכחת כלל שיש מספר זהה של אינטרונים וכולם נמצאים תמיד בדיוק באותם מקומות ("המקומות הנכונים"). לא ראיתי גם שהאינטרונים של השמרים נמצאים באותם המקומות כמו האינטרונים של החולייתנים. התוכל להוכיח דבר זה (ציטוט של הודעה קודמת בה אמרת זאת לא מהווה הוכחה)? את הקושיה קשה להבין מאחר ונראה שהיא מתחלפת עם התחלף ההודעות. בכל פעם נראה כי אתה נסוג מטענה אחת ומתמקד באחרת. באופן כללי נראה שלא קראת את המאמר בעניין מספיק או שאתה מפרש אותו בצורה תמוהה (אחרת איך ניתן להסביר את היעדר הביסוס לדבריך?).

 

[Caligola]

שוב אתה טועה.

> 'כשאומרים שבחוליתנים ה branch sites הם CURAY, אזי פרושו....שבחוליתנים זה כך אך לא באבותיהם.' מהיכן הגעת למסקנה הזאת? ואולי גם באבותיהם הרצף היה CURAY? > 'וכשאומרים שבשמרים הרצף הוא UACUAAC' זהו שלא אומרים את זה, אומרים דבר שונה "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a veriety of sequences are found", ו-"nearly always" פרושו לא תמיד אלא כמעט ותמיד. >'אזי, אם האב המשותף לשמרים ולחוליתנים, היה כשמרים - UACUAAC, אז איך נהפכו עד החוליתנים אלפי UACUAAC ל CURAY?' אל תגיד לי שאתה באמת רציני עכשיו! אתה מתלוצץ, נכון? השמרים נפרדו מהחוליתנים לפני כמה מאות מיליוני שנים טובות (אם לא מילארדים), אז האב המשותף לנו ולשמרים איננו רלבנטי כלל. > 'ואם האב המשותף לא היה כשמרים, אז הקושיה היא כפולה. איך הפכו אלפי X לאלפי UACUAAC בשמרים ולאלפי CURAY? ממתי אבולוציה של מוטציות רנדומאליות חוזרת על עצמה כך אלפי פעמים אותו רצף מוטציות מדוייק ובדיוק במקומות הנכונים?' > 'וכך או כך הקושיה היא כפולה ומכופלת, כי אכן, בפרוקריוטים, שאמורים להיות אבות השמרים והחוליתנים, לא היה אפילו branh site אחד.' על אבולוציה מתכנסת שמעת? אם לא, אז הנה קח תחכים מעט. ________________________________________________________________________

 

[SilentMike]

אני רק חש צורך לציין:

אני עדיין ממתין להוכחה שכל האינטרונים כולם נמצאים באותם המקומות בדיוק (ולא חלקם כי אז זה מתאים יופי לאבולוציה בברירה טבעית. כולם). בפרט להוכחה שה-UACUAAC וה-CURAY נמצאים באותם הגנים. אם לא, אז אין שום ראיה לקשר ביניהם (ושוב, לא חלקם, זה יכול להיות מקרי לחלוטין).

 

[Caligola]

בינתיים היחיד שמתעלם כאן הוא אתה.

ואני כבר מתחיל לשאול את עצמי, האם אני ו-SilentMike לא מתבטאים בצורה קוהרנטית מספיק כדי שתבין אותנו? או שאולי הבעיה איננה בצורת ההתבטאות שלנו והיא נעוצה בהבנה הסוביקטיבית שלך. אני מהמר על האפשרות השניה. אנסה להסביר לך שוב, בתקווה שהפעם תבין את כוונתי - מאחר ואני לא העלאתי כאן טענות אינני צריך להוכיח דבר, אתה מנגד העלאת כאן את הטענה הבאה: ====== תחילת ציטוט ====== "בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY." ====== סוף ציטוט ====== מאחר ואפילו במשפט הפלילי והאזרחי מקובל שנטל ההוכחה מונח על כתפו של הקטיגור, ולא על הסניגור. ואם המשטרה טוענת למשל שפלוני עבר על החוק וגנב נטל ההוכחה מונח על כתפי הקטיגור, והקטיגור הוא זה הצריך להוכיח מעל לכל ספק את אשמת פלוני, אך מאידך פלוני איננו נדרש להוכיח את חפותו כל עוד לא הועלו טענות מולו. לכן כעת אאלץ לבקש שתוכיח(לא שתתעלם) לי ול-SilentMike בפעם המי יודע כמה את טענתך לעיל. ולפני שאתה ניגש ומנסה להוכיח, הבן כי ההגיון הסוביקטיבי שלך לא מעניין אותנו כלל, מאחר ואתה עד לרגע זה נתת לנו את התחושה של מי שמעיין בחומר הכתוב ומבין מהנכתב את מה שטוב לו להבין. אז בפעם הרביעית, אני שוב פעם מבקש לראות הוכחה לטענה הכתובה מעלה שהועלתה כאן על ידך. מה שיעזור לך להוכיח לי ול-SilentMike את טענתך יהיה אם תמצא במאמר מדעי, אשר מבוסס על מחקר ראיה לשני הדברים הבאים: (1) ה-branch site אצל יונקים חייב להיות מותאם ב-100%, לרצף המופיע ב-spliceosome. הסבר: בשעה שרשמת בהודעה למטה שהרצף של חוליתנים הוא CURAY, הציטוט אותו ציטטת הוא מעורפל ולא מובן דיו, הרי אם הרצף אצל חוליתנים הוא CURAY אז למעשה (ולפי הבנתי) יכול להמצא חוליתן אשר אצלו בחלק מהאינטרונים יהיה ב-branch site את הרצף CUAAU ובחלק אחר יהיה הרצף CUAAC ועדין האינטרונים יזוהו ויבותקו. אתה טוען שהרצף של ה-branch site מוכרח להיות קבוע בכל האינטרונים אצל אותו החוליתן? תוכיח! ולא! הציטוט שלך מהספר Biochemistry לא עוזר לך להוכיח את טענתך, מאחר והוא נתון בערפילים, וניתן להבינו בשני דרכים שונות עקב אמביוולנטיות. (2) כל מוטציה(ולא רק חלק מהמוטציות) שתחול ב-branch site אצל יונקים(ולא אצל שמרים) תגרום לכך שה-branch site לא יזוהה ולכן ה-spliceosome כדי לנתק את הראשון ידלג אל האינטרון הבא וינתקו באמצעות ה-branch site של האינטרון השני. אם תוכיח את שתי הנקודות האלו מעל לכל ספק, נוכל להתקדם הלאה בדיון, במידה ותתעקש להתעלם מזאת, ותמשיך ל"הסביר" באמצעות ההגיון הסוביקטיבי שלך, זה רק יראה שטענותיך הם עורבא פרח ומבוססות על אויר דליל ולכן ממילא לא תצליח לשכנע אף אחד כאן. ________________________________________________________________________

 

[פגוש בדב שכול]

לא מר בחור

מוטב לך להתמקד בהודעתי הלפני אחרונה זו, ובשתי השאלות שבה שהן לצנינים בעיניך. ובהודעתי האחרונה זו, הקדמתי ועניתי לשאלתך כאן בעניין CURAY והנחתי 4 סוגי branch site באותו חוליתן. לאחר שתענה על אלו, ותחדל מלהסתובב סביב זנבך, אולי יתעדן טעמך וניתן יהיה להטעימך מנפלאות קושיות התאמת הספליסוזומים.

 

[Caligola]

מצויין, אם כך אפשר לומר שתם הדיון

ביננו, מאחר ואם קיבלת 4 סוגי branch site אצל אותו החוליתן, אז טענתך המקורית הזאת קורסת - ====== תחילת ציטוט ====== "בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY." ======= סוף ציטוט =======

 

[פגוש בדב שכול]

מצויין

היה דיון פורה. תם הדיון ותמה האבולוציה ואף טבעם של תומכיה נגלה.

 

[Caligola]

אילו הייתה קיימת באמתחתך ראיה

לכך שבאמת ובתמים "התחלפו אלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site אחד ואלפי branch sites במקביל הפכו לרצף של branch site שני" היה מן הראוי שהיית מציג אותה בפנינו לאלתר וללא שום השתהות. אך בינתיים, אתה ממשיך לטעון קבל עם ועדה שאלפי branch site במקביל הומרו ללא שום אסמכתא. האם אתה יכול לספק מקור הטוען שאלפי branch site התחלפו במקביל אצל היונקים/חוליתנים? על מה בדיוק אתה מסתמך כאשר אתה טוען זאת? (א) מספיק היה אילו היה ברשותך מקור אחד הטוען על סמך מחקר מדעי בנושא, שנמצא למשל שאצל הפנתר רצף ה-branch site הוא CUAAU, ואילו אצל הטייגר הרצף הוא CUAAC, והנה לנו תימוכין. (ב) או לחלופין - מספיק היה אילו היית מוצא מקור המראה שאצל דוב הפנדה רצף ה-branch site הוא CUGAC למשל, ומנגד אצל האורנגאוטנג הרצף הוא CUAAC, והנה לנו תימוכין. (ג) או כאפשרות אחרת - מספיק לנו היה אם היית מאתר מקור המראה שאצל דוב הנמלים הרצף הוא CUGAU למשל ולעומת זאת אצל הפיל הוא CUAAC, והנה לנו תימוכין. (ד) או לחלופין - מספיק היה אילו היית מוצא מקור המראה שאצל הקרנף רצף ה-branch site הוא נגיד CUGAC, ומנגד אצל הפומה הרצף הוא CUAAU, והנה לנו תימוכין. אך בניגוד לכל האפשרויות שבזה הרגע מניתי מה אתה מצאת? ======= תחילת ציטוט ======= The branch site lies between 100 and 18 bases upstream of the 3’splice site and has the consensus:UACUAAC for yeast and CURAY for vertebrates ======== סוף ציטוט ======== היכן בדיוק הראיה בקטע הזה שאלפי branch site השתנו מיונק ליונק, או מחוליתן לחוליתן? דבר נוסף שהמאמר שמצאת חסר הוא מראה מקום (Reference), על מנת לבדוק את הדברים לעומק, ולקרוא את המחקר בנושא. ואם הרצף אצל חוליתנים הוא CURAY כשם שהמאמר שציטט אותו טוען אז למעשה ולפי הבנתי, אצל כל חוליתן הרצף הוא CURAY, משמע שאצל דוב הנמלים למשל יכול להיות שבחלק מה-branch site הרצף הוא CUAAU ובחלק אחר יהיה הרצף CUAAC ועדין האינטרונים יזוהו ויבותקו אצל דוב הנמלים, ומכאן טענתך המקורית שאלפי branch site הומרו נמצאה מופרכת מיסודה. __________________________________________________________________________

 

[פגוש בדב שכול]

לאו דוקא במקביל

עיין בהודעה זו. אין לי צורך שכל ה branch sites יהפכו את עורם במקביל בלידה אחת. מספיק שאומרים שבמין פלוני ה branch sites הם A, B, C אבל באבותיו, ולאו דוקא באבותיו הישירים, היו אותם אלפי branch sites בפורמט אחר - X, Y, Z הרי שיש כאן חזרה על עצמה, אלפי פעמים, של אותו רצף מוטציות, באלפי מיקומים שונים באלפי אינטרונים. ואין צורך שהדבר יחול על פיל ודב נמלים (אם כי נראה מכמה מקומות שכך המצב ביונקים אבל לכך טרם מצאתי מקור ממוקד) מספיק שכך הדבר ביחס בין החולייתנים לאבותיהם, יהיו אלו התולעים השטוחות או השמרים או אחיהם האוקריוטים הירודים. ואותה קושיה עצמה נוהגת וביתר חומרה לגבי השמרים עצמם. השמרים הם אוקריוטים ירודים. בשמרים יש רצף קונצנזיוס אחד - UACUAAC. באבותיהם הפרוקריוטים של השמרים לא היה אפילו אינטרון אחד ו branch site אחד. וראה זה פלא, מהפרוקריוטים עד השמרים, נוספו בגנום השמרים, אלפי אינטרונים באמצע אלפי גנים כאשר בכולם, באותו מקום, נמצא branch site שהוא הרצף UACUAAC . אתה מסתדר עם זה? האם יש להתעלם מלראות פלא זה? ואם אתה חושב שבזה נגמרו הקושיות ממין זה, אתה טועה בגדול. זהו רק קצה קרחון. על קופסת TATA שמעת? אף היא איזשהו רצף המהווה אתר התחלה ששיעתוק גן. אף היא הינה רצף החוזר על עצמו אלפי פעמים, בדיוק בהתחלותיהם של אלפי גנים שונים. וגם כאן קיימת דיפרנציציה בין מין למין או בין ממלכה לממלכה, ואף כאן יש לשאול מהיכן בכלל הופיעו רצפים זהים אלו באלפי מופעים במקומות הנכונים. ועוד חזון למועד.

 

[SilentMike]

יש לשים לב בזהירות לסופה של ההודעה

בסוף רואים כבר את העלאתו של נושא חדש בנסיון להעלים את העובדה שהנושא הראשון למעשה לא בוסס. עזוב את ה-TATA. אין לך ראיות שהאינטרונים של החולייתנים שונים כולם מהאינטרונים של אבותיהם. אין לך שום הוכחה ובעצם ויתרת על הטענה שלכל מין חולייתן (או אפילו לכל פרט) יש אינטרון CURAY יחודי. כלומר לטענה שכל האינטרונים צריכים להשתנות ביחד אין רגלים. למעשה יתכן בהחלט שהאינטרונים משתנים בסחף גנטי אקראי בין 4 הצורות, ומופיעים פעם בפיזור אחד, ופעם באחר. מה שנשאר למעשה הוא השאלה "איך הופיעו אלפי רצפים של אינטרונים עם אותו ה-branch site", אבל זו לא שאלה כלל. אינטרון צריך להופיע פעם אחת, ומשלב זה הוא מעתיק את עצמו לחלקים שונים של הגנום (כי זה מה שדנ"א עושה, להעתיק את עצמו. והעתקה של קטע דנ"א קיים למקום אחר בגנום במעבר מדור לדור היא תופעה קיימת) במהלך הדורות. כל האינטרונים עם אותו ה-branch site מקורם באינטרון יחיד, ולכן מכילים את אותו ה-branch site. באופן דומה גם משפחת האינטרונים עם ה-branch sites מארבעת טיפוסי CURAY יכלה לנבוע מאינטרון יחיד, כאשר מוטציות נייטרליות גורמות למעבר מ-branch site אחד של CURAY לאחר מפעם לפעם. מדהימה אותי בכל פעם מחדש היכולת של הבריאתנים להתעלם לחלוטין ממושג פשוט כמו הברירה הטבעית. הנה אני חושב שמצאת איזה משהו מתוחכם באמת, ובסוף מתברר שפשוט החלטת להתעלם לחלוטין מדבר שצריך להיות טריוויאלי להחריד לכל מי שטוען שהוא יודע מספיק על תורת האבולוציה בכדי להפריכה. שום דבר ממה שכתבת למעשה לא מבסס את הטענה שכל האינטרונים חייבים להשתנות ביחד (טענה שנסוגת ממנה למעשה בעצמך, ונותרת ללא כלום), ולכן יתכן בהחלט שהכל התרחש במהלך של אבולוציה דרוויניסטית רגילה. שוב נפלת. סורי.

 

[Caligola]

ההיגיון הסוביקטיבי שלך לא רלבנטי

לדיון על ה-branch site, מה שכן רלבנטי הוא תימוכין, האם יש לך כאלה? או שכל שאתה מתכוון לעשות זה לרשום את דעתך הפרטית בנושא? 'עיין בהודעה זו.' עיינתי, ולא מצאתי שם שום תימוכין לטענתך המקורית. 'מספיק שאומרים שבמין פלוני ה branch sites הם A, B, C אבל באבותיו, ולאו דוקא באבותיו הישירים, היו אותם אלפי branch sites בפורמט אחר - X, Y, Z' היכן בדיוק ראית שאומרים את זה? 'אבל לכך טרם מצאתי מקור ממוקד' כל עוד לא תמצא מקור לכך יש לך טענה לא מוכחת. 'ואותה קושיה עצמה נוהגת וביתר חומרה לגבי השמרים עצמם. השמרים הם אוקריוטים ירודים. בשמרים יש רצף קונצנזיוס אחד - UACUAAC.' לא בדיוק, הרי בספר ב-Biochimestry רשום "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC", ל-"nearly always" אי אפשר לקרוא קונצנזוס. שנית, השמרים הם לא אבותיהם של היונקים ולכן לא רלבנטי לגבינו רצף ה-branch site של השמרים. 'מהפרוקריוטים עד השמרים, נוספו בגנום השמרים, אלפי אינטרונים באמצע אלפי גנים כאשר בכולם, באותו מקום, נמצא branch site שהוא הרצף UACUAAC . אתה מסתדר עם זה? האם יש להתעלם מלראות פלא זה?' 1. לעניין הרצף, אתה נסתר מתוך הספר Biochimestry -- "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC", כאשר נרשם "nearly always" זה דווקא אומר שלא בכולם יש רצף אחד. 2. שמרים לא רלבנטים לגבי יונקים, מאחר וגם אם הרצף בשמרים הוא זהה אין להקיש מכך אל היונקים, מאחר והשמרים לא היו אבותיהם של היונקים. 'על קופסת TATA שמעת?' אל תשנה נושא, אנחנו דנים על רצפי ה-branch site ולא על TATA box. עכשיו, השאלה היא האם אתה יכול להוכיח את טענותיך עד כה? האם אתה יכול להוכיח שביונק מסויים ולמשל אצל דוב הפנדה רצף ה-branch site הוא CUGAC למשל, ומנגד אצל האורנגאוטנג הרצף הוא CUAAC? והאם אתה יכול להוכיח שכל מוטציה(ולא רק חלק מהמוטציות) שתחול ב-branch site *אצל יונקים*(ולא אצל שמרים) תגרום לכך שה-branch site לא יזוהה? ולכן ה-spliceosome כדי לנתק את הראשון ידלג אל האינטרון הבא וינתקו באמצעות ה-branch site של האינטרון השני?

 

[פגוש בדב שכול]

נתונים

"עכשיו, השאלה היא האם אתה יכול להוכיח את טענותיך עד כה? האם אתה יכול להוכיח שביונק מסויים ולמשל אצל דוב הפנדה רצף ה-branch site הוא CUGAC למשל, ומנגד אצל האורנגאוטנג הרצף הוא CUAAC?" ---------- טרם מצאתי נתונים ממוקדים לגבי יונקים. אך מצאתי לגבי שמרים. עיין בטבלא המצורפת הלקוחה מכאן. ולהלן הסבר: בטבלא נעשית השוואה בין סוגי שמרים, דהיינו מינים שונים, קרובי משפחה, שודאי רוב גניהם הומולוגיים וע"פ השערת האבולוציה מוצאם כולם מאב משותף לא רחוק בעץ האבולוציוני. כל עמודה מתיחסת למין נפרד אשר שמו מופיע מעל העמודה. עיקר המעניין אותנו כרגע הוא השליש האמצעי בחלוקה לגובה, שבו ישנה השוואת ה branch sites הטבלא היא טבלא סטטיסטית. מכיוון שלא עמדו אותם חוקרים לבדוק את כל עשרות אלפי הגנים של כל אחד מהמינים אלא מדגם סטטיסטי בלבד אשר אמור לשקף סטטיסטית את המצב לאורך כל הגנום. כל שורה, מייצגת צרוף שונה של branch site. n המופיע בתחתית כל עמודה הוא מספר ה branch sites שנבדקו מאותו מין. ומה ניתן לראות כאן? למשל, במין S.cereviciae שנבדקו בו 260 branch sites , כ 198 מתוכם הם מטיפוס GTATGT, דהיינו כ 76%. ואילו במין Y.lipolitica שנבדקו בו 16 branch sites , רק אחד הוא GTATGT דהיינו 6.2% . ומאידך, הטיפוס GTGAGT המופיע ב 75% מהמדגמים של Y.lipolitica, לא נמצא כלל ב S.cereviciae . וכיוצא בזה ניתן להשוות מינים נוספים בטבלה. ואיפה כאן ה catch? בד"כ כשאומרים שאתר מסויים באיזשהו גן השתנה מוטציונית מ GTATGT ל GTGAGT , או ששניהם מאב משותף שהתפצל, זה סביר - שתי החלפות נוקלאוטידים בס"ה. אבל כשמדברים לא על אתר ספציפי בגן ספציפי, וכשמקבלים את תוצאות הטבלה הנ"ל, כמשקפת יחסית את ההשתנות הכללית בין המינים, אזי מדובר על כך של S.cereviciae ול Y.lipolitica היה אב משותף, אשר בהתפצלות ממנו, לפחות אחד מן המינים, שינה אלפי branch sites שינוי זהה. וזוהי גם מסקנת החוקרים שם המובאת לאחר הצגת הטבלה, אם כי השאלה על יתכנות כזו אבולוציה כלל לא עלתה שם. וכן הם אומרים: "The extended GTATGT motif found in S.cerevisiae appeared to be more or less flexible depending on the yeast species:" דהינו, מדובר על השתנות ב branch site , כהשתנות ממין למין. לא מגן ספציפי לגן ספציפי אלא בכללות המין - מה שאומר אלפי שינויים זהים, במעבר ממין למין, במקומות נפרדים. ועל שינוי שכזה מעולם לא דיברה האבולוציה וגם לא שום אבולוציה מתכנסת.

 

[SilentMike]

הדיון הוזז בעקבות שקיעת האשכול.

הדיון החדש נמצא כאן.

 

[פגוש בדב שכול]

טעות נוספת

וחמורה מאין כמוה: "אתה מניח שאצל אבות היונקים היה מנגנון ביתוק האינטרונים זהה למנגנון העכשוי והחדיש, וכאן היא שגיאתך." לא אדוני. איני שוגה כאן. אבות היונקים, התראפסידים נניח, לא היו יצורים אמורפיים. גם בשמרים או בשאר אוקריוטיים ירודים, מנגנון הספלייסינג הינו אותו מנגנון משכלל ככל היצורים המודרניים היום, מלבד אולי כמה אינטרונים ש in some cases נחתכים מעצמם. ואם תניח, שעד אבות היונקים, המנגנון היה עדיין פרמיטיבי ופשוט, דהיינו אינטרונים שנחתכים מעצמם, אתה מבין מה שזה אומר? זה אומר, שכל היצורים האוקריוטיים המודרנים של היום, החל משמרים, המשך ברכיכות, דגים, זוחלים, עופות, יונקים - כולם פיתחו את מנגנון הספלייסינג המודרני, על חלבוניו וספליסוזומיו, מנגנון שהינו זהה עקרונית בכולם - ב נ פ ר ד!!!