סליחה על ההפרעה

[פגוש בדב שכול]

ואני אומר

שאו שלא קראת את מה שהמלצתי בפניך, או שאתה בול עץ. את הרעיון הגאוני של גן שהשתכפל ומוטציות שחל בגן המשוכפל, קיבלתי שם כנתון וכל קושיותי מתחילות מכאן ואילך והן נובעות מתכונות מסויימות של מערכת ההרחה. בין כך ובין כך, בין אם קראת ולא הבנת כלום ובין אם לא קראת ואתה טוען שענית על משהו, בשני המקרים אתה לא יוצא טוב.

 

[Caligola]

הטיעונים שהעלאת שם שוב ושוב נקראים-

Arguments from incredulity.​

 

[פגוש בדב שכול]

לא העלתי טענות?

כואב לשמוע זאת. אחזור על מה שאמרתי, במסקנתי, בהודעתי השנייה. "בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY." הייתי מציע לך לקרא שוב את ההודעות, ולהבין היטב מה אמרתי כאן. אולי אני טועה. אולי לא הבנתי דבר מה. אבל אם הדברים הם כפי שהצגתים כאן, אזי האבולוציה לא היתה ולא נבראה. אתה מסוגל להבין למה?

 

[Caligola]

לעניות דעתי, מסקנתך שם שגויה.

"בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY." אומנם לא אמרת את זה בריש גלי, אבל ההנחה העלומה כאן היא שההתפתחות התרחשה בשני השלבים הבאים: (1) בשלב ראשון התפתח ה-spliceosome כאשר הוא לומד לזהות רצפים מסויימים ולהסיר אותם מהגנום. (2) בשלב שני חלו שינויים ב-splicesome אצל ממלכות מסוימות + חלו שינויים בדיוק ובמקביל בכל אחד מהאינטרונים כדי שיהיו מותאמים לשינויים שחלו ב-spliceosome. מנגד אני מציע שזה התפתח באופן אחר: (1) בשלב ראשון היו אינטרונים המסוגלים לסלק את עצמם (בהמשך ההודעה יבואר לך כיצד) (2) בשלב שני התפתח ה-spliceosome ושיכלל את המערכת, ועם הופעתו האינטרונים קיפחו בהדרגה את היכולת לסלק עצמם, וכעת נותרנו עם מערכת בלתי-פריקה. אם וכאשר ההתפתחות קרתה באופן שהצעתי אין לנו שום בעיה מבחינה אבולוציונית. יגעתי ומצאתי באמצעות PubMed את המאמר הבא העוסק ב-spliceosome, ועיון קצר שם ממחיש מדוע הצעתי מתקבלת על הדעת, פתח את המאמר מולך ודלג לחלק הנמצא בעמוד 2 הפותח ב-"Why so many proteins?", (במידה ותהיה מעונין, המאמר גם מגובה ב-References כך שתוכל להתחקות אחר מקורותיו.)

As noted above, the actual chemical reactions of pre-mRNA splicing, transesterifications, can occur in the absence of protein. There exist many cases wherein RNA enzymes (ribozymes) catalyze transesterification. The most pertinent examples for this discussion are the so called Group II introns that are primarily present in pre-mRNAs of fungal organelles.(14) These introns can in some cases excise themselves autocatalytically from the pre-mRNA. Strikingly, autoexcision follows the identical two step reaction pathway of nuclear premRNA splicing. Indeed, it is widely believed that nuclear premRNA introns have descended from Group II introns that lost the ability to catalyze their own removal and thus become dependent on trans-acting factors for excision. This hypothesis is supported both by the similarity in reaction pathways and by the fact that certain RNA structures within the spliceosome bear striking resemblance to catalytically crucial structures in Group II introns.(4,15) The parallels between nuclear pre-mRNA splicing and Group II intron splicing have fueled speculation that nuclear pre-mRNA splicing is an RNA catalyzed reaction. Remarkably, recent studies have shown that fragments of U2 and U6 snRNAs are active in catalyzing an RNA-only reaction that resembles splicing.(16) The existence of such a ‘‘minimal spliceosome’’ (if that is what the U2–U6 complex is shown to be), makes the complexity of the ‘‘real’’spliceosome all the more intriguing.​

וכמו שאנו יכולים לראות בבהירות מהמאמר, באורגנל של פטריות יש אינטרונים המסוגלים לסלק את עצמם באמצעות אוטו-קטליזטור. ולכן וכדי להסביר את אופן התפתחות המערכת, הצעתי היא כזאת: (1) pre-mRNA המורכב מ-Group II introns, ואלה מסוגלים לסלק את עצמם באמצעות אוטו-קטליזטור. (2) התפתחות הדרגתית של ה-spliceosome. (3) איבוד היכולת של האינטרונים לסלק עצמם. (4) הפיכת המערכת לבלתי פריקה.

 

[פגוש בדב שכול]

לרגע דימיתי שהבנת את השאלה

כתבת - "בשלב שני חלו שינויים ב-splicesome אצל ממלכות מסוימות + חלו שינויים בדיוק ובמקביל בכל אחד מהאינטרונים כדי שיהיו מותאמים לשינויים שחלו ב-spliceosome." נכון. זו השאלה העיקרית שהעלתי. לא דיברתי על איך בכלל נוצר מנגנון הספלייסינג והתפשט לו בכל הגנים, למרות שגם מנגנון זה כמובן לא יכל להתפתח באבולוציה והאינטרונים של כמה פטריות ש in some cases (I wonder which cases) חותכים את עצמם, מקרבים אותנו לפתרון הבעייה כמו שלגימה מקרבת לייבוש האוקיינוס. אבל לא זו הנקודה שרציתי לשתף (להפריע את מנוחת) הגולשים הנכבדים (רק הנכבדים) בפורום זה. הנקודה היא כפי שציינת, שבמעבר ממלכות מסוימות לאחרות, כפי העולה מהפרק ב Biochemistry שהבאתי, חל שינוי בספלייסוזומים וחל שינוי מקביל בכל האינטרונים לכל אורך הגנום. הספליסוזום, חייב להיות מתאים לקטע שבין אינטרון לאקסון, התאמה מוחלטת. שיפט של בסיס אחד בחיתוך - יצור חלבון שונה לחלוטין לכל ארכו ויעוות את כל הגנים כולם. "This splicing must be exquisitely sensitive: a one-nucleotide slippage in a splice point would shift the reading frame on the 3 side of the splice to give an entirely different amino acid sequence. Thus, the correct splice site must be clearly marked. " נניח בין זוחלים ליונקים, השתנו הספליסוזום ועשרות אלפי האינטרונים, אם השתנה הספליסוזום, קודם שהשתנו עשרות אלפי האינרונים - זוהי הכחדה. כל אינטרון שהשתנה בסיגנל המפריד בינו לאקסון, לפני שהשתנה הספליסוזום, דינו של אותו גן להיכחד. ואיך יעלה על הדעת, שמלבד שאר המערכות ואלפי הגנים החדשים שפיתחו היונקים מעל הזוחלים, בד בבד עם זה, הם השכילו להחליף את עשרות אלפי סיגנאלי האינטרונים שלהם, בעשרות אלפי מקומות, שינוי זהה לחלוטין, המתאים לספליסוזום החדש. זו השאלה. וכמדומה ששאלת אותה בעצמך. היכן התשובה?

 

[Caligola]

ראה, עניתי לכל הקושיות שלך אחת לאחת

הזוחלים הקדומים היו אבותיהם של הדינוזאורים, של היונקים, ושל הציפורים ושל הזוחלים המודרנים (ואם קיפחתי כאן קבוצה מסוימת אתה מוזמן לתקן אותי) מנגד הצמחים עברו אבולוציה נפרדת. הספר Biochimestry שברשותך רושם - "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a veriety of sequences are found" כלומר בשמרים ה-branch site יהיה תמיד UACUAAC, וביונקים ה-branch site יהיה שונה ומשתנה מיונק ליונק. ועכשיו השאלה הנשאלת, האם יש הבדל(מלבד ה-branch site) בין המנגנון הקיים בשמרים לבין היונקים? האם מנגנון ה-splicesome מכיל שוני מסוים בין המנגנון הקיים אצל יונקים לבין זה הקיים אצל שמרים? למרות שלא דיברת על האבולוציה של ה-spliceosome הרי זה פרט חשוב בדיון שלנו, מאחר ואם ה-spliceosome התפתח באופן שאני הצעתי אזי אין לנו שום בעיה כאן. אתה מניח שאצל אבות היונקים היה מנגנון ביתוק האינטרונים זהה למנגנון העכשוי והחדיש, וכאן היא שגיאתך. כפי שהצעתי, שלבי ההתפתחות וההסבר לשוני במנגנון בין מיני היונקים הוא: (1) pre-mRNA המורכב מ-Group II introns, ואלה מסוגלים לסלק את עצמם באמצעות אוטו-קטליזטור. (2) התפתחות הדרגתית של ה-spliceosome, כאשר ה-spliceosome הוא רק חלק מסייע במערכת. (3) איבוד היכולת של האינטרונים לסלק עצמם. (4) הפיכת המערכת לבלתי פריקה. כאשר אצל אבות היונקים לפי הצעתי היה ה-spliceosome נמצא בשלב השני (2) ואם וכאשר הוא נמצא בשלב השני אין לנו שום בעיה מבחינה אבולוציונית כי הוא לא היה נעול ומקובע והיה פתוח לשינויים ואלו חלו בו. ואז בהדרגה ה-spliceosome השתנה בין מיני היונקים השונים, וגם התחוללו שינויים ב-branch site אצל מיני יונקים שונים, ובשלב השלישי(3) ה-spliceosome והאינטרונים הפכו למקובעים, וכעת אנחנו נמצאים עם מערכת נעולה ומקובעת. ולעניין ההתפתחות האבולוציונית של ה-spliceosome, ראיתי שבספרך Biochimestry יש פרק העוסק ב-Biochemical evolution, האם ניסית לעיין באותו הפרק? האם יש בו תשובות ואפילו כלליות לשאלה כיצד התפתחו macromolecular machines? =========================================================================

 

[פגוש בדב שכול]

לא ענית

וטעיתי לחלוטין כשחשבתי לרגע שהבנת. תרא מה אתה אומר - "וביונקים ה-branch site יהיה שונה ומשתנה מיונק ליונק" משתנה מיונק ליונק? אם כך הקושיה היא פי מליארד. אתה מבין מה אמרת? נניח שיונק א' הוא אביו האבולוציוני של יונק ב'. האם אתה מעלה על דעתך שייתכן שביונק א' ה branch site הוא UACUAAC למשל וביונק ב' ה branch site הוא CCGUUG נניח? אתה מבין מה שזה אומר? זה אומר, שעשרות אלפי קטעי UACUAAC, שהיו בעשרות אלפי branch site ביונק א', השתנו כולם ל CCGUUG . במוטציות מקריות, בהליך ברירה טבעית, עשרות אלפי UACUAAC, ודוקא אלו שהיוו branch site , השתנו השתנות זהה ל CCGUUG ????? וזה רק חצי קושיה, מבלי להתיחס כלל להשתנות הספליסוזום. את חצי הקושיה הזו הבנת?

 

[Caligola]

הכל נענה על ידי.

'תרא מה אתה אומר - "וביונקים ה-branch site יהיה שונה ומשתנה מיונק ליונק"' אם כך לא הבנת אותי נכון, וכוונתי הייתה למה שנכתב בספר Biochimestry: "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a variety of sequences are found" -- כלומר, זה לא שבין כל יונק ויונק יש branch site שונה, אלא שבחלק מהיונקים הוא שונה. 'זה אומר, שעשרות אלפי קטעי UACUAAC, שהיו בעשרות אלפי branch site ביונק א', השתנו כולם ל CCGUUG . במוטציות מקריות, בהליך ברירה טבעית, עשרות אלפי UACUAAC, ודוקא אלו שהיוו branch site , השתנו השתנות זהה ל CCGUUG ?????' לדעתי, אתה טועה, מאחר וכאשר ה-spliceosome נמצא על תקן של חלק מסייע במערכת, לא צריכים(לדעתי) לחול שינויים בכל רצף ה-per-mRNA אלא רק ב-spliceosome עצמו כך שהוא יזהה מקטעים במעט שונים, ושלב הבא יהיה כאשר ה-spliceosome הופך לחלק הכרחי ואז אנחנו נמצא עצמנו כבר עם אינטרונים בעלי branch site שונה, אך זה לא שהשוני חל ב-spliceosome עצמו. 'וזה רק חצי קושיה, מבלי להתיחס כלל להשתנות הספליסוזום. את חצי הקושיה הזו הבנת?' לא כשם שהסברתי הצעתי היא שה-spliceosome היה רק חלק מסייע אצל אבות היונקים ורק בשלב הבא הוא נהפך לחלק נחוץ והכרחי.

 

[פגוש בדב שכול]

עזוב רגע את הספליסוזום

נניח שלא צריך ספליסוזום. נניח שספליסוזומים נוצרים כרצוננו יש מאין עזוב אותם. שאלתי על branch site ושאלה זו היתה אמורה כבר להעיר פיל ועדיין לא שמעת. ולא צריך כל היונקים. מספיק לי יונק אחד שה branch site שלו שונה משאר היונקים. ננסה לאט לאט לאט: ה branch site של כל היונקים הוא נניח UACUAAC. ה branch site של ה הקרנף נניח הוא CCGUUG. אז היה איזשהו יונק X, שהוא אביו האבולוציוני של הקרנף, שבו ה branch site עדיין היה UACUAAC. מה פירוש שה branch site של הקרנף הוא CCGUUG? הפירוש הוא - שלקרנף יש נניח עשרת אלפים גנים, שבהם אינטרונים, שבהם נמצא רצף branch site שהינו CCGUUG. דהיינו שהרצף CCGUUG, חוזר על עצמו עשרת אלפים פעמים, לאורך גנום הקרנף, במקומות מדוייקים, ב branch site שבתוך האינטרונים שבכל הגנים שלו. מה פירוש שה branch site של X הוא UACUAAC? הפירוש הוא - שלX יש נניח עשרת אלפים גנים, שבהם אינטרונים, שבהם נמצא רצף branch site שהינו UACUAAC. דהיינו שהרצף UACUAAC, חוזר על עצמו עשרת אלפים פעמים, לאורך גנום X, במקומות מדוייקים, ב branch site שבתוך האינטרונים שבכל הגנים שלו. עד כאן אתה איתי? אז מה פירוש שהקרנף רכש לו branch site חדש? הפירוש הוא ש מ X עד הקרנף, כל עשרת אלפים ה branch sites שהיו UACUAAC, השתנו, מתוך מוטציות מקריות ל - CCGUUG. אתה מסתדר עם זה?

 

[Caligola]

אם כבר ויתרנו על ה-spliceosome

אז אפשר לשאול את השאלה הבאה --- מדוע אתה מניח שכל רצפי ה-branch site של האינטרונים אצל אביו הקדמון של הקרנף היו זהים? ואולי היו שם אינטרונים עם הרצף UACUAAC ב-branch site, ומנגד ואצל אותו הקרנף היו גם אינטרונים בעלי הרצף CCGUUG ב-branch site? מדוע להניח שאם כבר לא צריך את ה-spliceosome אז הרצף חייב להיות או UACUAAC או CCGUUG? ולמה לא שאצל חלק מהאינטרונים הוא יהיה UACUAAC? בעוד שאצל חלק אחר הוא יהיה CCGUUG?

 

[פגוש בדב שכול]

תשובה

"מדוע אתה מניח שכל רצפי ה-branch site של האינטרונים אצל אביו הקדמון של הקרנף היו זהים?" ------- אני לא מניח. כשאומרים שבכל היונקים ה branch site הוא UACUAAC נניח, מלבד הקרנף נניח שבו ה branch site הוא CCGUUG אז הפירוש הוא שהיה אב קדמון לקרנף שבו כל ה branch site הם UACUAAC וכולם השתנו בקרנף ל CCGUUG . לא אכפת לי שתחשוב שמ X אבי הקרנף עד הקרנף היו שלבי ביניים שבהם היה יצור Xקרנף שחצי מה branch sites היו CCGUUG וחצי היו UACUAAC . בסופו של דבר מ X לקרנף או לכל יונק אחר, שכבר הסכמת שלגבי חלק מהיונקים ה branch site השתנה, אין הכוונה שהשתנה branch site אחד או שניים אלא עשרות אלפי ה branch site של אותו יונק השתנו, שינוי זהה מ UACUAAC ל CCGUUG , לכל אורך הגנום. אמרת בעצמך - "כלומר, זה לא שבין כל יונק ויונק יש branch site שונה, אלא שבחלק מהיונקים הוא שונה" ----- בסדר גמור. מספיק יונק אחד, שהשתנה בו ה branch site , אין הפירוש שהשתנה branch site אחד באינטרון פלוני ולא שני branch site ולא ארבע אלא עשרות אלפי branch site השתנו מ UACUAAC ל CCGUUG ושינוי זה אינו יכול להתרחש על ידי אבולוציה של מוטציות מקריות. איפהשהו בתת ההכרה כבר הבנת זאת.

 

[פגוש בדב שכול]

עוד משהו

במאמר שאתה בעצמך הבאת, ובקטע שאתה בעצמך ציטטת,הוא משווה בין Group II introns , המצויים רק באברונים (גופיפים תת תאיים) של צמחים, או במספר אוקריוטים ירודים, לבין האינטרונים המצויים ב mRNA באוקריוטים עיליים ושעליו כל הדיון כאן. אין בשום אוקריוט, משמרים ומעלה, שום אינטרון הנחתך מעצמו, שום אינטרון שאינו דורש את האלגוריתם המדוייק של ה ספלייסינג, על כל רכיביו. כל התאור שלו בכל המאמר, לגודל הנחיצות של כל רכיבי הספליסוזום, ומדוע הוא תהליך כה סבוך המצריך כל כך הרבה רנ"א וחלבונים, המרכיבים יחדיו את הספליסוזום, כל האלגוריתם הזה וכל הפרטים האלו משותפים לכל האוקריוטיים משמרים ומעלה. אז מה אתה מציע? שעד היונקים, עדיין כל זה לא היה כך ולא נצרך בכלל ספליסוזום, אולי רק כסיוע, אך מאז אבות היונקים עד היום, התכנסו להם כל מיני האוקריוטיים שבעולם, משמרים ומעלה, לאותו הרכב ספליסוזום, לאותו אלגוריתם, ולאותו הכרח בספליסוזום. ואת כל זה עשו מליוני מינים נפרדים, במוטציות מקריות, וכולם הגיעו לאותה תוצאה, וכך הם הצליחו לאבד את יכולת החיתוך ללא ספליסוזום. היוצא מזה הוא, שכל המבנים הסבוכים האלו, שדיוקם בכל שלב ובכל ריאקציה הם הכרחיים וקריטיים, כל אלו קיימים כבר מאז השמרים עד האדם. הbranch sites שעליהם מתלבש ופועל הספליסוזום, באלגוריתם מרכב שעדיין הוא poorly understood , למרות הידע הרב שכבר יש לנו עליו, ואשר כמעט כל שינוי מזערי בו הוא קריטי, ובכל אופן, מצליח מדי פעם איזה יצור אבולוציוני חדש, בפרץ של חזון ושאר רוח, לשנות משהו ב branch site, בעשרות אלפי מופעיו בגנום, שינוי אחיד וזהה. וזה אתה מאמין שנעשה על ידי מוטציות אקראיות. וזה ששאלה זו יורדת עד עמקי תהום ולא משאירה שמץ זכר פליט ושריד מהשערת האבולוציה, וזה שאף אחד בכלל אינו שואל אותה, זה בעייה של מי שממשיך להאמין באמונה תפלה זו. ובכל אופן, לא עלה על דעתו של שום אבולוציונר מעולם, לטעון ששינוי כזה, יכול להתרחש עשרות אלפי פעמים לאורך כל הגנום, שינוי זהה לחלוטין בעשרת אלפים מקומות מדוייקים (ב branch site של כל האינטרונים. זו אינה אבולוציה. האבולוציה היא שען עיוור, היא אינה חוזרת על עצמה (סיסמא ידועה, נכון?), ממין למין, היא אולי משנה כמה גנים ואולי ממציאה כמה גנים חדשים. אין בכוחה, אף לא לפי גדולי חשוכי מאמיניה, ליצור שינויים מעין הנ"ל. אגב, אתה עדיין סבור שכל הסיפור הזה של אינטרונים ואקסונים הוא "פגם"?

 

[Caligola]

יתכן ושתינו לא הבנו כהלכה את הנרשם

בספר Biochimestry כאשר נרשם שם המשפט הבא: "In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a variety of sequences are found" יש מכאן שני דרכים להבין את המשפט הזה - (1) בחלק ממיני היונקים יש branch site מסוים ובחלק אחר, ואצל השמרים בד"כ ה-branch site הוא UACUAAC, ולפעמים הוא אחר. (2) ה-branch site אצל שמרים לפעמים הוא UACUAAC, ואפילו ויתכן שה-branch site באותו שמר יהיה פעם UACUAAC ופעם אחר. ואצל יונקים ה-branch site בפעמים מסוימות הוא X, ובפעמים אחרות הוא Y, ויתכן שאפילו ובאותו יונק ה-branch site יהיה בחלק מהאינטרונים X ובחלק אחר Y. והרי שאם האופציה השניה (2) היא הנכונה, אז המשמעות היא שאם תחול מוטציה ב-branch site יתכן וה-spliceosome עדין יזהה את ה-branch site וישתמש בו כדי לבתק את נקודה 5' של האינטרון. עכשיו, ראה מה מצאתי באמצעות Google, וראה את ההסבר שם על ה-branch site -

In addition to the splicing junctions, there is one other sequence necessary for proper processing of the introns. This is the branch site. This site is located within the intron (generally 20-50 nucleotides upstream from the 3' splice site) and has the consensus sequence UAUAAC. In most cases, U can be replaced by C and A can be replaced by G. The penultimate (boldface) A residue, however, is invariant. This A residue is critical, since it will create a phosphodiester "branch" with the phosphate of the 5' splice site (Figure 12.8)​

[ההדגשה היא שלי] כלומר, ואם הבנתי נכון, אז גם אם תחול מוטציה ב-U (למשל) ותהפוך את U ל-C, זה אפשרי שה-spliceosome עדין יזהה את ה-branch site ויבתקו ולכן זה אפשרי שיהיו branch sites שונים קמעה אפילו באותו אורגניזם..

 

[פגוש בדב שכול]

עזוב בנתיים את הספליסוזום

"והרי שאם האופציה השניה (2) היא הנכונה, אז המשמעות היא שאם תחול מוטציה ב-branch site יתכן וה-spliceosome עדין יזהה " ------- עיקר הקושיה אינה מהיכרות הספליסוזום, אלא מהמוטציה ב branch site. מה פירוש ש"חלה מוטציה ב branch site? ש branch site אחד באינטרון אחד השתנה? לא. כשאומרים שאפילו ביונק אחד ה branch site שונה משאר היונקים, או שביונקים ה branch site שונה מהזוחלים - אין הכוונה ל branch site אחד באינטרון אחד. הכוונה היא לעשרות אלפי branch site לאורך כל הגנום של אותו יונק. כולם עברו אותה מוטציה. ולצורך העניין אפילו מוטציה של נוקלאוטיד אחד - לא תיתכן. אין בכוחה של האבולוציה לשנות את ה branch site של יצור פלוני מ UAUAAC ל CAUAAC, שינוי זהה באלפי או עשרות אלפי מקומות - אותו שינוי, במעבר אבולוציוני ממין למין או ממלכה לממלכה. ולצורך העניין לא משנה גם אם תאמר שבמין האב היו 5 סוגי branch site, ורק אחד מהם השתנה ולו רק בנוקלאוטיד אחד - גם אז אין הכוונה ל branch site אחד באינטרון אחד ולא בשניים. ממתי בכוחה של האבולוציה הדרויניסטית לבצע מין שינויים כאלו? להחליף אלפי branch sites , שינוי זהה, באלפי מקומות? זוהי האבולוציה הדרויניסטית? יש מכניזם של מוטציות מקריות שבכוחו להביא לשינוי כזה? ראית מישהו שבכלל שואל את השאלה הזו?

 

[Caligola]

ראה

כאן, אתה מתעלם בכוונה ממה שרשמתי ורושם מה שנוח לך?

 

[פגוש בדב שכול]

לא נורא

דוקא התיחסתי בדיוק למ שאמרת ומי שמתעלם עכשיו הוא אתה. אין דבר, גם זו לטובה וחלק מהעניין. עניני הוא להצביע על המשוכות הבלתי עבירות ע"י האבולוציה וגם להראות את ההתעלמות מהן ואת החלק השני אף אתה מדגים בין היתר.

 

[Caligola]

לא -

מאחר ועל פי המאמר כאן גם אם תחול מוטציה ב-branch site הוא עדיין יזוהה ברוב המקרים ע"י ה-spliceosome ויבותק -

In addition to the splicing junctions, there is one other sequence necessary for proper processing of the introns. This is the branch site. This site is located within the intron (generally 20-50 nucleotides upstream from the 3' splice site) and has the consensus sequence UAUAAC. In most cases, U can be replaced by C and A can be replaced by G. The penultimate (boldface) A residue, however, is invariant. This A residue is critical, since it will create a phosphodiester "branch" with the phosphate of the 5' splice site (Figure 12.8)​

והרי גם הספר Biochimestry לא מציין שה-branch site חייב ומוכרח להיות זהה בכל האינטרונים ומותאם ב-100% ל-spliceosome(זאת הנחה שלך), ואפילו בשמרים זה nearly always, כלומר כמעט ותמיד, אבל עדיין יש פעמים שה-branch site באינטרון השמרים שונה.

 

[פגוש בדב שכול]

דוקא כן

תראה, אפילו שאתה הוא אתה, עדיין קשה לי להאמין שבאמת לא הבנת את הקושיה. לא אכפת לי בשלב זה שכל ספליסוזום שבעולם יכיר את כל ה branch site שבעולם. הקושיה מההתאמה branch site <-> ספליסוזום, היא הקושיה הרגילה של מורכבות בלתי פריקה וכמוה יש עוד מליארדים, בלתי פריקים ובלתי עבירים. כאן היא אכן יותר קשה מהרגיל משום שמדובר בהתאמה one to many . אבל מצאנו לנו בכל עניין ה branch site מין הפרכה מיוחדת, חביבה במיוחד, ובמיוחד בהתעלמות ממנה. למה אתה מתכוון כשאתה אומר - "גם אם תחול מוטציה ב-branch site "? מוטציה ב-branch site אחד? באינטרון אחד? לא. כשאומרים שבמין פלוני חלה מוטציה ב-branch site, פירושו - אותה מוטציה בדיוק, באלפי branch sites באלפי אינטרונים לאורך הגנום. ועל זה אנו מדברים כאן ואת השאלה הפשוטה הזו אני שואל אותך כבר יומיים ואתה מסרב להראות שמץ של הבנת השאלה אפילו. זאת אבולוציה? לפי האבולוציה, מעבר ממין למין חדש פרושו שבכך וכך גנים חלו כמה מוטציות חדשות, אין קשר בין אחת לשנייה, המוטציות הן אקראיות, אחת לכך וכך, הצרוף החדש שנוצר בגן כלשהו מביא תועלת ולכן שורד יותר. אחת לכך וכך קופץ לו איזשהו גן באופן רנדומאלי ומתחיל להגות מוטציות עד שממציא דבר מה חדש וכו'. אבל כשאומרים שבמין פלוני חלה מוטציה ב branch site , אין הכוונה למוטצית נקודה כלשהי באינטרון מסויים בגן מסויים. הכוונה היא באלפי או עשרות אלפי branch sites באינטרונים שונים לאורך הגנום של אותו מין. מוטציה זהה שחזרה על עצמה בדיקנות גמורה עשרת אלפים פעם לאורך הגנום, במקומות המדוייקים על חודו של נוקלאוטיד. מאד אשמח אם תמשיך לתעלם מהקושיה.

 

[SilentMike]

אצטט לך את הקטע הרלוונטי:

מתוך הודעתו של קליגולה (ההדגשה שלי): (2) ה-branch site אצל שמרים לפעמים הוא UACUAAC, ואפילו ויתכן שה-branch site באותו שמר יהיה פעם UACUAAC ופעם אחר. ואצל יונקים ה-branch site בפעמים מסוימות הוא X, ובפעמים אחרות הוא Y, ויתכן שאפילו ובאותו יונק ה-branch site יהיה בחלק מהאינטרונים X ובחלק אחר Y. {סציטוט} האם אתה יכול להוכיח בצורה חד משמעית שכל האינטרונים באורגניזם יחיד הם זהים לחלוטין, ושאין אפשרות ששינוי באינטרון יתבצע בצורה נקודתית? כי זו האפשרות שקליגולה העלה ואתה מתעלם ממנה. עכשיו השאלה היא האם אתה יכול להוכיח שזה נכון.

 

[פגוש בדב שכול]

בבקשה

ומה נראה לך? שביונקים לכל אינטרון יש branch site שונה? אין לי צורך שכל עשרות אלפי ה branch site ישתנו שינוי זהה בין יונק ליונק או בין ממלכה לממלכה שיצאה ממנה. גם אם בממלכת האב היו 5 או 10 סוגי branch site ובממלכה החדשה השתנו כל ה 5 או 10 או רק אחד מהם, עדיין מדובר בשינוי זהה באלפי מקומות נפרדים ובדיוק ב branch sites שבאינטרונים. בחיפושי אחר השוואת branch sites, מצאתי את זה:

The branch site lies between 100 and 18 bases upstream of the 3’splice site and has the consensus:UACUAAC for yeast and CURAY for vertebrates​

Y מייצג פירימידין דהיינו או U או C R מייצג פורין דהיינו או A או G יוצא מזה שבשמרים הקונצנזוס של ה branch sites הוא תמיד UACUAAC ואילו בחוליתנים ישנה מעט יותר גמישות וישנם 4 סוגי branch site אז מה אתה אומר? איך מהשמרים עד החוליתנים השתנו אלפי branch sites שינוי זהה? והקושיה לדעתי כבר מספיק חמורה בשמרים עצמם. ראה, אילו היו קיימים branch sites בפרוקריוטים מראשיתם, היינו יכולים לומר שזה שבאוקריוטים ירודים כשמרים קיימים אלפי branch sites זהים, זה אולי לא קושיה. כי אם היה branch site באחד מראשוני הגנים בעולם, אולי כל הגנים הם שכפולים וקפיצות של אותו גן וממילא קפץ ושוכפל לו גם ה branch site. אבל מכיוון שבפרוקריוטים אין כלל לא אינטרונים ולא branch sites , מהיכן צצו להם אלפי או עשרות אלפי branch sites זהים לאורך כל הגנום של השמרים? זה בסדר שאני שואל את זה, או לא לשאול?