פלאי ה branch sites - נתונים

[פגוש בדב שכול]

פלאי ה branch sites - נתונים

הוספתי את ההודעה הזו בסוף השרשור המקורי. אך מכיוון שהשרשור כבר בדף השני, וכן נדחק הוא לצד שמאל והכתוב נצטמצם לעמודה קצרה, הרי היא שוב כאן לעיונכם. לדעתי גם הנתונים שהבאו עד כה בהשתנות ה branch sites ממלכה לממלכה, היה בהם מספיק כדי לפקוח עיניים. אך נתבקשתי על ידי קליגולה להביא נתונים על השתנות ממין למין: "עכשיו, השאלה היא האם אתה יכול להוכיח את טענותיך עד כה? האם אתה יכול להוכיח שביונק מסויים ולמשל אצל דוב הפנדה רצף ה-branch site הוא CUGAC למשל, ומנגד אצל האורנגאוטנג הרצף הוא CUAAC?" ---------- טרם מצאתי נתונים ממוקדים לגבי יונקים. אך מצאתי לגבי שמרים. עיין בטבלא המצורפת הלקוחה מכאן. ולהלן הסבר: בטבלא נעשית השוואה בין סוגי שמרים, דהיינו מינים שונים, קרובי משפחה, שודאי רוב גניהם הומולוגיים וע"פ השערת האבולוציה מוצאם כולם מאב משותף לא רחוק בעץ האבולוציוני. כל עמודה מתיחסת למין נפרד אשר שמו מופיע מעל העמודה. עיקר המעניין אותנו כרגע הוא השליש האמצעי בחלוקה לגובה, שבו ישנה השוואת ה branch sites הטבלא היא טבלא סטטיסטית. מכיוון שלא עמדו אותם חוקרים לבדוק את כל עשרות אלפי הגנים של כל אחד מהמינים אלא מדגם סטטיסטי בלבד אשר אמור לשקף סטטיסטית את המצב לאורך כל הגנום. כל שורה, מייצגת צרוף שונה של branch site. n המופיע בתחתית כל עמודה הוא מספר ה branch sites שנבדקו מאותו מין. ומה ניתן לראות כאן? למשל, במין S.cereviciae שנבדקו בו 260 branch sites , כ 198 מתוכם הם מטיפוס GTATGT, דהיינו כ 76%. ואילו במין Y.lipolitica שנבדקו בו 16 branch sites , רק אחד הוא GTATGT דהיינו 6.2% . ומאידך, הטיפוס GTGAGT המופיע ב 75% מהמדגמים של Y.lipolitica, לא נמצא כלל ב S.cereviciae . וכיוצא בזה ניתן להשוות מינים נוספים בטבלה. ואיפה כאן ה catch? בד"כ כשאומרים שאתר מסויים באיזשהו גן השתנה מוטציונית מ GTATGT ל GTGAGT , או ששניהם מאב משותף שהתפצל, זה סביר - שתי החלפות נוקלאוטידים בס"ה. אבל כשמדברים לא על אתר ספציפי בגן ספציפי, וכשמקבלים את תוצאות הטבלה הנ"ל, כמשקפת יחסית את ההשתנות הכללית בין המינים, אזי מדובר על כך של S.cereviciae ול Y.lipolitica היה אב משותף, אשר בהתפצלות ממנו, לפחות אחד מן המינים, שינה אלפי branch sites שינוי זהה. וזוהי גם מסקנת החוקרים שם המובאת לאחר הצגת הטבלה, אם כי השאלה על יתכנות כזו אבולוציה כלל לא עלתה שם. וכן הם אומרים: "The extended GTATGT motif found in S.cerevisiae appeared to be more or less flexible depending on the yeast species:" דהינו, מדובר על השתנות ב branch site , כהשתנות ממין למין. לא מגן ספציפי לגן ספציפי אלא בכללות המין - מה שאומר אלפי שינויים זהים, במעבר ממין למין, במקומות נפרדים. ועל שינוי שכזה מעולם לא דיברה האבולוציה וגם לא שום אבולוציה מתכנסת.

 

[פגוש בדב שכול]

סליחה, טעות!

עשיתי קצת בלגן וערבבתי בין חלקי הטבלא. וכך צ"ל: למשל, במין S.cereviciae שנבדקו בו 260 branch sites , כ 226 מתוכם הם מטיפוס TACTAAC, דהיינו כ 87%. ואילו במין Y.lipolitica שנבדקו בו 18 branch sites , רק 8 מהם הם TACTAAC דהיינו 44% . ומאידך, הטיפוס AACTAAC המופיע ב 22% מהמדגמים של Y.lipolitica, נמצא רק ב2% ב S.cereviciae אמנם טיפה פחות מרשים מהנתונים השגויים שהשוותי בהתחלה, אך עקרונית זה אותו דבר. שינויים של עשרות אחוזים בין מין למין הינם שינויים של אלפי branch sites ממין למין.

 

[פגוש בדב שכול]

וכן במסקנת החוקרים

הקטע הרלווטי שם הוא: "Branch site. Branch motifs appeared to be more strictly conserved. Between 82.9 and 94.7% of the introns contained TACTAAC as branch motif in S.cerevisiae, S.servazzii, S.kluyveri, K.marxianus and C.tropicalis. This percentage decreased to between 53.3 and 41.4% in the three other yeast species, which are more distantly related to S.cerevisiae. Although TACTAAC was the most frequent branch motif, 2 tests show that D.hansenii, P.angusta and Y.lipolytica statistically (P = 0.001) have a different branch motif distribution than the other yeast species with alternative branch motifs more frequently used. These results parallel the change in the preferred 5' motif. Two novel branch motifs were also detected: ATCTAAT in D.hansenii and P.angusta, and TTCTAAC in C.tropicalis and Y.lipolytica. Other putative motifs were also found, but require as above additional confirmation. ובעיקר מתוכו : Y.lipolytica statistically (P = 0.001) have a different branch motif distribution than the other yeast species with alternative branch motifs more frequently used. כאשר more frequently הוא עשרות אחוזים = אלפי branc sites.

 

[פגוש בדב שכול]

ואגב

הטעות שעשיתי היא בלקחי את הנתונים המובאים שם לגבי הצד 5' של ה splice site וייחסתים לגבי ה branch site . אבל למעשה, לעניננו הם נתונים טובים לא פחות. למדנו אם כן, לא רק ה branch sites השתנו ממין למין, שינויים החוזרים על עצמם אלפי פעמים במדויק במקומות נפרדים, אף בצד ה 5' של ה splice site , התרחשו אותם פלאים, ובמקביל לפלאי ה branch sites , וידוי ש ה branch site וצד ה 5' של ה splice site עובדים בתיאום מוחלט באלגוריתם ה splicing. והאחוזים הם כפי שחישבתי ובזה מרשימים ה splice sites אף יותר מה branch sites ושלא לדבר על התאום ביניהם. וכן עולה שם גם מהשוואת צד ה 3' של הספליסינג. ===================================================== (*) מכיוון שדנ"א הוא שרשרת שבה מפרידה יחידת גלוקוז בין חוליה לחוליה, ובגחוקוז יש שני פחמנים הממוספרים 3' ו 5', נוהגים בד"כ לציין שני צדדים של שרשרת דנ"א כצד 3' וצד 5'.

 

[פגוש בדב שכול]

טל"ח: וידוי = וידוע

 

[Caligola]

סליחה, אבל היכן בדיוק אתה רואה כאן

...בעיה אבולוציונית? עולה מקריאת המאמר שהחוקרים לא ב-Abstract ולא ב-Results ולא ב-Discussion רואים ואפילו ברמיזה את קיומם של branch/splice site מעט שונים כבעיה אבולוציונית. האם אתה חושב שקיומם של branch/splice sites שונים במעט מהווה הפרכה לתאורית האבולוציה? בינתיים אפשר לסכם את זה כך: (1) עולה מהמחקר שה-branch site, וכמו גם ה-5' site וה-3' site לא חייבים להיות מותאמים ב-100% לרצף הנמצא ב-spliceosome, וכי נמצא שבשמרים ואפילו באותו השמר קיימים מספר branch site שונים, וגם ה-5' site וה-3' site לא חייבים להיות מותאמים ב-100% ל-spliceosome. וזה נמצא בניגוד למה שטענת בהתחלה באשכול הקודם, ("בגדול אפשר לומר כך - באבות היונקים, למשל, הרצף המפריד היה X. הספליסוזום המזהה רצף זה ופועל עליו היה SX. הוקוס-פוקוס-אבולוציה והנה הגענו ליונקים שבהם הרצף הוא Y והספליסוזום הוא SY . מה שאומר שרצף X הוחלף ברצף Y עשרות אלפי פעמים לאורך הגנום, וכל זה במכה אחת עם החלפת הגנים היוצרים את SX בכאלו היוצרים את SY.") אך איחס לך לכך שגגה. (2) נמצאים רצפים במעט שונים בין מיני שמרים שונים (3) המדגמים הסטטיסטים של רצפי ה-branch site וה-splice sites הם מדגמים קטנים מדיי (ולמשל ב-C. tropicalis נבדקו רק כשבעה splice sites), ולכן אני מוצא שהתוצאה יכולה להיות רנדומלית ולא מדויקת. (4) נבנה עץ אבולוציוני לפי תוצאות בדיקת האינטרונים (ואפרופו עץ אבולוציוני, היה מעניין לראות האם בדיקה ביולוגית אחרת ונפרדת של אותם השמרים הייתה מניבה את אותו העץ) (5) ב-Abstract החוקרים אומרים -

Taken together, our results indicate that the origin of spliceosomal introns is complex within a given genome, and that present day introns may have resulted from a dynamic flux between intron conservation, intron loss and intron gain during the evolution of hemiascomycetous yeasts.​

(6) ההסבר בעקבות המובאה ב-(5) לשוני ב-branch sites וב-splice sites הוא כתוצאה מכך שכל אחד ממיני השמרים עבר מסלול אבולוציוני שונה, ושבמהלך אותו מסלול - חלק מה-branch/splice sites נאבדו, חלק נוצרו, וחלק השתנו. (7) היכן בדיוק אתה רואה כאן בעיה אבולוציונית?

 

[יונתני הקטני]

בעייה אבולוציונית

"...בעיה אבולוציונית?" --------- כן וחמורה עד מאוד ואמרתי לך שזה רק קצה הקרחון. וביכלתי רק להציג את הנתונים, שמראייתם כפי שהם, עולה בעייה להשערת האבולוציה הדרויניסטית. אם אינך רואה בזה בעיה לא אוכל להושיע. "לא ב-Abstract ולא ב-Results ולא ב-Discussion רואים ואפילו ברמיזה את קיומם של branch/splice site מעט שונים כבעיה אבולוציונית" -------- בזה אתה צודק לחלוטין. החוקרים לא ציינו שהם רואים בזה בעייה. הם אף לא העלו את השאלה. " (1)עולה מהמחקר שה-branch site, וכמו גם ה-5' site וה-3' site לא חייבים להיות מותאמים ב-100% לרצף הנמצא ב-spliceosome" ---------- לא זכור לי. נדמה לי שהבאת איזה מאמר שהתייחס למידת מה של גמישות בהתאמת branch site לספליסוזום. מה נאמר שם לגבי התאמת 5' splice site לספליסוזום ול branch site? אבל עזוב בנתיים את עניין ההתאמה ב 100% ועניין הבלתי פריקות שבכאן. אולי עוד נגיע לזה. הרי הבנו כבר שהבעיה היותר חמורה אינה קשורה כלל לספליסוזום, אלא להופעה, במעבר ממין למין, של אלפי רצפים זהים, במקומות שונים, במוטציות מקריות. וסטטיסטית, הטבלא מראה, שזה קורה ממש בין כל מין למין אחר, לפחות בכל המיני שמרים שנבדקו שם, כל מין, מצא לו איזה טיפוס splice site , אחד או שניים, וחידש לעצמו אלפי מופעים של אותו splice site . וכאן הבעייה לאבולוציה, האמונה שממין למין, במוטציות מקריות, יתכן חידוש שכזה, שאלפי splice sites יתואמו לשינוי זהה. ויותר מהאמונה, חמורה אי השאלה. "אך איחס לך לכך שגגה" -------- אתה פטור מליחס לכך שגגה. א', אם תראה שם מההודעה הראשונה, לא טענתי אלא שאם הנתונים הם כך וכך אזי יש כאן בעיה. חכה, אולי עוד נגיע גם לספליסוזומים ונראה אם היתה שם שגגה. לחילופין, יחס לי שגגה כרצונך והתרכז בבעיה הנובעת מהטבלה. " (3) המדגמים הסטטיסטים של רצפי ה-branch site וה-splice sites הם מדגמים קטנים מדיי (ולמשל ב-C. tropicalis נבדקו רק כשבעה splice sites), ולכן אני מוצא שהתוצאה יכולה להיות רנדומלית ולא מדויקת." -------- והחוקרים שם לא סברו כמוך וכן הסיקו מסקנות כלליות לגבי השתנות המינים והתוצאות שלגבי ה splice sites הם בכלל קיצוניות ומראות בהכרח על הכיוון, ממש מכל מין לכל מין אחר, הפלא חוזר. לכל מין ישנו איזשהו רצף של splice site שהתחדש בו אלפי פעמים על פני אחיו שאר המינים. "(6) ההסבר בעקבות המובאה ב-(5) לשוני ב-branch sites וב-splice sites הוא כתוצאה מכך שכל אחד ממיני השמרים עבר מסלול אבולוציוני שונה, ושבמהלך אותו מסלול - חלק מה-branch/splice sites נאבדו, חלק נוצרו, וחלק השתנו." ----------- נכון מאד. רק חלק. חלק יצרו להם אלפי X וחלק יצרו להם אלפי Y ובחלק הכחדו אלפי X ובחלק הכחדו אלפי Y. ידידי, זהו עידן חדש לאבולוציה. אם עד היום שמענו על אבולוציה סקלארית מעתה יש לנו אבולוציה וקטורית. מכל מין למין, משתנים בהתאמה אלפי רצפי X מבודדים לאלפי רצפי Y. כך הוא לגבי ה branch sites וכך הוא לגבי ה splice sites ואמרתי - זהו רק קצה הקרחון. "(7) היכן בדיוק אתה רואה כאן בעיה אבולוציונית? " אמרתי, לאחר הצגת הנתונים ונסיון בחינת התמונה העולה מהם, אני רואה בעיה אבולוציונית. אם אתה אינך רואה לזה לא אוכל להושיע. אבל גם אם אינך רואה בעייה, לדעתי למדת דבר חדש על עוצמתה של האבולוציה, שלא ידעת עליו עד היום. ידעת על מוטציות מקריות, ידעת שממין למין משתנים כמה גנים, אולי נוספים כמה גנים שקפצו להם והשתנו, אבל הפיכה מתואמת הדדית של אלפי מופעי אותו פקטור במקומות בדידים ובלתי תלויים, שהפכו את עורם במתואם מרצף X לרצף Y, וכך אולי לכל פקטור ופקטור (בנתיים ראינו זאת רק ב branch sites ו splice sites ומי יודע בכמה עוד), וכך בין כל מין למין, לפחות באלו שנבדקו. לא ראית כאן בעיה לאבולוציה מטרם שהבנת את השאלה וגם לאחר שהבנת אינך רואה בעייה, כאשר עברת באופן רציף על המשוכה וללא נדנוד אפעף.

 

[פגוש בדב שכול]

אהממ...

יונתני הגיע לכאן בטעות. הוא שלוח שלי במקום אחר. אני מסכים לכל מילה מדבריו ונא להתיחס להם כאילו יצאו מפי.

 

[SilentMike]

והנה הטעות.

" חלק יצרו להם אלפי X וחלק יצרו להם אלפי Y ובחלק הכחדו אלפי X ובחלק הכחדו אלפי Y. ידידי, זהו עידן חדש לאבולוציה. אם עד היום שמענו על אבולוציה סקלארית מעתה יש לנו אבולוציה וקטורית. מכל מין למין, משתנים בהתאמה אלפי רצפי X מבודדים לאלפי רצפי Y. כך הוא לגבי ה branch sites וכך הוא לגבי ה splice sites ואמרתי - זהו רק קצה הקרחון." זהו למעשה הטיעון העיקרי, אלא שהוא חסר כל תוקף. ומדוע הוא חסר כל תוקף? הטיעון חסר טוקף משום שטרם הדגמת, כפי שביקשתי ממך כבר בת'רד הקודם, שהאינטרונים מצויים כולם בדיוק באותם מקומות (הרגש חופשי להשיב כאן). אני אסביר. אין שום מניעה שלמין מסויים יהיו אינטרונים מסוג X,Y,Z, בריכוזים מסויימים, ולמין שני יהיו מסוג X,Y,W בריכוזים אחרים. דבר זה רומז שלאב הקדמון המשותף היו אינטרונים מסוג X ו-Y. אין שום דבר "מיוחד" בטיפוסי האינטרונים, ואין מניעה שהם יהיו שונים ממין למין בגלל סחף טבעי. אינטרונים מופיעים, נעלמים, משכפלים את עצמם (זה מה שדנ"א עושה זוכר?). אלא אם כן תוכיח (לא תטען, תוכיח. יש הבדל) שיש איזה סדר מיוחד בכל העניין הזה שלא ניתן להסברה ע"י הברירה הטבעית, הטיעון שלך לא שווה כלום.

 

[SilentMike]

טל"ח טוקף=תוקף

וגם נשמט הלינק.

 

[פגוש בדב שכול]

עוד טעות כזו

ואבדת. "זהו למעשה הטיעון העיקרי" -------- נכון. אנו מתקדמים. "אלא שהוא חסר כל תוקף" --------- את זה נראה. " ומדוע הוא חסר כל תוקף? הטיעון חסר טוקף משום שטרם הדגמת, כפי שביקשתי ממך כבר בת'רד הקודם, שהאינטרונים מצויים כולם בדיוק באותם מקומות (הרגש חופשי להשיב כאן). " ----------- אני מרגיש חופשי להשיב, הרגש חופשי להקשיב. אין צורך להוכיח שהאינטרונים שנדגמו מ S.cereviciae הם אותם אינטרונים שנדגמו מ Y.lipolitica, למשל. גם החוקרים באותו ניסוי לא ידעו זאת. הם פיתחו איזשהו אלגוריתם של הנדסה גנטית, המזהה branch sites ו splice sites , בתוך סלט רנ"א. והדגימה היא רנדומאלית. ואעפ"כ, מסיקים מדגימה זו החוקרים את המסקנות הבאות: The extended GTATGT motif found in S.cerevisiae appeared to be more or less flexible depending on the yeast species:" דהיינו, קיימת בשמרים, השתנות ברצף של ה splice sites , התלויה ב*מין*. וכפי שעולה מהטבלה זוהי השתנות של כ 76% במקרה אחד ושל 100% במקרה אחר. ועוד שינויים רבים של עשרות אחוזים. וכולם במינים קרובים. כך הוא לגבי ה splice sites, צד ה 3' וצד ה 5', כך הוא לגבי ה branch sites , וטרם ראינו מה קורה באלפי פקטורים דומים. בנתיים רק לאלו מצאנו נתונים. בין שהיו אלה אותם אלפי אינטרונים שהיו X והפכו ל Y. בין שהיו אלה אלפי אינטרונים Z שהפכו ל Y בין שהיו אלה אינטרונים חדשים Y שהופיעו מעולם הלימבו. בין שהיו אלה אלפי X שנעלמו ונשארו אלפי Y יתרים על X בסופו של דבר יש במין א' אלפי Y יתר על מין ב' ויש במין ב' אלפי X יתר על מין א'. ויש במין ג' אלפי Z יתר על א' ו ב' וכן הלאה. וההשתנות הזו, בכפולות של אלפים, של אותו שינוי בדיוק, ממין למין - זוהי ההשתנות שלא תיתכן באבולוציה של מוטציות רנדומאליות וסחף אקראי. " סחף טבעי. אינטרונים מופיעים, נעלמים, משכפלים את עצמם (זה מה שדנ"א עושה זוכר?" ------- לא איני זוכר. זה סחף גנטי? סחף גנטי אינו אלא שינוי *אקראי* בתדירות של אללים. תדירות אללים שואפת בד"כ לשיווי משקל, אלל נדיר נשאר נדיר ואלל נפוץ נשאר נפוץ. מאורעות אקראיים של הכחדה, באוכלוסיה קטנה, עלולים ליצור שינוי בתדירויות ולהפוך אלל של גן X שהיה נדיר, שיהיה נפוץ. כי רוב הנפוצים השמדו. ואם סחף גנטי אחד, באוכלוסיה קטנה, גרם להשתנות התדירות אלל של גן X וסחף גנטי שני שינה תדירות גן Y ושלישי Z וכן הלאה, לאחר דורות רבים ומחזורי סחף מופלאים, ועוד גורמים - קיבלנו מין חדש. בין מין המקור למין החדש, השתנו כמה גנים, נוספו כמה גנים ו/או נחסרו כמה גנים. "אינטרונים מופיעים, נעלמים, משכפלים את עצמם " ------ למה לא? בכבוד, שיופיעו ושיעלמו. לא בכפולות זהות של אלפים, שינוי זהה באלפי גנים שונים. לא בסחף גנטי אקראי ולא בין מין למין.

 

[SilentMike]

כמה טקסט בשביל להגיד כלום?

אתה טוען שלא יתכן כאן: "בסופו של דבר יש במין א' אלפי Y יתר על מין ב' ויש במין ב' אלפי X יתר על מין א'. ויש במין ג' אלפי Z יתר על א' ו ב' וכן הלאה." אבל מדוע לא? משום שאתה אמרת. אין לך הוכחה, כי אם מילה, ואתה מצפה שנאמין למילתך. זה צפוי לחלוטין שבן מין מסויים יהיה דומה יותר לבני מינו. הלוא לפי תורת האבולוציה אלו הם בני משפחתו הקרובים. הם "חולקים" את אותו מספר ואותם סוגי אינטרונים בקירוב משום שיש להם אב קדמון משותף שהוא recent. בניגוד לאב הקדמון המשותף לשני מיני שמרים שונים שיכול להימצא מאות מיליוני שנים בעבר, אם לא יותר מזה. ומדוע שלא יהיה הבדל באלפי מופעים של אינטרונים, אם האינטרון מופיע אלפי או עשרות אלפי פעמים בגנום? אני לא יודע איפה למדת מתמטיקה, אבל אם ההנחה היא שלעיתים נוסף אינטרון אחד, ועיתים מוחסר, אז יש לצפות שעם הזמן יווצר פער בין שתי שושלות באופן טבעי לחלוטין. העובדה שיש הבדלים בין מיני שמרים, ולעומת זאת בתוך כל מין יש דמיון, היא בדיוק הצפוי באבולוציה. בין אם זה בדנ"א תפקודי שנברר ע"י הברירה הטבעית או בדנ"א זבל שנוצר באקראי. אין שום דבר "מעוצב" בשמרים (או לפחות לא הדגמת שום דבר כזה). פשוט למינים שונים יש אינטרונים בכמויות שונות ובנפיצות שונה, וזה רחוק מלהדהים. להזכירך אתה צריך להוכיח שיש פה איזה משהו מוזר שלא יכול היה לבוא לכדי קיום בתהליך טבעי. לא בעצם קיומם של האינטרונים, לא במערכת השכפול, אלא פשוט בכך שיש הבדלים בנפיצות של סוגים שונים של אינטרונים אצל מינים שונים של שמרים. זה מה שטענת. בכנות, לא יכול לראות איך תעשה את זה. הכנסת את עצמך למלכודת. אבל לטעון ש-"לא יכול להיות" זו עדיין לא הוכחה. חוקרים עשו מחקר רציני, בנו עץ אבולוציוני, בבירור הם לא רואים שום בעיה, אף אחד פה לא קונה את מה שאתה אומר, ורק אתה עדיין מתעקש שכולם עוורים לחלוטין למה שברור לעין, ורק אתה רואה אותו. אז אולי יש סיכוי אתה מפספס פה איזה משהו, בטעות או שלא בטעות?

 

[Caligola]

לבינתיים לא הצגת בעיה אבולוציונית

אך מנגד הצגת כאן טיעון המכונה

Arguments from incredulity. (http://www.butterfliesandwheels.com/badmovesprint.php?num=12 )​

> '"...בעיה אבולוציונית?" --------- כן וחמורה עד מאוד ואמרתי לך שזה רק קצה הקרחון. וביכלתי רק להציג את הנתונים, שמראייתם כפי שהם, עולה בעייה להשערת האבולוציה הדרויניסטית. אם אינך רואה בזה בעיה לא אוכל להושיע.' ושוב פעם אשאלך --- היכן בדיוק ראית בנתונים הללו בעיה אבולוציונית? > '"לא ב-Abstract ולא ב-Results ולא ב-Discussion רואים ואפילו ברמיזה את קיומם של branch/splice site מעט שונים כבעיה אבולוציונית" -------- בזה אתה צודק לחלוטין. החוקרים לא ציינו שהם רואים בזה בעייה. הם אף לא העלו את השאלה.' אה, רגע! אז החוקרים המלומדים והמשכילים ורחבי האופקים לא הצליחו לעלות על ה"בעיה", ומנגד ודווקא אתה היית זה שהצליח לעלות על כך? > '" (1)עולה מהמחקר שה-branch site, וכמו גם ה-5' site וה-3' site לא חייבים להיות מותאמים ב-100% לרצף הנמצא ב-spliceosome" ---------- לא זכור לי. נדמה לי שהבאת איזה מאמר שהתייחס למידת מה של גמישות בהתאמת branch site לספליסוזום. מה נאמר שם לגבי התאמת 5' splice site לספליסוזום ול branch site?' באשכול הקודם הבאתי שני מאמרים נפרדים, לאיזה מהם אתה מתכוון _לזה_ או לזה? רק שים לב לדבר אחד, אנחנו כעת דנים בשמרים, ולכן לא אוכל לקבל מאמר שיקבע את גמישות הרצף ב-spliceosome אצל חוליתנים כאסמכתא לשמרים. על מנת שתוכל להוכיח את טענתך לעניין גמישות ה-spliceosome בשמרים חפש מאמר העוסק בגמישות של ה-spliceosome אצל שמרים. > 'ועניין הבלתי פריקות שבכאן.' סלח לי בבקשה, אך היכן ראית כאן בלתי פריקות? > 'הרי הבנו כבר שהבעיה היותר חמורה אינה קשורה כלל לספליסוזום, אלא להופעה, במעבר ממין למין, של אלפי רצפים זהים, במקומות שונים, במוטציות מקריות. וסטטיסטית,' ומי זה בדיוק הבנו? מדוע החלטת לדבר בשמי? בשום פנים ואופן לא הסכמתי עם האינטרפרטציה שלך למחקר. > 'הטבלא מראה' לא רושמים "טבלא" כי אם "טבלה". > 'שזה קורה ממש בין כל מין למין אחר, לפחות בכל המיני שמרים שנבדקו שם, כל מין, מצא לו איזה טיפוס splice site , אחד או שניים, וחידש לעצמו אלפי מופעים של אותו splice site . וכאן הבעייה לאבולוציה, האמונה שממין למין, במוטציות מקריות, יתכן חידוש שכזה, שאלפי splice sites יתואמו לשינוי זהה. ויותר מהאמונה, חמורה אי השאלה.' אז אזכיר לך את הסברך הקודם שנתת _כאן_ -

Alternative splicing is a widespread mechanism for generating protein diversity. The differential inclusion of exons into a mature RNA, alternative splicing may be regulated to produce distinct forms of a protein for specific tissues or developmental stages​

ועל פי הסבר זה עולה דווקא שיש יתרון בקיומם של אינטרונים בתוך הגנום, אז היכן בדיוק הבעיה כאן? > '" (3) המדגמים הסטטיסטים של רצפי ה-branch site וה-splice sites הם מדגמים קטנים מדיי (ולמשל ב-C. tropicalis נבדקו רק כשבעה splice sites), ולכן אני מוצא שהתוצאה יכולה להיות רנדומלית ולא מדויקת." -------- והחוקרים שם לא סברו כמוך וכן הסיקו מסקנות כלליות לגבי השתנות המינים והתוצאות שלגבי ה splice sites הם בכלל קיצוניות ומראות בהכרח על הכיוון, ממש מכל מין לכל מין אחר, הפלא חוזר. לכל מין ישנו איזשהו רצף של splice site שהתחדש בו אלפי פעמים על פני אחיו שאר המינים.' אני לא שולל או מתנגד למסקנות המחקר, אך מאידך אני סבור שעדיף היה לו הייתה נבחרת קבוצת מדגם גדולה יותר, קבוצת מדגם גדולה יכלה הייתה להקנות לתוצאות המחקר וודאיות גבוהה בהרבה. > '"(6) ההסבר בעקבות המובאה ב-(5) לשוני ב-branch sites וב-splice sites הוא כתוצאה מכך שכל אחד ממיני השמרים עבר מסלול אבולוציוני שונה, ושבמהלך אותו מסלול - חלק מה-branch/splice sites נאבדו, חלק נוצרו, וחלק השתנו." ----------- נכון מאד. רק חלק. חלק יצרו להם אלפי X וחלק יצרו להם אלפי Y ובחלק הכחדו אלפי X ובחלק הכחדו אלפי Y. ידידי, זהו עידן חדש לאבולוציה. אם עד היום שמענו על אבולוציה סקלארית מעתה יש לנו אבולוציה וקטורית. מכל מין למין, משתנים בהתאמה אלפי רצפי X מבודדים לאלפי רצפי Y. כך הוא לגבי ה branch sites וכך הוא לגבי ה splice sites ואמרתי - זהו רק קצה הקרחון.' OK, אני אמשיך עם קו המחשבה הזה. בוא נראה, וסתם בתור המחשה אתן כאן את הדוגמה נגדית הבאה:

http://news.nationalgeographic.com/news/2002/09/0924_020924_dnachimp.html​

על פי הכתבה הנ"ל שפורסמה ב-National Geographic בשנת 2002, אנו חולקים עם השימפנזים כ-95% גנים במשותף, אבל, רגע! האב הקדמון המשותף שלנו חי לפני 4 עד 7 מיליון שנה, מדוע אינך מרים גבה ושואל עצמך קבל עם ועדה כיצד השתנו כ-5% מהגנים בין האדם לשימפנזה תוך 4-7 מיליון שנים? הרי באותו אופן שמפתיע אותך שחלו שינויים ב-branch/splice sites אצל שמרים, אתה יכול להתפלא ולהקשות כיצד הוא זה שחלו הבדלים גנטיים מרחיקי לכת ביננו לבין השימפנזה? התשובה שלי לכך תהיה פשוטה - אנחנו והשימפנזים עברנו מסלולים אבולוציונים נפרדים, ולכן קיים שוני גנטי ביננו. ובדיוק ובאותו האופן שקיים שוני גנטי בין השימפנזה לאדם(מאחר ושניהם עברו מסלולים אבולוציונים נפרדים), כך גם מיני השמרים עברו מסלולי התפתחות נפרדים ולכן אנו מוצאים ביניהם שוני גנטי. מה בדיוק טורד את שנתך כאן?

 

[SilentMike]

שתי הערות קטנות.

1. אומנם "טבלה" היא הצורה המקובלת יותר בשפה, וגם המקובלת יותר על האקדמיה, אבל המקור הוא בארמית, וזו אחת המילים בעברית שיש להן שני איותים אפשריים (כמו דוגמה/דוגמא). המילה "טבלא" מתקבלת כערך במילון מורפיקס. 2. אני מוצא שכמעט כל טיעוני הבריאתנים הם למעשה טיעונים מתוך חוסר יכולת להאמין. טיעון המרוכבות הבלתי פריקה הוא למעשה סוג של טיעון בתוך עיצוב, וזה למעשה סוג של טיעון מתוך חוסר יכולת להאמין ("לא יתכן שאיבר כזה הוא תולדה של אבולוציה דרוויניסטית"). חוץ מזה קבל ח"ח חזק על ההשקעה ועל התוצאה המרשימה

.

 

[SilentMike]

טל"ח בתוך עיצוב=מתוך עיצוב

 

[Caligola]

על פי האקדמיה -

.כאן - "דוגמה או דוגמא? משכנתה או משכנתא? שמות שהתגלגלו לעברית מן הארמית והמשמשים בצורת נקבה, כגון דוגמה, נכתבים בה"א בסופם. דוגמות נוספות: סדנה, *טבלה*, פסקה, עסקה, קופסה, גרסה. הוא הדין בשמות כגון שאלתה, משכנתה, אסמכתה, אתנחתה, בדותה. יוצא מן הכלל כתיב המילה סבתא." כך שהנכון לרשום הוא "טבלה" ולא "טבלא".

 

[SilentMike]

התייחסתי להחלטת האקדמיה.

העניין הוא שהאקדמיה אינה מנהלת באמת את השפה העברית. היא משחררת "המלצות" ומנסה לשכנע את אמצעי התקשורת לאמץ אותם כי "כך צריך". אלא שלמרות מאמציה של האקדמיה השפה לא תמיד משתפץ פעולה. כמו שראית המילה "טבלא" מניבה את הערך עבור טבלה במילון מורפיקס. קיימות שתי צורות ושתיהן איות קיים בעברית (שלא כמו לכתוב "קסף" נניח, שזו שגיאת איות). המילים בגירסאות הישנות שלהן עדיין קיימות בספרים ובמילונים רבים. אני למשל ממשיך בכוונה לכתוב "דוגמא" עבור example כדי להבדיל מן המילה הלועזית דוגמה (dogma), למרות החלטת האקדמיה ללשון, ואני בהחלט מקווה שהשימוש החכם יותר יאלץ את האקדמיה לקבל את "דוגמא" כמו שקיבלו את סבתא (אם הם יצליחו להפנים שיש דבר כזה מילים לועזיות, ולא ינסו להמציא ל-dogma איזו מילה מטופשת בעברית אקדמית). בעיני "האקדמיה החליטה" זה לא מספיק. למרות שבמקרה של המילה הספציפית הזו הכתיב היותר מקובל הוא באמת "טבלה". איזה שיעמום ששבת הא

?

 

[Caligola]

מסיבות מובנות האקדמיה לא יכולה

לאכוף את החלטותיה על הציבור הרחב, ועדין יכול כל אחד לבחור להתעלם מהחלטותיה של האקדמיה ולכתוב מילים כראות עיניו. אך לפי חוק המוסד העליון ללשון העברית תשי"ג (1953) נקבע: "החלטות המוסד בענייני דקדוק, כתיב, מינוח, או תעתיק, שנתפרסמו ברשומות על ידי שר החינוך והתרבות, יחולו על מוסדות החינוך והמדע, על הממשלה, מחלקותיה ומוסדותיה ועל הרשויות המקומיות." ומכאן, האקדמיה היא המוסד הציבורי המכריע בתחום הלשון וזאת מאחר והחלטות האקדמיה מחייבות את מוסדות המדינה. למרות זאת וכאמור ההחלטות לא מחייבות את הציבור הרחב, ומן הסתם יהיו החלטות המצליחות יותר ויהיו כאלה המצליחות פחות אצל הציבור.

 

[SilentMike]

תמיד הייתי פורע חוק.

Fuck the system! Down with "The man"!​

 

[פגוש בדב שכול]

הצגתי

"ושוב פעם אשאלך --- היכן בדיוק ראית בנתונים הללו בעיה אבולוציונית?" ---- עיין כאן. אולי תראה לפחות היכן אני רואה בעייה. "אה, רגע! אז החוקרים המלומדים והמשכילים ורחבי האופקים לא הצליחו לעלות על ה"בעיה", ומנגד ודווקא אתה היית זה שהצליח לעלות על כך?" ----- בדיוק. בעובדה, הם לא העלו כלל את השאלה איך משתנים כך ממין למין אלפי מופעים. ולא רק שאלה זו אלא עוד רבות וחמורות, לאורך כל הרשת המנוקבת של תאורית האבולוציה. ואם זו כל טענתך, לאמר ש 99.99% מן החוקרים מקבלים את האבולוציה ללא הנד אפעף, ומי אני שאחלוק עליהם - אין לי תשובה על כך. אני רק יכול להציג את הנתונים ואת הפלאים, ואת האמת הברורה שעולה מהם. ואמת זו יותר חזקה ממליארד בחזקת מליארד פתאים שיעמדו ויתעלמו כמה שרוצים ויכריזו כמה הכרזות שהם רוצים. כבר אמרתי לך, זוהי הפרדיגמה המדעית, לאמור - בריאה אינה באה בחשבון. "האבולוציה היא עובדה" זוהי המנטרה המהווה את הנחת היסוד. איש אינו שואל את השאלות הנדרשות וממילא גם אינו עונה עליהן. וההפסד הוא של המדע בלבד, ולא רק בעניני מוצא המינים והשתלשלותם. אילו לא היו מכנים את האינטרונים בשם ג'אנק דנ"א, ומבינים שהם חלק מפלאי הבריאה ככל שאר הדנ"א, אולי היו גם מגלים את פלאיהם מהר יותר ולומדים עוד דברים רבים. וזו רק דוגמא אחת. סוף כל סוף, למי שמאמין שהכל בא מג'אנק, כל הפלאים שנחשפים הם בדיעבד. דהיינו, בעל כרחנו אנו רואים שהפלאים הם כך וכך, קשה להאמין שעוד אינסוף חכמה גלומה בהם שטרם קילפנו את קצה, בקושי אנו מצליחים להעמיד הסברים קלושים רפויים מעורערים למה שכבר ראינו אז לחשוב שעוד לא ראינו כלום? ואילו המאמין בבריאה אלקית, מיד היה יודע שזה אינו ג'אנק, מיד היה שואף לחקור למה מועיל עניין האינטרונים, מדוע אלפי splice sites ו branch sites הם כאלו במין אחד ואחרים במין אחר, איזה עוד חכמה עד אין קץ גלומה בכל הרשת הזו של אינטרונים, מה עוד גלום בשאר הג'אנק דנ"א שמצוי בהמוניו בין הגנים, מה תפקידם של פסאודו-גנים, וכיוצא בזה. האבולוציונר, הינו מוגבל בהגדרה. עד היכן ניתן להאמין שתגיע האבולוציה האקראית? כמה כבר יכול להרחיק לכת שען עיוור? עד כמה ניתן "לטפס על ההר הבלתי אפשרי"? לעולם לא יאמין הוא שההר הבלתי אפשרי הזה שעליו טיפסה (בחלומו) האבולוציה עד כה, אינו אלא תלולית חול קטנה לעומת ההר הבלתי אפשרי שנותר. הבריאתן, חוזה בפלאי הבריאה העולים מהשגי המדע (האמיתי), נותן שבח לאלוק שברא כל זאת ויודע שזה עוד כלום. "מדוע אינך מרים גבה ושואל עצמך קבל עם ועדה כיצד השתנו כ-5% מהגנים בין האדם לשימפנזה תוך 4-7 מיליון שנים?" ------ אתה רציני? מי אמר לך שאיני מרים גבה מנתון זה? אני מרים שתי גבות ואף הבאתי נתון זה כאן בפורום בעבר, והמלצתי אז ואני ממליץ גם לך עכשיו, בהחלט להרים גבה. איך באמת תוך 4-7 מליון שנים נעשה שינוי של מליוני נוקלאוטידים בין אדם לשימפנזה? איזה מודל של מוטציות אקראיות והתפשטות אללים חדשים על אוכלוסיה מנבא קצב שכזה? אתה צודק בהחלט. טוב שהרמת גבה וראה שלא לעצמה לחינם. אבל אפילו אם הייתי סוגר עיניים לגבי ההשתנות הזו מאדם לשימפנזה, עדיין אין זה דומה למקרה דנן. ההשתנות הזו, העולה מן המספר 5% גרידא, יתכן ומפוזרת היא אקראית על פני כל הגנום. דהיינו כך וכך גנים השתנו. גן אחד לכאן וגן אחר לכאן וכן הלאה. זה אינו הנידון. הנידון היא חזרה אלפי פעמים על אותו שינוי. ואם תמצא שינוי כזה בין אדם לשימפנזה, הביאהו ותבורך. הוא רק יתווסף כנתון נוסף התומך בטענתי ולא כעדות על ביטול הטענה. ובאמת, ייתכן שעלית על משהו. אכן זכורני שבאדם קיימים אלפי או עשרות אלפי רצפים בני עשרות נוקלאוטידים המכונים רצפי Alu , אשר הינם מיוחדים רק לאדם, ואף משמשים לזיהוי מהיר של דנ"א כדנ"א של אדם. הנתונים אינם בידי כרגע, אבל אם יעלה מהם שאכן באדם מצויים עשרות אלפי רצפי Alu שאינם בשימפנזה, תהיה זו קושיה טובה בפני עצמה. ויש בה אף נופך נוסף. רצפי ה Alu נחשבים לג'אנק דנ"א, או בכל אופן, לא ידוע מה תועלתם. הם אינם גנים כלל. אז מה גורם למין רצף שכזה שקפץ והשתכפל איכשהו, באיזשהו הומו-X בדרך מהאב המשותף לפני 4-7 מליון שנה, להתפשט על כל האוכלוסיה? הרי אם אומרים שרצף Alu מסויים, נמצא באדם ולא בשימפנזה, אין מדברים על אדם פלוני אלא על כל אוכלוסית האדם. אז אם השתכפל לו פעם אחת איזה רצף Alu באחד מאבותינו ההומו-X , איך ומדוע התפשט על כל האוכלוסיה? ומילא קפץ והשתכפל והתפשט פעם אחת, איך עשה זאת שוב ושוב ושוב אלפי פעמים? איך? כבר הבאתי כאן פעם טבלה, המראה בעייה מיוחדת במינה ביצורים דיפלואידים. ביצורים הפלואידים, כחידקים לדוגמא, כל מוטציה שחלה בגנום האב עוברת לכל בניו. ואילו בדיפלואידים, שיש בהם שני עותקים לכל כרומוזום, אם חלה מוטציה כלשהי, היא תעבור סטטיסטית רק לחצי מבניו, לרבע מנכדיו וכן הלאה. ועיין שם בטבלה ותראה, שכל אלל חדש שצץ לו, סיכוייו לשרוד ולא להעלם כליל, הם 2 חלקי N. כאשר N הוא מספר הדורות שעוברות. דהיינו לאחר כ 100 דורות, יש סיכוי של אחד ל 50 שלאותו אלל חדש ישאר זכר ולו במופע אחד בכל האוכלוסייה. לאחר 1000 דורות - סיכוי של אחד ל 500 שהוא ישרוד במופע אחד, ושלא לדבר על התפשטות על כל האוכלוסייה. וזוהי בעייה כאובה מאד שקיימת באבולוציה של הדיפלואידים, ושגם אותה לא מספרים לך. ובעייה זו חלה בהחלט גם על רצפי ה Alu. כל רצף Alu שהשתכפל לו בהומו-X, סיכוייו המוחלטים הם להכחדה תוך כמה עשרות דורות. וראה זה פלא, לא רק שהוא לא נכחד, הוא גם התפשט על כל אוכלוסית האדם, ולא רק שעשה זאת אלא השתכפל שוב והתפשט על כל האוכלוסיה וכך עשה אלפי פעמים. האם יש להרים גבה על כך?