סליחה על ההפרעה

[פגוש בדב שכול]

סליחה על ההפרעה

הנה ידוע,שהפרנציפ המשותף לכל החיים עלי אדמות הוא דנ"א המשועתק ל רנ"א, אשר באמצעות ננו-רובוטים משכללים הקרויים ריבוזומים מתורגם לחלבונים. זה הפרנציפ המשותף הן לפרוקריוטים והן לאוקריוטים. אלא שבאוקריוטים נוספה מודלוריות, לאמור - השעתוק מדנ"א לרנ"א נעשה בגרעין והתרגום מרנ"א לדנ"א בציטופלסמה. וההפרדה הנ"ל מאפשרת רמה נוספת של עיבוד, עידון ובקרה. דהיינו, הרנ"א הגולמי שנוצר עובר עיבוד לוגי ורק אח"כ מתורגם. ואכן, רובם ככולם של גני האוקריוטים מורכבים מקטעים הנקראים אקסונים ואינטרונים. קומפלקסים ננו-רובוטיים משכללים הקרויים ספליסוזומים, המורכבים כל אחד מכמה וכמה שרשרות רנ"א בנות עד כ 300 בסיסים המרושתות ושזורות בכמה וכמה חלבונים - כל אלה מהווים ספליסוזום. ספליסוזומים אלו, הם המבצעים את מלאכת העיבוד, דהיינו שהם יודעים לחתוך את הרנ"א הגלמי בנקודות ספציפיות. קטעי הביניים הקרויים אינטרונים, נחתכים ומוצאים והקטעים הקרויים אקסונים מחוברים זה לזה וכך נוצר הרנ"א הסופי היוצא מן הגרעין ועובר תרגום לחלבון. אין צורך להזכיר כמובן, שכל רנ"א ספליסוזומי, גם הוא תוצר גן ספציפי, וכן כל חלבון ספליסוזומי. כמובן שכל ספליסוזום שכזה בפני עצמו הינו מורכבות בלתי פריקה אך כבר מצינו ששום מורכבות שעל פניה היא בלתי פריקה, אינה עומדת בפני פרץ חזון האבולוציה ומעיין תושיתה הנובע. והרי לנו דוגמא מרהיבה, לגודל שאר הרוח, ריחוק הראייה והחזון של הליך האבולוציה האקסיומטי. בינו נא זאת דוגלי אמונת אקראי ודעו את אמונתכם. הבינו את גודל הצעד. לא בתוספת שרידות ספציפית מדובר כאן, לא בגן משוכפל שרכש תכונה חדשה, לא בסחף גנטי ואף לא בקפיצות יש מאין. יש כאן שיטה חדשה, המאפשרת באופן כללי גיוון, בקרה, גן אחד->חלבונים רבים, כל זה הושג בזכות החידוש של אינטרונים ואקסונים. בזכות החידוש של אותם סיגנלים, אשר נשתלו בכל הגנים, במקומות ספציפיים. בזכות שתילתם של כל רצפי האינטרונים בכל הגנים, אשר בעצמם אינם מקודדים דבר אלא רק מפרידים בין קטעים פונקציונליים שונים באותו גן, בזכות יצירתם יש מאין של גני הרנ"א והחלבונים הספליסוזומים המבצעים את חיתוך האינטרונים וחיבור מחדש של האקסונים, בזכות כל אלו זכינו לא באיזושהי פונקציונליות ספציפית אלא בעידון בקרת הגנום כולו למען המשך תפארת ההליך האבולוציוני. אבל עלה בדעתי לשתף אתכם, חובבי האבולוציה, בדבר מה שקראתי, אך איני בטוח אם הבינותי. בספר Biochemistry מאת Berg, Tymoczko, Stryer בעמוד 799- The consensus sequence at the 5 splice in verbrates is AGGUAAGU. מה? in verbrates? ובמינים אחרים סיגנלים אחרים? וכן הוא אומר שם אח"כ, כאשר הוא מסביר את אחד מתת האלגוריתמים של החיתוך, המבוסס על הימצא בתוך האינטרונים רצף המכונה branch site - In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a veriety of sequences are found לא הבנתי. האם פרושו של דבר הוא, שבמעבר ממין למין, או ממחלקה למחלקה, מלבד הגנים החדשים שנוספים, גם משתנים כל רבבות הסיגנלים המפרידים בין אינטרונים לאקסונים, לאורך כל הגנום? ובמקביל משתנים בהתאמה גם כל הגנים של הרנ"א והחלבונים הספליסוזומיים? כך שיכירו ויחתכו מעתה את הסיגנלים החדשים דוקא?

 

[פגוש בדב שכול]

טל"ח

במקום "והתרגום מרנ"א לדנ"א בציטופלסמה" ------ צריך להיות: "והתרגום מרנ"א לחלבונים בציטופלסמה" כמובן.

 

[Caligola]

לעניין הסיפא של הודעתך.

======== תחילת ציטוט ======== In yeasts the branch site sequence is nearly always UACUAAC wheres in mamals a veriety of sequences are found לא הבנתי. האם פרושו של דבר הוא, שבמעבר ממין למין, או ממחלקה למחלקה, מלבד הגנים החדשים שנוספים, גם משתנים כל רבבות הסיגנלים המפרידים בין אינטרונים לאקסונים, לאורך כל הגנום? ובמקביל משתנים בהתאמה גם כל הגנים של הרנ"א והחלבונים הספליסוזומיים? כך שיכירו ויחתכו מעתה את הסיגנלים החדשים דוקא? ======== סוף ציטוט ======== ה-branch site לא קשור לסיגנלים שבין האינטרונים לאקסונים (קרי, לא קשור ל-donor site, ולא ל-acceptor site) זאת אומרת אם לצייר כאן באופן סכמתי את מיקומו של ה-branch site, אז זה יראה למעשה כך:

|===============================| | donor site + branch site + acceptor site | = intron |===============================|​

כאשר למעשה החיתוך מתחיל משמאל, ובשלב ראשון האינטרון מזוהה על פי ה-donor site ומנותק בצידו הראשון, ובשלב שני סופו של האינטרון מזוהה ומנותק לפי ה-acceptor site. כך שה-branch site הוא למעשה חלק לא רלבנטי בפרוצדורת ניתוק האינטרון. ועכשיו, אם להתיחס לרישא של ההודעה שלך, אז השאלה היא למה יש בכלל אינטרונים באוקריוטים? מה הם בכלל נותנים? במבט ראשון, למרות שאני לא חורץ דעה, אבל הרושם הראשוני שלי הוא שקיומם של אינטרונים מהווה תכנון גרוע של אוקריוטים, בשביל מה האינטרונים נחוצים אם הם ממילא מוסרים על ידי הספליסוזומים? האם יש קשר בין אינטרונים ל-Junk DNA? או שכל קשר בין שני המושגים האלה הוא מקרי? ולעניין התפתחות של אינטרונים, חיפוש קצר ב-Google נתן לי מספר תוצאות יפות.

 

[שפם המקובלים]

אם יורשה לי להביא קישור להודעה שלי

ויורשה לי, הנה הודעה בנושא מנגנון תיקון DNA בארבידופסיס, שאני טענתי שזהו בעצם מנגנון להפטרות מ-Junk DNA. עכשיו, למה רק לארבידופסיס מנגנון מופלא כזה? לדעתי זה בגלל תפקידה החיוני של חוסר היעילות בתהליך האבולוציה. אורגניזם שאין אצלו כל בזבוז יהיה מוצלח מאד לטווח הקצר, אבל בגלל שאין לו גם שום דבר מיותר גם לא יהיה אצלו חומר לשינוי- ולכן כאשר יבוא שינוי סביבתי הוא יהיה פגיע יותר להכחדה. יחי הכפילויות והבזבוזים.

 

[פגוש בדב שכול]

לעניין הודעתך בכלל

מר קליגולה, מניין אתה שואב את הנחרצות הזאת, בזרקך כאן "עובדות" מעולם הלימבו, שכל קשר בינן למציאות אינו קיים? "ה-branch site לא קשור לסיגנלים שבין האינטרונים לאקסונים ... כך שה-branch site הוא למעשה חלק לא רלבנטי בפרוצדורת ניתוק האינטרון" הבט נא באיור המצורף, ולהלן הסבר: הבט נא ב precursor משמאל. זהו הרנ"א, כפי שועתק מקטע דנ"א, לפני העיבוד. הקטעים הכחול וירוק, הם האקסונים. כל הרצף שביניהם הוא האינטרון. הקטע הצהוב, אשר בד"כ ממוקם בבסיסים 20-50 מקצה האינטרון, הוא ה branch site. הקטע הורוד הוא מסמן קצה אחד של האינטרון. אלגוריתם ה splicing (חיתוך) - קבוצת אדנין ב branc site תוקפת את הקשר הפוספודיאסטרי שבין האקסון (הכחול) לאינטרון. בריאקצית טרנסאסטרפיקציה מיוחדת במינה, מתקשר אותו אדנין לגואני בקצה האינטרון. כעת האקסון הכחול משוחרר ותוקף את קצה האקסון הירוק. בריאקצית טרנסאסטריפיקציה נוספת מחוברים האקסונים הכחול וירוק והאינטרון משתחרר. זהו תאור כללי ופשטני של המנגנון, ללא תאור תפקידו של הספליסוזום - תאגיד של עשרות קומפלקסים נוקלאופרוטאינים ספציפים, הנקשרים זה לזה בסדר מבוקר ויוצרים את הננו-רובוט המאפשר את הריאקציות הנ"ל בסדר ובמיקום, צעד אחר צעד עד השלמת החיתוך. וכאן כל הנושא בהרחבה. האם נראה לך שכל המנגנון הנ"ל הוא פגם מיותר? ובאשר לתפקיד האינטרונים והאקסונים, ומה ראו אבותנו ראשוני האוקריוטים, בתוך זמן אפס, לפתח פגם משכלל כלכך, להפיץ את סימני החיתוך ואתרי הגישור לאורך כל הגנום, להמציא יש מאין עשרות רצפי רנ"א ספלייסוזומי וגני חלבונים ספליסוזומיים, יעויין בלינק הנ"ל והנה קטע אחד: "Alternative splicing is a widespread mechanism for generating protein diversity. The differential inclusion of exons into a mature RNA, alternative splicing may be regulated to produce distinct forms of a protein for specific tissues or developmental stages (Figure 28.33). A sample of the growing list of proteins known to result from alternative splicing is presented in Table 28.4, and recent estimates suggest that the RNA products of 30% of human genes are alternatively spliced. Alternative splicing provides a powerful mechanism for expanding the versatility of genomic sequences. " "חיפוש קצר ב-Google נתן לי מספר תוצאות יפות. " ------ ניכר שלא הבנת את הפואנטה בה רציתי לשתף את הקוראים. מי שיעיין באותו פרק, או בנושא בכלל, יראה שהאלגוריתם הכללי של אינטרונים, אקסונים וחיתוכם, משותף לכל האוקריוטיים. אבל יש הבדלים בין מין למין, או בין ממלכה לממלכה, באופני המימוש של האלגוריתמים, בטיב הספליסוזומים המשתתפים ובטיב הרצפים המפרידים בין אקסון לאינטרון. בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY.

 

[פגוש בדב שכול]

Splisosome Assembly

מה שרואים באיור המצורף, הוא כיצד לפי סדר מוגדר, מתחברים להם רכיבי הספליסוזום לגן מסויים, על מנת ליצור את הספליסוזום המבצע את אלגוריתם ה Splicing. כל אחד מ U1-U6, הוא קומפלקס מיוחד של שרשרת רנ"א וחלבונים.

 

[פגוש בדב שכול]

Splicing catalitic center

וכאן ניתן לראות את פרנציפ שיתוף הפעולה בין הרכיבים השונים של הספליסוזום והגן המעובד.

 

[פגוש בדב שכול]

Alternative Splicing Patterns

A pre-mRNA with multiple exons is sometimes spliced in different ways. Here, with two alternative exons (exons 2A and 2B) present, the mRNA can be produced with neither, either, or both exons included. More complex alternative splicing patterns also are possible.

 

[משתמש בצלילים]

תסביר לי רק דבר אחד ../images/Emo92.gif

אתה כל הזמן מנסה להראות לנו כמה הטבע מורכב ואיך לא יתכן שדבר כל כך מורכב ומדהים נוצר מעצמו, אבל תשובה לשאלה אחת עדיין לא קיבלתי ממך עד היום, נגיד שאתה צודק, אלוהים שאתה מאמין בו, הוא הריי מורכב ומדהים פי אינסוף יותר מכל השטויות הביולוגיות האלו, איך זה מסתדר לך עם ההגיון? האם האלוהים המדהים הזה נוצר סתם ככה מעצמו? סתם ככה פתאום הוא הופיע בלי שום תכנון ובלי שום בורא? תסביר לי איך זה כן מסתדר לך עם ההגיון? ובבקשה רק בלי את הבולשיט על כך שאלוהים הוא רוחני ולכן הוא כן יכול להיווצר באופן ספונטאני או תמיד להיות קיים.... זה תירוץ שממש לא משכנע אף אחד. ממתין לתשובה.

 

[פגוש בדב שכול]

כאן זה פורום לאבולוציה

ולא דנים כאן בעולם האמיתי, בחיים אשר מעבר למסך האבולוציה. ואולם בעבר, בפורום אחר, שאלתני אותה שאלה. היה זה כאשר הצגתי כמה מפלאי חוש הריח וכאשר עמדתי על ההכרח להיות חסר חושים כלשהם כדי להאמין שמערכת הריח נוצרה באבולוציה. אם אתה יודע לשאול, ראה נא לעיין בתשובות שנותנים לך. ושים לב שם במורד השרשור, שמבלי להתיחס לדבר מתשובתי שטרחתי לענות לך, חזרת ללהג את אותה שאלה חסרת צלם, ושוב עניתי, ונעלמת. פעם שלישית גלידה אצלי לא תקבל.

 

[שפם המקובלים]

יש לך טעות בסיסית מאד עם חוש הריח.

ההנחה שלך היא שבשלב כלשהו באבולוציה היה יצור רב תאי ומורכב בלי קולטנים כימיים, והיא כמובן מוטעית. לא אטרח להסביר לך את טעותך, מפני שכל מי שגמר בית ספר תיכון צריך להיות מסוגל למצוא אותה.

 

[פגוש בדב שכול]

יש לך הרבה טעויות בסיסיות

וניכר שלא הבנת מילה מטיעוני. אפילו לא טיעונים שהייתי מצפה מילד אוטיסט בגן חובה שיבין, ולכן לא אטרח להסביר. וממילא, שלא כמוך, אני את טיעוני הסברתי ומי שירצה יקרא היטב בשרשור המוצבע לעיל.

 

[פגוש בדב שכול]

וליתר דיוק

עניין חוש הריח, והקושיות העולות ממנו לגבי האבולוציה, מתחיל שם באותו שרשור קצת למעלה מן הלינק לעיל. מי שסיים תיכון או בפוטנציאל לעשות זאת מוזמן לקרא ולחשוב.

 

[Caligola]

ואם כבר חזרנו לדיון על ההתפתחות

האבולוציונית של מערכת חוש הריח, אז אני אנצל את ההזדמנות ואציע לצופי הפורום ולכל מי שבאמת ובתמים מעונין לדעת כיצד התפתחה מערכת חוש הריח לקרוא את המאמר של Carl Zimmer(המאמר בפורמט PDF, ודורש שתוכנת Acrobat Reader תהיה מותקנת) ועוסק בהתפתחות האבולוציונית של מערכת חוש הריח. ההודעה של 'פגוש בדב שכול' מציגה את פני הדברים באופן מעט מוטעה, ומשמיטה עובדה אשר אי-הצגתה של זאת מתעתעת בקורא ההדיוט ומוליכה אותו שולל, הצגתה של העובדה הבאה שופכת אור על ההתפתחות האבולוציונית של מערכת חוש הריח. והעובדה היא שנתגלה שאצל הגיבון ואצל האורנג-אוטנג כ-40% מהגנים של מערכת חוש הריח הם פסאודו-גנים. אצל גורילות ושימפנזים כ-50% מהגנים הם פסאודו-גנים כלומר גנים מקולקלים. ואצל בני אדם רק כ-320 מ-900 הגנים הם גנים מתפקדים. ובאשר להתפתחות האבולוציונית של מערכת חוש הריח, הכל מתואר בפרטי פרטים במאמר של Carl Zimmer.

 

[פגוש בדב שכול]

בנתיים

מר קליגולה הערפד, בשרשור זה למעלה בעניין ה branch site, ראינו מי מסלף עובדות ומי ממציא ומי מעוות ומי מדבר על מה שאין לו מושג. צר לי מאד, שגם אתה וגם שפם הצפרדעים חברך, מלבד שהנכם רפי מח, שעל זאת אין להאשימכם, הנכם מתגלים גם כמכוערים. ובמקום לנסות להבין את הקושיות ולהתמודד איתן, בוחרים להאשים אותי, או באי הבנה של תלמיד תיכון, או בהשמטת עובדות באופן מטעה. אבל זה לא פלא. זה דבר אחד להיות פתי ולהאמין להבלי האבולוציה חסרת השחר, וזה דבר אחר להיות מנושאי דגלה ומשכנעי אחרים בצדקתה. ולי אישית אין ספק, אם לא שטומאה עמוקה היתה מושרשת בנשמתך, לא היית מגיע לזה.

 

[Caligola]

בנתיים, בדיון זה לא העלאת טענות

ספציפיות ולכן לא ראיתי צורך לספק תשובות פרטניות, וכמו שרשמת בעצמך בהודעה הפותחת -- "אבל עלה בדעתי לשתף אתכם, חובבי האבולוציה, בדבר מה שקראתי, אך איני בטוח אם הבינותי." -- ואם באת לפורום על מנת לשתף בחומר לימודי אז בכל מצב לא מדובר בקושיות. אני לא שמרתי בסתר בימים עברו ובדיונים קודמים ביננו את העובדה שאני חסר השכלה פורמלית בביוכימיה, וכל הידע שלי בנושא הוא ברמה לא מעמיקה. ולעניין ה-branch site הטעות היא לא שלי, כי אם של .המאמר שהופיע על השרת של Northeastern University, ואתה יותר ממוזמן לעיין באותו .המאמר ולראות בעצמך כיצד מוסבר בריבוע מס' 17 מבנה האינטרון, והמשך לעיין בריבוע מס' 18 וראה כיצד מוסבר שם תהליך ניתוק האינטרון. כל התיאור של חלקו של ה-Branch Site בניתוק האינטרון המופיע בספר Biochemistry לא הופיע ולו ברמיזה במאמר שהופיע על השרת של Northeastern University.

 

[פגוש בדב שכול]

זה לא משנה

על סמך אותו ריבוע 17 ואותו מאמר, לא היה לך לומר בנחרצות מה שאמרת. אבל זה לא משנה. זכותך לטעות ולא עשיתי מזה עניין. זכותי גם כן לומר ב"ברצוני לשתף", ויחד עם זה להקשות קושיות היורדות מכאן ועד עמקי הפרכת שמץ של אבולוציה. לא ראית? וזכותי גם לטעות. וזכותך לעמוד על טעותי אם תמצא כזו. וזכותך אפילו להפנות למאמר אחר על חוש הריח, ולמרות שאין שם תשובה על אחת מקושיותי. ואכן, אם היית מנסה להבין מה אני טוען, בעניין חוש הריח, היית מבין שאותו מאמר אינו עונה על כלום. מה שלא זכותך, זה לומר שאני מביא מידע חלקי כדי להטעות, לתעתע ולהוליך שולל. אבל אני יודע מה גורם לך לכך.

 

[Caligola]

אם אתה סבור שהמאמר שהפנתי אליו

שנכתב ע"י Carl Zimmer לא עונה על כלום, הרי זה התעלמות מהמציאות. הוא עונה תשובה הולמת לשאלה "כיצד התפתחה מערכת חוש הריח?" והרי איזה עוד הסבר יש ל-580 גנים ריחנים(מתוך 900) מקולקלים בגנום של האדם? ולא רק אצל האדם ואצל שאר פריימטים וגם אצל דולפינים ויתר בע"ח אחרים? ומכל מקום כוונתי לא הייתה לומר שיש לך שאיפה להוליך שולל ולהטעות, אלא רק ציינתי שהודעתך העוסקת בהתפתחות האבולוציונית של מערכת חוש הריח אשר לא כוללת בתוכה איזכור של כמות הגנים המקולקלים היא מטעה ומתעתעת בקורא מאחר והיא נוטעת בו רושם כאילו מדובר במערכת מופתית ואידיאלית בזמן שהיא רחוקה משלמות כמרחק מזרח ממערב.

 

[פגוש בדב שכול]

ואני אומר

שאותו מאמר לא עונה על שמץ מהשאלות המיוחדות העולות ממנגנון הריח. אתה אוהב ללמוד? קח ולמד. אצלנו אומרים - "דע מה שתשיב לאפיקורס". היה מן הראוי גם לכם, מאמיני האבולוציה, שתנסו להתמודד עם שאלות האפיקורסים, הכופרים באבולוציה, כהוויתן. אם תטמנו ראשכם בחול ולא תטרחו להבין, תמשיכו לעד לחלל את שם האבולוציה, כפי שאתם עושים כאן בדף זה, מקהלת אילמים חרשים.

 

[Caligola]

ואני אומר

שמערכת חוש הריח התפתחה באופן הבא: (1) אנו מתחילים באב קדמון חוליתן משותף שחי לפני כ-500 מיליון שנה. (2) לפני כ-500 מיליון שנה אצל אב קדמון משותף שהיה נטול שום יכולת הרחה, חלה מוטציה ראשונית אצל גן אחד או מספר גנים והיא יצרה את איבר חוש הריח הראשון ומינימלי אשר ידע לזהות מספר מולקולות ריחניות. כעת, המעבר מאותו איבר 'מינימלי' ולא משוכלל, התבצע לפי שני סוגים של מוטציות: (3) שיכפול מתוך טעות של כל הגן לאזור אחר של הגנום. (4) מוטציה שקרתה בגן המשוכפל יותר מאוחר. ואפילו יש לי תימוכין לכך מאחר ונתגלה לנו שאצל הגיבון ואצל האורנג-אוטנג כ-40% מהגנים של מערכת חוש הריח הם פסאודו-גנים. אצל גורילות ושימפנזים כ-50% מהגנים הם פסאודו-גנים כלומר גנים מקולקלים. ואצל בני אדם רק כ-320 מ-900 הגנים הם גנים מתפקדים. 'אצלנו אומרים - "דע מה שתשיב לאפיקורס". היה מן הראוי גם לכם, מאמיני האבולוציה, שתנסו להתמודד עם שאלות האפיקורסים, הכופרים באבולוציה, כהוויתן.' אני מעדיף לסגל לעצמי את הניסוח הבא -- "דע מה שתשיב לחבר המיסיון הדתי" -- ובינתיים התמודדתי עם כל שאלה שהעלת. =====================================================================